目前尚无定论说明新冠病毒到底来自哪里，而业界比较公认的观点是最有可能来自蝙蝠。这是根据新冠病毒基因结构与SARS冠状病毒80%的相似性得出来的一个推论，目前没有人能拿出新的证据进行反对，因此一般认为最可能的来源是蝙蝠。但事实上，真正的天然宿主是谁并无定论。
杨占秋指出，如果认定蝙蝠是新冠病毒天然宿主，那么病毒又是如何从深山老林里的蝙蝠身上传染到人类，中间宿主是谁，这个传染链条目前也是不清楚的。“如果在蝙蝠活体上发现新冠病毒，在找到这个客观证据之后，还要经过进一步验证，才能得出结论。” 杨占秋告诉《环球时报》，这时需要把病毒转化之后，去感染别的动物，看这个动物能不能被感染，如果这个动物被感染了而且发病，我们就可以说这种观点成立。否则被尝试感染的动物根本不感染或者不发病，这种(传染链条)因果关系还是建立不起来。
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