1973年11月27日根據第239號《國家安全決策備忘錄》將淨評估轉隸至國防部部長辦公室，國防部淨評估辦公室（ONA）成立，之後一直由安德魯•馬歇爾擔任主任，從尼克松政府到奧巴馬政府，馬歇爾經歷了8位總統和13位國防部部長。淨評估作為一個系統性分析框架，為決策者和戰略規劃提供客觀公正的評估和分析，並通過分析方法、機構獨立性，甚至馬歇爾個人和他編織的“淨評估網絡”，對美軍長期戰略規劃方面有著巨大的影響力。
2015年3月2日，淨評估辦公室主任馬歇爾最後一次作為公務員從五角大樓走出，標誌著其作為國防部歷史上最有影響力的僱員之一42年職業生涯的終結。同年5月，美國前國防部長阿什頓·卡特任命時任聯合參謀部戰略計劃與政策部第一副部長詹姆斯·貝克出任淨評估辦公室“新掌門”。
詹姆斯·貝克其人
2015年5月，前國防部長卡特任命詹姆斯·貝克為新任淨評估辦公室主任。卡特對他的評價是：“從軍隊生涯到在參聯會的工作，詹姆斯·貝克投入了大量的時間和經歷思考未來安全環境。他有經驗、創造力和長遠視野協助國家繪製一條通向不確定未來的清晰路徑——評估今天的趨勢以便為明天的挑戰和機會做好準備”。
美國國防部歷史上最有影響力的僱員之一安德魯·馬歇爾
事實上，貝克並非前淨評估辦公室主任安德魯·馬歇爾的追隨者，他一直出任海軍退役上將邁克爾·馬倫和參聯會主席馬丁·鄧普西的幕後頂層顧問，儘管在五角大樓之外鮮為人知，但被認為是國防部中受到尊敬且有影響力的人。在任聯合參謀部戰略計劃與政策部門副主任和參聯會主席的戰略顧問期間，他領導了一個專門負責對當前政策進行紅隊分析的小組，為所有政治、軍事問題提供具有創造性的全球戰略觀點。
在馬倫手下工作時，他是主席行動小組的主管，他的團隊完成了成百份對伊朗、巴基斯坦、俄羅斯、網絡空間、軍民關係和軍隊同性戀問題的分析和研究，他還陪同馬倫到訪過包括伊拉克和阿富汗在內的30多個國家。但是這一段工作更多運用的是在每天或每年的基礎上檢驗戰略和政策的能力，這與馬歇爾的淨評估辦公室20～30年的工作範圍不同。
曾在馬歇爾的淨評估辦公室工作過的海軍退役上校傑瑞·亨德里克斯，目前是新美國安全中心的高級研究員，他表示雖然貝克不是“聖·馬歇爾學院”的“學生”，但接替淨評估辦公室主任一職也是合理的：“我們得等貝克進入工作狀態後，再看他是否擁有這個辦公室的遠見，或是將注意力縮短到更緊迫或中期的挑戰上”。不過，亨德里克斯認為繼任者和馬歇爾之間是有相似之處的，“貝克願意做人後之人，這是對馬歇爾行事方式的延續”。
美國前國防部長阿什頓·卡特
貝克治下淨評估辦公室的未來角色
據內部透露，卡特跳過多個角逐這一職位的馬歇爾的追隨者而選擇了貝克，他的選擇反映出卡特本人改變辦公室側重點的意願。辦公室一直以來都聚焦在美國的長期威脅上，受困於緊迫問題的五角大樓經常忽略這一點。在貝克的領導下，辦公室將在思考未來的同時更多地聚焦近期威脅。亨德里克斯表示：“這一選擇看起來是一個與過去的淨評估辦公室分道揚鑣的標誌”。
在2015年6月4日一片題為《指南》的內部通知中，美國前國防部長卡特表示期待辦公室在貝克的領導下更多地在當前國防政策問題，而不是假設性的未來威脅上發揮專長。其中，卡特強調分析未來戰爭不應該犧牲為國防部長就當前緊迫的政策問題作最新的信息諮詢，“……幫助我思考近期政策決定的長期結果。你們的工作仍然是聚焦未來，但你們必須確保團隊的工作與我有現時關聯性”。另外，他希望辦公室的工作能強調“尋找機會，而不僅僅是挑戰”，並且還要與美國情報機構有密切聯繫。通知還提出淨評估辦公室將能夠接觸國防部所有機密的計劃。美國戰略圈對卡特這項通知的反饋大體上是消極的，比如一個分析人士認為卡特的決定將對國家安全智慧資本帶來長久的負面影響。
淨評估辦公室為美國冷戰的勝利做出了重要貢獻
淨評估辦公室面臨的指摘和挑戰
根據2016年的一篇報道，淨評估辦公室因將預算過多用於外部研究項目，卻沒能產生自己的高機密淨評估產品而受到詬病。五角大樓發言人並未回答淨評估辦公室在過去幾十年中是否產生了淨評估產品，他表示：“淨評估辦公室資助了大量的外部研究，當國防部長和參聯會主席需要或要求時辦公室會提供淨評估”。但在五角大樓裡，一些軍事官員開始稱淨評估辦公室為“沒有威脅評估辦公室”。
國會在2016財年國防授權法案中委託淨評估辦公室對核武器威脅進行淨評估並在11月之前向國會做報告，這是由淨評估辦公室所做的幾項淨評估之一。
為填補這個空白，聯合參謀部，在參聯會主席鄧福德的要求之下，開始進行自己的淨評估，而沒有淨評估辦公室的參與。鄧福德的參聯會兵力結構、資源和評估部門已經對中國和俄羅斯的威脅進行了淨評估。6月份，聯合參謀部安東尼·伊拉爾迪向淨評估辦公室主任貝克進行諮詢，要在聯合參謀部中建設一個淨評估辦公室，貝克反對這個提議並強烈建議伊拉爾迪組建一個三四人的小組作為替代。據說淨評估辦公室副主任安德魯·梅也反對成立聯合參謀部淨評估單位，擔心軍隊的評估會比文職人員的更加強硬。鄧福德的發言人表示聯合參謀部不會建立另一個辦公室，而是運用現有的參謀和額外的顧問來做淨評估。
另外，淨評估辦公室外包研究項目的價值在一些批評中也受到質疑。辦公室最近的外包研究包含了順應白宮政治正確的話題，聲稱氣候變化是美國國家安全最嚴峻的挑戰。還有一個例子，淨評估辦公室贊助洛克菲勒大學全球變暖的研究對傑西·奧蘇貝爾的觀點持支持態度，此人認為不斷擴大的全球繁榮和資源將減少全球衝突——這一觀點和民間與軍隊情報評估相左，後者認為全球威脅環境正變得更加複雜和危險。
詹姆斯•貝克陷入五角大樓調查
詹姆斯·貝克面臨的政治鬥爭和調查
根據2017年11月的一篇報道，五角大樓總檢察長就針對淨評估辦公室主任詹姆斯·貝克的指控展開初步調查，後者被控對告發操縱外包合同的告密者實施報復。9月28日，總檢察長髮起了一項正式的“揭發者報復調查”，調查貝克對淨評估辦公室高級官員亞當·勒夫哲實施各種報復行為的指控。
勒夫哲曾警告貝克可能存在同外部政治相關承包者的私下交易，包括切爾西·克林頓的一位女性友人。他特別抗議了過去十年間淨評估辦公室給這位切爾西友人公司LTSG高達1120萬美元的合同。勒夫哲的代理人控訴稱，貝克繼續維持這項和LTSG的合同就是希望它可以在克林頓當選總統後能幫上他。代理人在9月13日寫給國防部長馬蒂斯的參謀長的信中表示：“我們認為貝克對此的興趣就在於LTSG與克林頓的關係，他妄想在克林頓勝選後利用這一關係，並利用LTSG作為辦公室退休人員的著陸點”。
勒夫哲聲稱貝克通過四個指控對他進行報復，致使他不能出任國安委的高級主管。四個指控包括未授權前往以色列的私人旅行，未授權與印度政府聯繫，將非機密文件帶回家，以及在飛機上閱讀機密文件。
里根時期的前助理國防部長理查德·珀爾表示：“出於政治原因，他（勒夫哲）明顯成為了被驅逐出政府的目標，而這行為是有意的，他是特朗普的效忠者，而這些指控是由奧巴馬政府留任者（貝克）發起並堅持的。”
無論勒夫哲指控事件調查結果如何，都會使初掌淨評估辦公室的貝克順利開展工作受到影響。
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