各民族的“守邊人”
清廷於乾隆二十年（1755年）平定準噶爾部叛亂，收復伊犁；乾隆二十二年（1757年）徹底清除阿睦爾撒納等準噶爾殘餘勢力，徹底控制了衛拉特蒙古地區；乾隆二十四年（1759年）平定大小和卓之亂，清軍進駐喀什噶爾，至此天山南北完全歸於同一，新疆地區與清代中央政府的關係空前密切。在接下來的幾年中，針對新疆地區的管轄、駐軍等問題，清廷與陝甘總督等進行了多次論證，最終於乾隆二十七年（1762年）決定設立“總統伊犁等處將軍”（即伊犁將軍），採取類似關外的軍府體制，“伊犁入我版圖，控制遼闊，不得不駐兵彈壓。……其駐防伊犁大臣，即兼理回部事務”。
當年五月，清廷開始從西北地區抽調兵力駐防伊犁。首先是自張家口、宣化、大同等地揀選察哈爾蒙古官兵2000多名（內有厄魯特蒙古官兵234名）攜家眷西遷，其中150名留駐烏魯木齊，50名留駐庫爾喀喇烏蘇（今烏蘇市）實際抵達伊犁1836戶、5548人。出於對西遷軍民生計的考量，清廷將察哈爾蒙古官兵安置到博爾塔拉以遊牧為生，即伊犁四營之察哈爾營。與察哈爾蒙古同來的厄魯特人則被安置到昭蘇、尼勒克、特克斯及新源等處的牧場，他們與乾隆二十九年（1764年）從熱河調撥的500名厄魯特官兵、部分準噶爾部部民以及乾隆三十六年（1771年）隨土爾扈特部東歸的沙比納爾及厄魯特人1200餘戶共同組成伊犁四營之厄魯特營。
乾隆《平定西域得勝圖》
乾隆二十九年七月，從黑龍江、嫩江流域揀選的1022名“布特哈索倫”和“布特哈達斡爾”官兵又陸續抵達伊犁，組成伊犁四營之索倫營。索倫營軍民共3860人，其中鄂溫克人被安置在霍爾果斯河以西地區，仍以遊牧狩獵為生，達斡爾人被安置在霍爾果斯河以東地區，主要從事農耕生產。伊犁四營中最後一個組建的是錫伯營，錫伯營的官兵均由盛京將軍轄區揀選，原定官兵及眷屬3280人，乾隆三十年（1765年）夏抵達伊犁的總人數為4030人，其中官兵1022名，悄然跟隨而來和途中新誕生的嬰兒共計750餘名，他們被安置於察布查爾地區以農耕為生。
除去上述伊犁四營外，伊犁駐防還有人數更多的八旗滿洲官兵。乾隆二十九年（1764年），清政府從涼州、莊浪抽調八旗滿洲、蒙古官兵3334名，從熱河抽調八旗滿洲1032名攜家眷西遷伊犁，乾隆三十五年（1770年）又從西安抽調八旗滿洲、蒙古官兵2088名。至此，分三批遷入伊犁的八旗官兵總數為6454名，這些官兵連同眷屬、近兩萬人被分配到以惠遠城為中心的“伊犁九城”中安置，即位於伊犁河北岸的惠遠城（今老城）、惠寧城（今巴彥岱）、綏定城（今霍城縣）、廣仁城（今蘆草溝鄉）、瞻德城（今清水河鎮）、拱宸城（今霍爾果斯）、塔勒奇（今霍城縣東南）、熙春城（今漢賓鄉）和寧遠城（今伊寧市）。
屯墾與戍邊
然而，上述一萬多官兵和近四萬眷屬並非清代“守邊人”的全部，事實上，最早奉命遷入伊犁地區、開啟伊犁屯兵之始的是曾經參與西北平叛的綠營兵。乾隆二十五年（1760）年，100名負責保護首批維吾爾移民的綠營兵被安置在清水河屯田，乾隆二十六年至三十四年（1761-1769年），又陸續從內地抽調綠營兵2500名，分駐綏定、瞻德、廣仁、拱宸、熙春、塔爾奇六城及其周圍地方，由伊犁鎮總兵統轄。至此“伊犁地極西徼，又為將軍帥庭，故較之烏魯木齊駐兵尤多。有滿洲、蒙古八旗兵，有綠營屯兵，有錫伯、索倫、察哈爾、厄魯特等兵，環衛森嚴，所以靖邊圉而資控馭，最為整肅”。
清代的伊犁駐防八旗雖然集軍事、生產和行政職能於一體，但在存續將近150年的歷史進程中，始終以軍事職能為先，駐守臺站、防守卡倫、保衛城池，換防塔爾巴哈臺和喀什噶爾，巡查哈薩克和布魯特邊界等等。卡倫本為滿語（karun），意為“哨所、邊卡”，也被音譯為喀倫、卡路、喀龍等，是清代特有的一種防禦、管理設施。卡倫按照值勤任務的不同及設置時間長短等區別可以分為常設、移設、添設三種，關於伊犁駐防八旗卡倫的相關情形在清道光十四年的檔案資料《錄副奏摺》，《軍務•防務》中有明確記載：
“伊犁沿邊大小卡倫七十餘座，周圍地逾數千裡，各卡相離數十里至百餘里之遙。每卡僅設弁兵十餘名及三十餘名不等。惟按月周巡，可期聲勢聯絡。其索倫、錫伯、察哈爾、額魯特四營，每月派總管、副總管、佐領等官一員，各帶本營兵丁三十名，於該管卡倫挨次行查，至各營交界會哨。”
伊犁將軍管轄範圍示意圖
換防塔爾巴哈臺（今塔城）和喀什噶爾（今喀什）是伊犁駐防八旗的另一重要軍事任務，其中每次換防塔爾巴哈臺共派出官兵1200名（滿營600名、錫伯營100名、索倫營50名、厄魯特營250名、察哈爾營200名），每兩年換防一次（後改為三年），換防官兵除一部分留城聽差、一部分在外巡視卡倫外，還要駐守軍臺，負責渡送折報公文等事宜。喀什噶爾的防務則主要由索倫營和錫伯營承擔，每次派出人數在192-300名不等。
此外，伊犁將軍每年秋季還要組織專門的巡邊隊伍，對哈薩克和布魯特邊界進行例行巡查。這支隊伍由滿營協領帶隊，從各營中選派軍官10名、軍兵300名。他們所要巡視的國界線遠比今天的要長得多，清代的哈薩克汗國遠在巴爾喀什湖以北，邊界有上千公里之長。隔一年的春季，再巡查布魯特邊界（在今塔吉克斯坦境內，大約在北緯39°東經72°附近），防務範圍之大、任務之艱鉅可想而知。伊犁駐防八旗建制後，對外抵禦沙俄勢力的擴張，對內平定分裂勢力的顛覆，先後平定“張格爾之亂”（1820-1828年）、“玉素甫和卓之亂”（1830年）、“七和卓之亂”（1847年）、“倭裡罕之亂”（1857年）等等，為國家領土的完整作出了卓越的歷史貢獻。
惠遠之殤
1864年，受陝甘回亂的波及，新疆“同治回變”爆發。數月之內，各地以回族、維吾爾族農民為主，漢族、柯爾克孜族、哈薩克族加入的起事隊伍將矛頭直指清政府在伊犁的統治，兩年間，伊犁駐防的錫伯、索倫、滿等營先後遭到沉重打擊，清軍的主力又被牽制在陝甘一線無法西顧，孤懸塞外的惠遠古城成為滿洲八旗退守的最後城堡。
1866年正月二十二，攻城者挖地道炸燬城牆，攻陷惠遠並屠城一天。時任伊犁將軍、領隊大臣、協領、佐領等“合城官員殉難”。沒有戰死的滿營兵丁及家眷，除自盡者外慘遭屠殺，婦孺亦難倖免。據現居伊寧的原伊犁駐防倖存旗人後裔文荃老人（薩克達氏）的口傳家史，彼時的情形對駐防八旗而言進退兩難：談判沒成功，因為國家不容分裂；開殺戒徵糧，圍城的又都是被驅趕來的塔蘭奇百姓，封建領主和東干人都騎馬遠遠躲在後面。伊犁將軍明緒帶領八旗將士及家眷在被重重包圍和斷糧斷水的情況下，苦戰堅守了18個月之久，後來在“駐軍根本沒法抵抗，因為士兵餓的連站都站不住”的情況下，明緒將軍帶領全城的旗人集體喝下大煙水自焚身亡。
惠遠古城遺址
惠遠城的淪陷，標誌著清政府在伊犁的統治暫被推翻，伊犁開始了近五年的“蘇丹汗國”的統治時期。1871年，沙俄趁機以“代收代守”的名義派兵佔領伊犁，聲稱“中國威令能達伊犁之後即行撤軍”，1878年清軍勝利收復南疆後，開始與沙俄就交收伊犁問題進行談判，但直到1882年才正式收回伊犁。此時的伊犁將軍金順所面對的，是一幅旗民凋敝的窘境：“當日東西建城有九，棋佈星羅，形勢完壯。自回逆陷之，俄人據之，夷城郭，滿漢兵民殺戮之餘重遭迫協。”
嘉慶年間，為解決伊犁駐防八旗的生計問題，時任伊犁將軍松筠曾經對轄區內的滿洲八旗人口數量進行過一次系統的統計，以惠遠、惠寧兩城為主的伊犁九城共有滿洲八旗人口35940人，而據沙俄佔領伊犁後的統計，“同治回亂”後的伊犁滿族人口僅剩450人。金順接管伊犁後，開始招民墾荒、修復城池，重新整頓殘存的駐防旗營，並奏請由錫伯營抽調閒散壯丁移補惠遠城，組建新滿營。新疆建省後，清政府在“規復舊制”的過程中仍將恢復伊犁四營作為重中之重。恢復後的伊犁四營，仍然肩負防守卡倫、維護當地社會治安和屯墾（牧）戍邊的任務。
1912年，隨著清朝退出歷史舞臺，伊犁駐防八旗也隨之壽終正寢。
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