明萬曆以後，朝政更加腐敗，而此時，蘇子河流域的建州女真迅速崛起，逐漸成為明朝的主要威脅和對手。萬曆四十四年(1616年)，在基本完成女真的統一後，努爾哈赤在赫圖阿拉(今遼寧省新賓滿族自治縣老城)稱汗，建立大金(史稱後金)。建元天命。
第二年，女真地區遭遇嚴重水災，飢寒交迫。努爾哈赤利用這個時機，於萬曆四十六年(天命三年，1618年)四月十三日，發佈“七大恨”告天，公開向明朝宣戰。第二天，即率師攻明，連續襲取撫順、清河等城。
在這種情況下，明朝從各地調集軍隊，決定大舉征剿赫圖阿拉。明軍號稱四十七萬，實際加上朝鮮的一萬三千援軍及葉赫的兩千兵馬，也不過十萬左右。萬曆四十四年(天命四年，1619年)二月十一日，遼東經略楊鎬率師在遼陽誓師後，四路大軍，分兵進擊，直搗赫圖阿拉，楊鎬則坐鎮瀋陽指揮。
努爾哈赤採取“憑爾幾路來，我只一路去”，即集中優勢，各個擊破的戰略，首先在薩爾滸打敗山海關總兵杜松統帥的西路軍，然後又分別擊敗了馬林率領的北路軍和劉綎率領的東路軍，只有李如柏率領的南路軍接到撤軍的命令，回到瀋陽，沒有受到大的損失。努爾哈赤取得薩爾滸(今撫順薩爾滸)大戰的勝利後，又乘勝奪取開原、鐵嶺，消滅葉赫。
薩爾滸之戰後，明清之間的形勢發生了很大的變化，明在遼東完全處於守勢，而努爾哈赤則將遼、沈作為下一個進攻的目標。但由於明重新起用熊廷弼為遼東經略，努爾哈赤將進軍遼瀋的計劃推遲了一年多，直到天啟元年(天命六年，1621年)春，努爾哈赤才把進軍遼瀋提到日程上來。
在此之前，他為進入遼瀋做了精心準備。一是將臨時都城從界藩遷到了距離遼瀋更近的薩爾滸;二是製造鉤梯、楯車等攻城器械;三是不斷派出小分隊對遼瀋作試探性的進攻，以瞭解明方軍情。
面對後金的進攻，明朝也採取了一些措施，作應戰的準備。如從各地調遣大將領兵援遼，被遣的就有總兵柴國柱、遊擊朱萬良;四川副總兵陳策被升為總兵，派來遼東;四川土司女將秦良玉也奉命率兵援遼。
遼東的軍隊來自全國各地，有川兵、薊兵、保定兵、寧夏兵、宣府兵、大同兵、固原兵、甘肅兵，包括鎮兵、各將領的家丁以及土兵、毛兵、當地招募的新兵等。後來還調來了淮、浙水兵。同時還按數調集了馬匹和糧餉。此時，鎮守瀋陽的是總兵官賀世賢與尤世功。幾個月前，熊廷弼被罷，朝廷任命袁應泰為遼東經略，這或許是後金加快攻取遼瀋的原因。
明天啟元年(天命六年，1621年)二月十一日，後金數萬大軍分八路進攻奉集堡，揭開了遼瀋之戰的序幕。奉集堡位於遼、沈之中，具有重要的戰略地位。熊廷弼曾說過:“沈之東南四十里奉集堡，可犄角瀋陽。奉集之西南三十里為虎皮驛，可犄角奉集。而奉集東北距撫順、西南距遼陽各九十里，賊如窺遼陽，或入撫順，或入馬根單，皆經由此堡，亦可阻截也。不守奉集則瀋陽孤，不守虎皮則奉集孤，三方鼎立，不各戍重兵三二萬人則易為賊撼。”
奉集堡守城總兵官李秉誠得八旗兵來攻的哨報，即領三千騎兵出城六里安營迎戰。他先派二百騎兵為前探，與後金軍相遇，被擊敗，後金軍馳擊，李秉誠拔營入城。後金軍追至城下，被城上大炮打死參將一人及士兵數百人。第二天努爾哈赤收兵。
五天以後，後金又攻瀋陽的另一犄角虎皮驛，幾天後又轉向奉集堡所屬的王大人屯。努爾哈赤這樣忽東忽西，往來無定，其實意在試探明軍虛實，麻痺明兵的警覺，以備全力進取瀋陽。
三月初十日，努爾哈赤親率八旗大軍，從薩爾滸新城出發，將“板木、雲梯、戰車，順渾河而下，水路並進”，浩浩蕩蕩向瀋陽進發。明軍聞警，舉燧傳報。瀋陽守將總兵官賀世賢、尤世功得到警報後，連夜率領一萬兵丁守城。十二日早晨，八旗大軍到達瀋陽。他們在瀋陽城東七里的渾河北岸用木板做營寨，就地駐守，以作攻城的準備。
此時，瀋陽已經堅城待敵:城外挖了一人深的深壕，壕內插滿尖樁，上面極蓋秫秸和土。壕內又挖壕一道，沿壕以木為柵。近城處又有大壕二道，寬五尺，深二尺。壕內也插滿尖樁。又修築攔馬牆，中間留有炮眼。排列槍炮，佈置眾兵守衛，城上也是各就各位，嚴陣以待。見此情景，努爾哈赤未敢貿然攻城，先以數十騎掠奪渾河以南的地方，以誘敵出城。
當其返回北岸時，明兵出城至壕內，未及交鋒。十三日，後金又以數十騎兵隔壕挑戰，尤世功的家丁追上去，殺了四人。賀世賢來自陝北榆林衛，作戰勇猛而少謀斷，到遼東後，以功從瀋陽遊擊升至總兵官。
他目不識丁，喜歡飲酒，輕敵貪功，對努爾哈赤的計策毫無防備。這天，他裝滿酒壺，率家丁千餘人出城迎戰。後金兵故意裝作失敗進行引誘，賀世賢不知是計，乘銳輕進，被後金精兵四面包圍。賀世賢
邊戰邊退，退到西門時，身上已經中了四箭。此時後金攻城正急，城中不能立足，部下勸他逃奔遼陽，他認為身為大將不能守城，無面目見袁經略，拒絕了。敵人圍上來，他揮起鐵鞭繼續戰鬥，又殺了數十人，最後身中數十箭，墜馬而死。
在圍擊賀世賢的同時，努爾哈赤督兵在東門加緊攻城。八旗兵從東北角挖土填壕，用雲梯、楯車攻城。城上明兵連連發炮，致使發炮過多，炮身熾熱，裝藥即噴，無法使用。八旗兵乘機蜂擁過壕，急攻東門。
此時，賀總兵以前收納的蒙古兵復叛，他們砍斷橋繩，放下吊橋，八旗兵破門入城。尤世功率部分兵丁退至西門，正遇到賀世賢被圍，欲救世賢，兵皆潰，自己孤身奮戰，亦死。城中明兵聽說賀世賢兵敗，尤世功戰死，紛紛演散，後金勝利地佔領瀋陽城。
瀋陽被後金攻擊的時候，總兵官童仲揆、陳策等率川浙兵由遼陽北上援沈，行至渾河，聽說沈城已陷。陳策下令還師。遊擊周敦吉等一再請戰，於是明軍分為兩大營，周敦吉與副總兵秦邦屏等率川兵渡河，在橋北立營;童仲揆與陳策等領三千浙兵在橋南立營。努爾哈赤得到偵報後，急命右翼四旗兵前去馳擊。當橋北結營未完時，四旗兵即推著楯車進擊。四川明軍無所畏懼地迎戰，殺死後金兵二三千人。後金兵頑強戰鬥，退而復前，攻勢猛烈。
經過反覆激戰，明軍由於飢餓疲勞，難於抵擋後金兵的猛烈攻勢，有的戰死，有的溺河而死，周敦吉、秦邦屏等皆力戰而死，其餘將士逃奔橋南營。橋南浙兵營佈陣於渾河五里之外，列置戰車、槍炮，掘壕安營，以秫秸為柵，外塗泥巴。
後金兵消滅河北川兵後，迅速渡河包圍河南浙兵營。這時明守奉集堡總兵李秉誠、守武靖營堡總兵朱萬良、姜弼等率兵來援。行至白塔鋪，觀望不前，只派兵一千為哨探。在後金兵向浙兵營圍攻的緊急情況下，他們始進前一戰，結果與趕來的皇太極等相遇。
三總兵哪裡是四貝勒的對手，初試鋒芒即紛紛敗下陣來。於是，後金軍左右兩翼得以合力攻擊浙兵營。他們用楯車進攻，明軍以火器射擊，後金兵死傷相枕。明兵火藥用盡，兩軍短兵相接。明軍的步兵不配弓箭，他們手持長竹竿槍和腰刀，披鐵甲胃，外套棉甲冑，頑強奮戰，一度勝負未分。後來，後金軍增援部隊趕到，明軍抵擋不過，力戰而敗。總兵陳策、童仲揆及眾軍士皆相繼戰死，死得極為壯烈。
當天夜裡，努爾哈赤命令諸貝勒領精兵駐紮於瀋陽東門外教場，眾將官率大軍屯於城內。努爾哈赤在瀋陽住了五天，整頓兵馬器械，論功行賞，把獲得的人畜分賞給各軍，先期送回老家。三月十八日，努爾哈赤親率八旗勁旅，“旌旗蔽日，彌山亙野”，向遼陽進發。三月二十一日，攻陷明朝東北的統治中心遼陽城。
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