古零在唐宋之前屬於思恩羈縻州管治。由於歷來是瑤族和壯族、苗族等少數民族聚居地，雖然名義上是思恩州屬地，然而朝官涉足不多，也沒有駐兵營堡，因此文書記載較為匱乏。清代前期，金鉷的《廣西通志》記載有：“古零土司多狼苗，謂之土人。”（狼即壯族別稱之一，至今客家話尚有用“狼家”指代壯族人）。現在古零仍然保留後不少少數民族傳統文化遺產：幹欄建築遺蹟、壯族三聲部民歌、活躍的師公戲和《傳揚歌》經文等等。
古零地區在明代初期，曾設立有古零（陵）、那學、通感、下畔四個營堡。是官方為了防禦少數民族和其他盜寇。其中古零堡屬於，岑瑛管治下思恩軍民府的十三個堡之一。
■明代嘉靖三十一年，1552年，兩廣總督應檟修纂的軍事著作《蒼梧總督軍門志》。紅圈部分即古零舊地。
“古零堡，在司治左勞山下，不知建自何時，相傳古設堡於此地，尚堪模擬。”（《古今圖書集成》），另外《隆山縣誌》又有補充：“古零堡城，距縣城五十里，在群賢鄉（今古零鎮）北東村前，明洪熙年間，土州牧岑瑛剿蠻到此，築堡以守。”
明代名臣于謙曾記錄有，古零在明代前期，部分地區屬於賓州（今賓陽）、上林縣管轄。由於岑瑛的思恩府擴大疆域，古津村（推測為今古寨鄉的古今村，筆者注）的壯族村民覃潘趙接受其管轄，並出任官職。景泰三年(1452年)，遷江縣（今來賓）的叛亂勢力韋多烹，率領宜州、都安和忻城等地一萬多兵眾前來圍攻賓州城。古零地區和上林縣的村民們不肯順從，在那學堡與叛軍對抗。而後遭叛軍報復，攻入古津、那勞等村落。殺死覃潘趙的弟弟覃公盤等三十餘人，擄去村民一百九十四人。（《于謙集·奏議卷六》）
從上述記錄除了能看出古零的領地變遷，亦可看出，本地覃姓、韋姓等姓氏很多是土著居民，不一定是覃氏土司官族後裔，或從外地遷徙而來的漢族移民。據古零籍民族文化學者梁庭望先生所考證，覃姓對應的是古代壯族的黃牛圖騰部落，而韋姓則對應水牛圖騰部落（參見《壯族風俗志》，注意黃牛和水牛的壯語發音。另外亦有評論推測韋姓對應生殖崇拜）。這個話題過於寬泛，此處不深入討論。
收錄王守仁文集的《王文成公全書》，其中《處置平復地方以圖久安疏》這篇對嘉靖七年後思恩地區的行政說明
到了明朝嘉靖五年(1526年)，因為不滿“改土歸流”政策,原屬岑猛部下的田州府（今田陽縣）土官盧蘇，和思恩府丹良堡（今為平果縣）土官王受，率幾萬兵眾叛亂，史稱“思田之亂”。這場叛亂深刻的影響馬山縣，甚至左、右兩江地區的歷史進程。
在思恩府擔任千夫長，忠於朝廷官軍的土官覃益，帶人連夜將官印和思恩知府吳期英，護送到了賓州。後來覃益又參與的王守仁（王陽明）平定“思田之亂”，以及忻城、上林地區的“八寨之亂”。因而立下戰功。受封為古零土巡檢司第一任巡檢官，世代沿襲。今天覃氏後人仍有紀念覃益的節日，謂為“公益節”。另外，須值一提得是，位於古零楊圩之東，離楊圩街四公里遠的羅降隘，原先石壁上曾刻有明代總兵王守仁手跡“羅降”二字。60年代因為修公路的原因，石壁被炸燬而不復存在。
雍正十一年，即1733年，金鉷主持修纂的《廣西通志》，古零土司插圖頁
光緒十五年，1889年，蘇宗經修纂的《廣西通志輯要》古零土司插圖
從覃益起，至民國四年（1915年）實行“改土歸流”政策，廢除古零土司制度，將其轄地分割成隆山（今馬山縣東部）和上林兩縣管轄。這一期間共經歷十六代土巡檢司官管治古零地區，歷時387年。改流前夕，古零土司擁有的疆域涵蓋了今天馬山縣古零鎮、加方鄉、古寨鄉，和上林縣鎮圩鄉及西燕鎮、塘紅鄉、澄泰鄉、大豐鎮、三里鎮部分地區。
《古今圖書集成》對古零土司的地理形勢俯瞰：
“……割裂鄰境攢合為治。西踞刁律，東控青木，南由羅降以直抵郡城。龍角虎頭峙列，紗帽溪水朝拱，迴環周匝，以山為籬，競奇聳秀，形勝可觀。”
和其他土司官族常擇地搬遷官府駐地不同，古零土司四百年裡幾乎沒有太大變動。司治最初設在德明屯，至明朝中後期，第四世土官覃大欽將官署兩度搬遷，最終定居在紗帽山前，今古零中學校內。而且建立土司官署沒有動用太大人力資源，這在眾多重捐雜稅，苛詐鄉民的土司集團裡顯得十分難得。“古零原無衙宇，歷來司官自行捐資，構椽而居。共置署宇三進，前為大門，中為大堂，二堂後為廨舍。”
在古零土司官署西南方向約一公里處，拉社屯的後山上，古代曾設有古零司兵營，名為“金剛寨”。相傳此處曾為儂智高女將得駐兵處，儂軍在此組織當地土民抵禦宋軍，並“擂鼓而進”。這個典故真實性難以考證，但它後來和當地的民俗文化結合，發展成為馬山的文化遺產之一：壯族會鼓。亦有史料記載，金剛寨的建立者是岑瑛。
■光緒二十四年，即1898年，北洋機器製造總局算學堂繪製《廣西輿地全圖》，興隆土司轄境圖。上圖黃色為筆者上色，注意古零司有飛地
《古今圖書集成》同時也對土司時代的風俗環境記錄在冊。筆者試譯成白話：古零處在偏僻深山之間，四時季節冷熱變幻不定，因此農作物收成較晚。當地的村民們性格淳樸溫和（與之不同的是，周圍幾個土司屬地的村民們則顯得很暴戾，舊城、下旺、白山都是腰不離刀，興隆和定羅則是“稟性剽悍，稍有爭論（拂意）即相鬥殺”），多數人從事耕種和紡織農活，甚少經商，所以貧困人口占多數。家中沒有積蓄。古零的村民們所穿的衣著，衣服短裙子長，男女經常赤足不穿鞋子，到了深冬也缺少厚衣物禦寒。村民所居住的房屋，必定是幹欄房架子樓，生病時不善求醫，反而求助師公道士祈禱鬼神。飲食方面缺少茶水和食鹽，喜好吃酸和辣。
“……僻處荒陬，疊山圍繞，四時寒燠，難調五穀遲發少收。民樸性軟，知耕褥而不事商賈，故多貧窶。無積貯。衣短裙長，男女跣足不履，冬無重裘，居必架樓。病則禱鬼，食無茶鹽。味喜酸辛。”
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