于謙完全有能力阻止，不過為大局著想，為了江山社稷能安穩，所以在“奪門之變”當晚，聽聞政變的發生而選擇按兵不動，或許他預料到自己會是什麼結局，但是他寧可犧牲自己身家性命。
石亨、徐有貞這些帶頭策劃發動政變的人本就是于謙的政敵，嫉妒畏懼於謙的威望。趁著代宗皇帝重病不起，難以視事，加上太子朱見濟早夭，朝廷無儲君內外人心不穩，勾結宦官曹吉祥等人，秘密聯絡英宗生母孫太后，要知道英宗和代宗是異母兄弟。孫太后當然希望親兒子上位，當即點頭同意。
石亨謀奪門，密白於太后，許之。
當初英宗被俘，國家危難時刻，瓦剌兵臨城下，是由孫太后親自下詔授予明代宗朱祁鈺皇位。這個皇位可不是直接傳自於父親宣宗朱瞻基，意味著孫太后也同意可以否定其皇位合法性。
換言之，這場得到孫太后背書的奪門之變，按封建君臣法統而論，居然是“合法”的。
于謙在朝廷的威望如日中天，掌握軍政大權，如果他願意，完全可以登高一呼，輕而易舉搞定石亨一夥，但是他得到兒子于冕的急報後沒有任何行動。
明·屠隆：奪門之役，徐石密謀，左右悉知，而以報謙。時重兵在握，滅徐石如摧枯拉朽耳。……方徐石夜入南城，公悉知之，屹不為動，聽英宗復辟。……公蓋可以無死，而顧一死保全社稷也
代宗皇帝在深宮氣奄一息，被隔絕在宮門之外的于謙，並不能真正師出有名，去制止皇太后和太上皇的行動。
皇權鬥爭從來落子無悔。孫太后不論從前如何支持于謙，政變後也並不想置於謙於死地，但她及其家族已經選邊站了明英宗和石亨這一方，于謙如果要阻止政變，那只有和孫太后走向對立面，囚禁罷黜孫太后，接下來就會面對另一個直接問題，繼位者當選誰？
政變造反，大逆不道，如果於謙強行罷黜太后和上皇，並宣佈他們是謀逆作亂，則朱祁鎮這個謀逆罪人或應賜死，或廢為庶人；包括後來的明憲宗朱見深在內的所有朱祁鎮子孫，都同樣將作為罪人之子。
而明宣宗朱瞻基只生了朱祁鎮和朱祁鈺這兩個兒子。朱祁鈺現在病危難治，太子早夭，這就意味著明宣宗朱瞻基一脈將永遠失去皇位繼承權。如此情況下，分封各地的諸王必定想入非非，國家又將陷入動盪不安，很大概率有藩王學習明成祖朱棣，以“靖難”為名起兵入京。
就算換一種溫和的處理方式，于謙不公開宣佈孫太后和朱祁鎮母子是謀逆，只是將他們禁錮起來，剝奪一切權力，推舉英宗長子朱見深繼位。
那麼從明代宗、孫太后、朱見深、甚至大明朱氏皇族任何人的立場角度去看，這樣的于謙不是曹操也是曹操，不是董卓也是董卓了。君臣勢難兩安。
一個罷黜囚禁其祖母、生父的大臣，不管哪個皇侄即位，會不把他當成曹操董卓？天下人又有多少會不把他當成曹操董卓？皇權赫赫天威，豈是人臣可以輕易掌握的？
明代宗朱祁鈺對於謙可不是完全“信之用之”，也“防之懼之”。身為帝王當然清楚權力平衡的必要性，于謙功高震主，威望如日中天，自然有所提防。所以重用和于謙不和的石亨等人，以牽制于謙的權勢，終於釀成禍變。
大明江山是老朱家的，這點是最重要且最基礎的。病危在床的朱祁鈺，聽聞政變發生，第一反應竟然是“于謙耶”，而不是“快傳於卿”之類話語。于謙在朱祁鈺心中地位可不是相父諸葛孔明，而是一直所提防的司馬懿王莽人物，生怕祖宗浴血奮戰打下來的大明江山被權臣輕易和平過渡，這也是朱元璋在祖訓中所提的重中之重。
得知是朱祁鎮政變復位，代宗朱祁鈺方長舒一口氣「哥哥做，好！好！」，寧可自己身死位廢，也不願從此成為大明王朝末代皇帝、老朱家的罪人。
明代宗能從藩王到皇帝，于謙可謂第一功臣，無論是穩定局勢，安定人心，努力勸進，還是堅守北京，收拾河山。但是實際上代宗內心深處對於謙卻是如此忌憚，何況是朱氏皇族任何其他人來做這個新皇帝？
朱元璋所創造的“皇明祖訓”從法理上給了各地藩王充足的發兵理由，大家就會紛紛四方起兵討伐于謙這個新時代董卓了。于謙為人剛正不阿，從不結黨，在師出無名的情況下，他很難迅速擊平四方，穩定天下亂局。
然後呢，八王之亂，天下分崩離析，蒙古伺機入侵，百姓受苦，蒼生塗炭，也不見得就是危言聳聽。彼時天下人又將會怎麼看這樣的于謙？後世史學家又會如何評價這樣的于謙？
于謙面臨的難題就在這裡，如此局面，已經不是明朝體制內合法的政治手段能解決的。但是，于謙畢竟不是政治野心家，而是大公無私，為國忘身的國家忠臣。
奪門之變發生的太快太突然，留給於謙決斷的時間不足一晚，皇城中最合適的皇位繼承人只剩下了前太子、英宗之子朱見深，生父政變再立其子，那樣牽涉進去又有何意義？
於少保最留心兵事，爪牙四布，若奪門之謀，懵然不少聞，何貴本兵哉！或聞之倉卒，不及發耳！——談遷《國榷》
所以于謙才會呵斥兒子于冕不要去管，這是國家大事，天命自有所歸。
景皇帝大漸,石亨等謀擁南內,府尹公（于冕）知其謀,奔扣告變,少保公呵曰:小子何知國家大事?自有天命,汝第去!
——明·田汝成《西湖遊覽志餘》
那一晚，于謙在府邸深深嘆息，他想到的是當年宣宗皇帝的知遇之恩，想到的是大明江山的社稷安危，雖然清楚自己很可能活不了，但是顧念大局為重，“顧一死保全社稷也”。
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