1962年，如海运河疏浚后，县政府采取县、社合作造林的办法，开展河道两岸植树造林，河帮栽紫穗槐、杞柳、先棵等亲水性树草，河堤栽刺槐,青坎栽湖桑。沿线建立52个专业队，1000多人,对如海河河线实行专职常年看护管理，并充分发动沿线群众保堤护坡。1974年1月，县革委会发布《关于加强焦港工程管理工作的通知》。县和沿线社队,层层建立管理组织，管理人员440人,并发动群众订立管理好焦港工程的制度。1982 年7月，县政府颁发《关于严禁在河坡河堤上砍伐树草种植庄稼的意见》。此后各地实施公社、大队、生产队三级管理，在抓好工程建设的同时，抓好树草管理、水土保持工作，做到工程措施、生物措施、管理措施三管齐下。
1983年1月，城东区委成立南凌河管理委员会,抽调39人组建南凌河工程管理站，负责沿线两岸植树栽草、稳定河床、控制水土流失的工作。管理站遵循建管并重原则，采取专业管理与群众管理相结合的方法，先后与沿线19个村民委员会、20多个企事业单位签订河道维护承包合同，与沿线3115户农民签订管理合同，规定沿岸堤坡只准裁树长草,不准随意垦伐，河坡、河堤上柴草和修剪树枝的收入归管理户,同时鼓励农民利用积土堆裁桑养蚕,控制水土流失，增加农民收入。南凌河管理经验多次在江苏省水利工作会议上介绍。1984年4月,县水利部门组织有关工程技术人员对骨干河道进行全面勘察。1986-1990年，根据江苏省水利厅统一部署，全县开展农田水利工程普查工作，摸清河道基本情况,在一、二级河道上每隔1千米处埋设里程桩。
进入21世纪,市委、市政府提出对已经疏浚整治的河道达到水质完善,水系畅通，引排水功能提升的目标,着力在建立长效管理机制上下功夫，实施清管并重，一清就管,并及时分区、分级落实管理目标责任制。至2010年,市内一至四级河的管理基本做到利益明晰、报酬落实、责任明确。
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