同等排量下，二衝是比四衝摩托車要跑得快，簡單來說，四衝一個工作循環活塞二上二下，二衝一上一下，氣缸容積相同情況，同樣時間內二衝的多做一倍功，所以理論上說兩衝程功率比四衝程大一倍。而且二衝程在配氣機構方面簡化了缸頭（沒有氣門）取而代之的是進氣孔，排氣孔，掃氣孔，這些孔都是預留在缸體上的。重量輕，反應迅速，是它最大的優勢。
在製造上，二衝程發動機不需要複雜氣門機構，因此發動機體積小、結構簡單、重量輕，製造維修方便；曲柄旋轉360°即完成一個工作循環，而四衝程發動機曲柄旋轉720°才完成一個工作循環，因此理論上在相同的曲軸轉速和相同排氣量的情況下，二衝程發動機功率比四衝程發動機高一倍，扣除掃氣等因素造成的功率損失後，實際輸出功率仍比四衝程發動機高50%~70%。
二衝程發動機因為結構簡單、質量輕、提速快，特別是同排量的話它的單位推重比要比4衝的高一倍，所以在摩托賽車當中還是無敵的。
但兩衝程也有致命的缺點，那就是潤滑，因為兩衝程採用曲軸箱進氣，活塞沒有油環，所以它的機油和汽油就必須混合燃燒，但這種燃燒方式已經嚴重不符合當今的排放要求。所以幾乎被所有的車廠放棄發展，但是並沒有完全消失，在小排量越野摩托車上，仍能夠買得到純新車！
四衝程有獨立的配氣機構，通過凸輪軸、正時鏈條或氣門頂杆，來控制氣門的開啟和關閉，比較精密，進排氣系統完善，所以比較省油。兩衝程發動機通過活塞在上行和下行的過程中，在不同的階段打開和關閉位於缸體上的進氣口、排氣口和掃氣口來控制進排氣，會造成浪廢。所以四衝程車同排量的比兩衝程省油，兩衝程車由於有油未經燃燒就排了出去，所以比較費油且汙染大。
四衝程發動機由於結構複雜，所以體積和重量相對較大，價格也貴，兩衝程發動機結構簡單，體積小，價格也便宜些。
四衝程發動機靠機油泵和曲軸的慣性飛濺潤滑整個發動機，兩衝程發動機內的機油只潤滑變速機構，氣缸、活塞和曲軸等依靠單獨的機油箱通過機油泵或手工，把機油混合到汽油內一齊燃燒，同時達到潤滑相關部位的目的，所以兩衝程發動機會冒藍煙，而四衝程發動機正常下不冒煙。
同等條件下，兩衝程發動機轉速更高，氣缸部位熱量更大，所以它的散熱片也做的更大些。兩衝程動機噪音和震動較大，四衝程發動機噪音和震動較低。
四衝程發動機更先進，廣泛應用於各類以燃油為動力的機械上，兩衝程發動機越來越少，只應用於小型機動車的動力如專用賽道車型和一些小型的通用發動機（如油鋸、割草機等）。
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