晉安帝時期，桓玄叛變隨後控制了東晉，並於403年篡位建立了桓楚政權。雖然桓楚存在時間前後只有七年時間，並且桓玄自建立桓楚後僅半年多就被劉裕打敗而後被殺，但桓玄的叛亂卻對東晉的皇權造成了巨大沖擊。出身寒門庶族的劉裕，其後掌權成了東晉舉足輕重的人物。
劉裕掌權後，不僅排擠和他意見不合的大臣，而且挾天子以令諸侯並逐漸有了殺害晉安帝自立的企圖。晉安帝雖愚笨，但晉安帝同父同母的兄弟司馬德文卻智、體健全。也許司馬德文和他的先祖司馬懿比弱了許多，但司馬德文也算能文能武。
司馬德文知道劉裕有殺害晉安帝之心，於是他便寸步不離陪伴在哥哥身邊。但儘管如此，最後晉安帝還是被劉裕派王韶之殺害。雖然此時劉裕就想稱帝，但圖讖（意同算卦的書）中說，昌明（晉孝武帝）之後有二帝。所以，儘管殺死了晉安帝，劉裕還是不得不又立司馬德文為新君，是為晉恭帝。
司馬德文是晉安帝的同父同母兄弟，在當時的東晉也歷任過不少要職。桓玄叛亂時，司馬德文還曾帶兵平叛。但司馬德文身處東晉末世，此時的東晉王朝早已是病入膏肓。如同人間的疾病，病入膏肓就是華佗在世也無能為力，一個王朝也同樣如此，又況且司馬德文也不是有大能力大德行的人。
司馬德文只是劉裕為了順應圖讖拉來墊背的，所以後來等到420年劉裕見時機成熟，於是命黨徒傅亮草擬好禪位詔書，然後入宮逼迫司馬德文謄抄。司馬德文倒是很爽快的答應了，而後被降為了零陵王。其後劉裕稱帝建立了南朝第一個朝代劉宋，東晉自此徹底滅亡。
雖然司馬德文禪位後，吃穿用度依然按照晉朝的規格，但卻失去了先前的一些自由被嚴加看管了起來。褚秀之、褚淡之是司馬德文皇后褚氏的哥哥，但當司馬德文夫婦遭難後，這兩位兄長竟賣主求榮做起了劉裕的走狗，協助監視司馬德文夫婦。
司馬德文和褚皇后生有一個兒子，後來竟也被褚秀之兄弟遵照劉裕的意思害死了。真是一朝馬死黃金盡，親者形同陌路人。人性向來是貪生是醜惡的，生死一線，親舅舅竟能以親外甥的生命苟活，這便是人性之弱。
殺死了司馬德文的兒子，劉裕接著又向司馬德文本人揮起了屠刀。劉裕是要徹底摧毀士族門閥，徹底改朝換代。司馬德文也知道劉裕肯定不會放過自己，所以終日惶恐不安如坐針氈。司馬德文和褚皇后共處一室，每日的飲食都是褚皇后親力親為，所以一時間劉裕無從下手。
但劉裕勢必是要弄死司馬德文的，要不然他沒信心徹底翻天覆地。於是421年的九月，劉裕命令琅琊侍中張偉帶著毒酒去毒殺司馬德文。張偉不願害主，但又無法違抗劉裕的命令，於是在路上自己喝了毒酒自殺了。劉裕得知後大怒，於是十一月派褚淡之假意探望褚皇后，命令自己的親兵偷偷跟在後面。
趁褚皇后外出迎接兄長之際，劉裕的親兵越牆闖入了司馬德文的室內，然後把毒酒放在他面前逼迫他快喝。司馬德文信佛，他說在佛教的教義中，和毒酒身亡的人來世無法投做人胎。所以司馬德文拒絕喝下毒酒，但這位晉恭帝最後還是被劉裕的親兵用棉被捂死。
司馬德文被殺後諡號“恭帝”被葬於衝平陵，劉裕帶領文武百官親臨送葬。司馬德文的一生總的來說算不上幸運，他雖然沒什麼大能力大德行，甚至年輕的時候還有些殘忍。但作為弟弟，他做到了孔子所說的悌。
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