雍正最大的貢獻，是以凌厲的手段廓清了康熙晚年的積弊，整頓吏治，消除冗劣，改土歸流；改革財政，整肅貪黷，使國庫重新充實起來，為乾隆登基把清朝推向鼎盛創造了條件。但在軍事上，雍正並不是一位傑出的統帥。他雖然取得了平定青海的勝利，善後措施也十分得力，較好地解決了青海的問題；對加強全國邊防也採取了一系列有效措施。但是，他在同噶爾丹策零較量時，由於決策失誤、選將不當，使清軍在和通泊(今蒙古國科布多省西部山谷中)遭到了一次慘敗。
康熙晚年就稱讚年羹堯在平定青藏之亂中“辦事明敏”。當時年羹堯是四川巡撫，不管軍事，只能管一些後勤保障之類的事。康熙立即把他提升為四川總督兼巡撫，以軍事為主，把平定青藏之亂的事都統起來(《清史稿·聖祖本紀三》)。
雍正元年(公元1723年)，青海和碩特部可汗羅卜藏丹津，謀求獨領西藏和青海的企圖未遂，於是糾集諸臺吉起兵反清作亂。雍正“命羹堯進討”，並“諭撫遠大將軍延信及邊防理餉諸大臣，四川、陝西、雲南督、撫、提、鎮，軍事皆告羹堯”。年羹堯點名要二將，一為前鋒統領素丹，一為提督嶽鍾琪，均授參贊大臣銜。雍正帝均“從之”(《清史稿·年羹堯傳》)。
雍正二年(公元1724年)，年羹堯坐鎮西寧指揮，四方調度。嶽鍾琪授予奮威將軍，在第一線與羅卜藏丹津叛軍較量。當時羅卜藏丹津活動在青海河湟地區(青海境內黃河與湟水交匯地帶，靠近甘肅)。那裡是甘肅進入青海的一條走廊，兩邊都是祟山峻嶺，關隘重重，易守難攻。走廊地帶內，有許多厄魯特蒙古和碩特部駐牧部落，有眾多大小頭領，他們互相掩護支持，很難對付。
嶽鍾琪與諸將分道進入這一地區：(一)嶽鍾琪與侍衛達鼎為南路；(二)總兵武正安為北路；(三)黃喜林、宋可進為中路；(四)副將王嵩、紀成斌負責搜山。嶽鍾琪部到達哈喇烏蘇(蒙古語“哈喇”為黑，“烏蘇”為水，地點失考)，天剛亮，“番眾末起，即縱擊，斬幹餘人，番眾驚走，逐之，一晝夜至伊克喀爾吉(失考)”，俘獲部落大酋阿爾布坦溫布。“羅卜藏丹津西竄，鍾琪逐之，一晝夜馳三百里”，同時分兵一部前去封堵青海西部通往新疆的噶斯口(《清史稿·嶽鍾班傳》)。
羅卜藏丹津“侵鎮海堡，都統武格赴援，敵圍堡，戰六晝夜，參將宋可進等赴援，敵敗走”(《清史稿·年羹堯傳》)。
嶽鍾琪追擊途中，羅卜藏丹津屬下的部落小酋彭錯等向他投降。嶽鍾班命守備劉廷言監視他們當嚮導，他殿後繼續追擊。不久又有一位名叫吹因的小酋前來投降，他交代說羅卜藏丹津的落腳地點距此大概只有一百五六十里。嶽鍾琪命暫時休息一下，“薄暮復進，黎明至其地。羅卜藏丹津之眾方散就水草，即縱擊，大破之，擒諸臺吉”；羅卜藏丹津的母親阿爾泰哈屯(哈敦)及婦弟阿寶也被俘。“羅卜藏丹津易婦人服以遁”，其狼狽之狀，可想而見。嶽鍾琪又追擊到桑駝海(失考)，“不見虜乃還”，餘眾皆乞降。嶽鍾琪這次出擊，“出師十五日，斬八萬餘級”，跟隨羅卜藏丹津叛亂的部落大酋都被擒獲。為了肅清殘敵，年羹堯“遣鍾琪等督分十一路進剿，悉討平之”(《清史稿·嶽鍾琪傳》)。
雍正帝的辦事風格是快捷、果決。無論什麼事，都希望儘快有個了結，不喜歡拖泥帶水；年羹堯有能力、有魄力，正好對上了他的要求。
六月，“以青海平定，勒石太學”(《清史稿．世宗本紀》)。雍正根據年羹堯“條上青海善後諸事，請以青海諸部編置佐領”等建議(《清史稿．年羹堯傳》)，對青海採取瞭如下善後措施：(一)將青海和碩特等蒙古各部，仿照外藩蒙古札薩克制，劃分為二十九旗，旗設札薩克(一旗之長)，旗下設佐領。各旗首領每年會盟一次，由朝廷派駐的西寧辦事大臣主持。各旗王公臺吉分班赴京朝貢(三年一貢，分三班，九年一輪)。
(二)青海境內的藏人，以前“惟知有蒙古而不知有廳衛營伍官員”，從此在其所居之地增設衛所，在藏人中設立土司，分別授予千戶、百戶等頭銜，統歸附近原設道、廳及新添衛所長官管轄。
(三)改西寧衛為西寧府，設青海辦事大臣。下設西寧縣、碾伯縣、大通衛。新築大通、白塔、永安三城，分設總兵、參將、遊擊，屯兵駐守。(四)規定喇嘛寺院規模，房舍不得超過二百間，喇嘛不得超過三百人，每年稽查兩次。通過以上措施，加強了清廷對青海的管轄與控制，為最終解決準噶爾問題創造了條件。
但是，年羹堯的張狂和雍正帝的猜忌恰巧也碰到了一起。年羹堯自恃“才氣凌厲，恃上眷遇，師出屢有功，驕縱”，飛揚跋扈到了不知天高地厚的地步。出門，侍衛軍“前後引導，執鞭墜鐙”；入朝，“總督李維鈞、巡撫範時捷跪道送迎”；至京師，“行絕馳道。王大臣郊迎，不為禮”；在邊，“蒙古諸王公見必跪”，如此等等(《清史稿·年羹堯傳》)。他功也立了，人也得罪完了。
雍正三年(公元1725年)二月庚午(初二)，出現“日月臺壁，五星聯珠”天象。年羹堯疏賀，用了一句“夕惕朝乾”，引起雍正猜忌，大怒：“年羹堯非粗心者，是直不以朝乾夕惕許膚耳。”詔降年羹堯為杭州將軍(《清史稿·世宗本紀》)。三月，奪官。四月，山西、川陝、河南、直隸等各地大員及朝臣紛紛上疏，彈劾年羹堯。雍正帝諭：“羹堯謀逆雖實，而事蹟末著，膚念青海之功，不忍加極刑”，派人“詔諭羹堯獄中令自裁”(《清史稿·年羹堯傳》)。年羹堯，有本事，太張狂，可惜了。
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