古代軍隊的管理其實在每個朝代都比較嚴密，古代皇帝為了防止功臣將軍謀反，更是對手下的軍隊實行嚴格的管理。朱元璋建立明朝後，就對手下的各個軍隊設立了嚴密的管理機構。
五軍都督府是明朝軍制衛所制度的產物，其是明朝重要的軍事行政制度。說到五軍都督府，就必然要提到明朝的軍衛法。
軍衛法是明朝官民分別的重要體現，明朝建立後，太祖朱元璋曾根據劉伯溫等人的建策，遂在明朝內部設立了衛所制度。太祖將一部人劃為軍，分配在全國各個衛所，這些人不僅擔任地方鎮將，還有守邊護國的責任。平日裡，這些軍人根本無法與將領溝通，只有到戰時，太祖才派出大將統領衛所兵馬出征。兵雖然不識將，但平時的訓練也沒有落下，所以，無論太祖遣將如何，這些衛所兵馬都有效忠朝廷的忠心。
劃分到衛所的軍人就算是入了軍籍，他們一輩子都要參軍，且還有世襲的權利。軍籍兵馬受朝廷都督府節制，於是，五軍都督府便產生了。
一開始，明太祖朱元璋並沒有設立五軍都督府的想法，明朝建立後太祖曾設立了大都督府，專門掌管衛所兵馬。大都督府不僅有統兵之權，還有調兵之權，權利極大，朱元璋正是攝於這一點，才分設五軍分割大都督府的權利。於是到了洪武十三年，明太祖便將大都督府劃分為五軍都督府。
五軍都督府分別指的是中軍都督、左軍都督、右軍都督、前軍都督和後軍都督，其中，中軍都督權利最大。每個都督府設左右二都，左都督為主，右都督為輔，分管府事。
五軍都督府是明太祖朱元璋分化瓦解武將權利的措施，對於武將的選用和任調，五軍都督府也都沒有裁決之權。和兵部相比，五軍都督府只有領兵的權利，而無調兵之權，不過，兵部要想通過皇帝手令調兵，也是非常困難的。
五軍都督府大多是由明朝的武臣元勳組成，他們在軍中享有很高的聲望，如明朝初年的大將藍玉、傅友德、廖永忠等人都曾在五軍都督府擔任都督。因為五軍都督府為朝廷武官的重要職位，所以五軍都督府後來也成為了武將集團的勢力根據之一。和兵部比較，兵部官吏或許可以以文官來擔任，但五軍都督府卻不行，其必須以武官來擔任都督。
宰相制度被廢除之前，兵部的品階是高於五軍都督府的，不過，自丞相被廢除後，五軍都督府卻高出六部一大截。五軍都督府有直接參政的權利，遇到戰事的時候，其都督可以直達天庭，根本不需要獲取六部的同意。朱元璋之所以如此做法，就是要直接掌握軍備，以便最快速度的瞭解各地軍情。
明初，五軍都督府的權利很大，其一度可以與明朝文官分庭抗禮，就是朱元璋在沒廢除丞相以前，也是以武將徐達為左丞相，文官李善長為右丞相，不過，隨著武將權利的擴大，五軍都督府的將領卻心生驕矜之氣，甚至到了胡惟庸案件的時候，五軍都督也和丞相暗自勾結朱元璋攝於武將和文臣的掣肘，遂在廢除丞相後大力除殺武臣元勳，於是，五軍都督府便在皇帝的猜疑之下逐漸走向了邊緣化。
五軍都督府掌管的是衛所兵馬，衛所軍隊皆是世襲子弟，前期，這些人還可以安分守己，但隨朝廷的腐敗，這些人便心生脫離軍籍的想法，於是，到了明朝中後期，衛所軍隊人員則大量逃亡，五軍都督府也變得有名無實。成祖之後，明軍的戰鬥力急轉直下，到了明英宗朱祁鎮繼位，明朝實際的軍事權利又集中到了兵部的手裡。
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