公元1366年，身為吳王的朱元璋在應天府（今南京）興建“吳王新宮”。因為當時朱元璋未稱帝，故新宮建築規模有限。洪武元年（1368年）朱元璋正式即位後，改應天府為南京，並開始大肆營建南京宮殿，他在位30多年就建了30多年，形成了皇宮、內城、外城、外城郭等建築圈，宮殿建設幾經反覆，最終於洪武二十五年（1392年）建成完整的明南京皇宮。1402年朱棣篡位後，打到南京並沒有毀城，隨後定都北京，作為陪都的南京城，依然沒停止營建、修繕。萬曆時，歐洲傳教士利瑪竇來中國，看到南京城後，感嘆為世界上最雄偉壯觀的城市，明朝滅亡時南京故宮都保存完好。
南京故宮皇城平面圖
南京明故宮是中國古代都城宮殿建築的集大成者，在當時被稱為“世界第一宮殿”。然而，現在的南京明故宮僅存柱礎、城門等部分遺蹟。那麼，明故宮究竟毀於誰手？
南京故宮佈局復原圖
一是公元1644年，李自成攻陷北京之後，崇禎的弟弟福王朱由崧逃至南京建立南朝小朝廷時，奉天殿已經不在，太廟也已焚燬，皇帝只能“即位於武英殿”“祭告於奉先殿。”朱由崧在南京稱帝后，對南京明故宮進行了花費不少的修繕。可惜的是，正月宮殿才修成，五月清兵就殺到了長江北岸。而清初對南京明故宮的毀壞是最徹底的。清軍進入南京，焚燬了大部分的明代宮殿建築。到了晚清太平天國時期，洪秀全定都南京，又拆走了南京明故宮的宮牆磚石、木料構建等用於建造天王府。幾年後湘軍攻陷南京，太平天國失敗後清軍幾次焚燒了南京城，對南京明故宮的破壞就更徹底了。這些破壞行為，清朝正史少有提及。
清軍攻城戰
二是民國時期，南京民國政府為了城市建設，拆除了西華門、社稷壇僅剩的明皇宮的石料、磚瓦，用於鋪路和南京城內的修建，甚至在明故宮基址上修建了軍用機場，南京城內明皇宮的建築越來越少。之後1937年南京淪陷後，日本人和賊匪破壞盜竊，明故宮博物館被毀，戰後南京重建，達官貴人們蓋房子都到明故宮遺址挑選材料，最後僅剩的建築也蕩然無存。
民國時南京政府在南京皇宮遺址上修建了明故宮機場，圖為南京淪陷後百姓在機場放羊
今天的中都鳳陽皇城最起碼還有城牆、門、護城河、基址、豐富的遺址遺蹟，而南京城的明故宮在解放後，又經歷了大拆大建，現在明故宮遺址全被現代化建築覆蓋，僅剩幾個門，幾個石敦子、片瓦啥的，所以到今天明故宮現狀連中都鳳陽都不如，80的年代以後明故宮保護才被正視，但保護工作已越來越困難重重。
南京故宮午門遺址
到了現代，曾經雕樑畫棟、氣象萬千的南京明故宮只餘下殘垣斷壁的遺址了。
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