在滅亡南宋的初期，元朝在長江以南地區的統治是很不穩定的。

首先，儘管伯顏等將帥申令不殺，禁止擄掠，但在征伐過程中實際上做到的只是制止普遍的大屠殺和大掠奪，而一般的殺掠和破壞仍然在所難免，這自然引起江南人對元軍的憎恨。

其次，在摧垮南宋政權以後，元延還來不及層層設置新的統治機構，即使有了機構，一時委派的官吏也很混雜，因此，不少地方還沒有建立起新的統治秩序。

在這種情況下，阿合馬、盧世榮，桑哥等又不斷派人到江南苛徵稅課，料民括馬，使得地方官吏乘機更加殘酷地盤剝和騷擾百姓。此外，元延為征伐日本在一些地方“拘水手，造海船”，也弄得民不聊生。“法令苛急，四方騷動。”元朝統治者的暴虐和剝奪導致了江南各地反元鬥爭的爆發。

一、規模較大的反元勢力

向從1276年起，江南“盜賊蜂起”，遍及今浙江、福建、江西、廣東、廣西各地，延續達二三十年之久。僅1288年間，“江南盜賊凡四百餘處”。“盜賊”是元朝統治者的籠統說法。在當時情況下，有一些確是十百成群、打家劫舍的盜賊。但另有一些隊伍聚眾成千上萬，這就不是尋常的“盜賊”。其中，有的基本上是地方豪強的割據武裝，有的基本上是人民的反抗鬥爭，但矛頭都是針對元朝的，都在某種程度上具有反元的性質。

下面我們舉幾個規模較大的事例。

1278年十一月，建寧路政和縣(在今福建建甌東北)黃華聚集鹽夫，聯絡建寧(治今建甌)、括蒼(在今浙江麗水東南)和許夫人領導的畬民起事。黃華的隊伍剪髮文面，號頭陀軍，發展到三萬人。在元軍鎮壓下，1280年，黃華一度向元朝投降，任建寧路總管。1283年十月，黃華復反，聚眾至幾十萬，並稱用亡宋趙吳的“祥興”年號。1284年正月，他遭到元軍追擊，自焚而死。

與黃華起事的同一年，陳桂龍、陳吊眼叔侄兩人在福建漳州起兵，活躍在漳州、汀州(今長汀)等路。他們的勢力也發展到五萬人。1282年三月，陳吊眼兵敗，在千壁嶺被元軍擒獲處死。同年四月，陳桂龍投降。

1283年九月，廣東黎德、區將軍眾十萬起事，“改元僭號”，封相、招討等職，活躍在海上，1284年十一月被鎮壓。

1288年正月，畬民鍾明亮起事於循州(治所在今廣東龍川以西)，有眾萬餘，攻略梅州(今廣東梅縣)、贛州(今屬江西)、寧都(今屬江西)等地。次年五月，鍾明亮向元將月的迷失投降。月的迷失奏請任他為循州知州，忽必烈不準，令他赴京。於是鍾明亮復反，又向梅州、漳州等地進攻。在元廷集中江淮、江西、福建三處兵力進討後，1290年五月，鍾明亮又向月的迷失等投降。忽必烈詔月的迷失等把他縛送京城，鍾明亮聞知，再反，但以後已無大的聲勢。

當鍾明亮聲勢起來時，1288年四月，廣東董舉賢等七大老聚眾萬餘，活躍於韶州(治所在曲江，今韶關)、雄州(治所在南雄)、江西南部諸郡以及福建汀州，鬥爭堅持到1289年閏十月。

1289年三月，浙江台州(今臨海)楊鎮龍起兵於寧海，有十二萬之眾，攻打東陽、義烏、嵊縣、新昌、天台、永康等縣，浙東大震。但不久即被元軍鎮壓，楊鎮龍在東陽被擒殺。

1292年間六月，上思州(今廣西上思東南)知州壯族黃聖許起兵，聚眾二萬，佔據忠州(在今上思西北)，攻邕州(今南寧)等地。在元軍進剿下，黃聖許逃往交趾。黃聖許及其後裔堅持鬥爭直到十四世紀二十年代初。

1296年七月，贛州興國縣民劉季(劉六十)起事，自號劉王，刻印為“皇漢高祖廣新之帝”，設朝殿，開行省，置丞相、左右丞、將軍等官，宣言“止殺官中人”。劉季攻打吉安路永豐。十月被元軍捕殺。

二、起事的隊伍不能形成堅強有力的反元力量

上面這些反元鬥爭有相當廣泛的社會基礎，參加者大多數是農民，還有鹽夫、地方官吏、豪強以及畬、壯、等少數民族。起事的首領往往稱王稱帝，建號建國，但沒有明確的政治主張嚴密的組織形式。有的隊伍打起趙宋的旗號，甚至打起漢高祖的旗號，表現了一定程度的民族意識，但由於殘宋小皇帝都已葬身大海，這些旗號似乎也缺乏號召力。有的首領設置一些丞相、元帥之類的官職，但實際上他的隊伍是鬆懈的，沒有什麼嚴密的組織和紀律。

因此，起事的隊伍儘管很多，有的隊伍甚至短時間內發展到幾萬人，但不能形成堅強有力的反元力量。各支隊伍之間也很少配合，不僅不配合，甚至互相攻殺。當元軍來鎮壓時，們能利用山嶺起伏的地形，出沒其間，使元軍疲於奔命。但絕大多數隊伍堅持不了多久即被鎮壓下去。聲勢大、堅持又久的是黃華和鍾明亮，但他們都是鎮壓緊了投降，投降以後又反，反反覆覆，最後還是歸於失敗。

元軍在鎮壓的過程中又增加了對江南各地的騷擾，誅殺俘掠良民的情況十分嚴重。如元江西行樞密院副使月的迷失是當時負責進剿反元鬥爭的主要官員之一，他的特點就是“盜起不即加兵，盜去延誅平民。”由於元軍的騷擾，軍過之處，平民逃離，一片淒涼景象。元人張憲《富陽行》有詩句寫道：

城南城北血成窪，

十里火雲飛火鴉，

將軍豪飲不追殺，

掠盡野民三百家。

三、反元鬥爭連綿不斷也促使元廷對江南採取一些嚴厲的措施

元廷一貫禁止漢人、南人民間持有兵器，1284年，甚至進一步申令禁止民間廟宇供奉真刀真槍。1289年，再次今禁止江南人民持帶弓矢，犯者籍而為兵。

元朝官將發現“江南豪右(豪門大族)，多庇匿盜殿”，因而對他們嚴加打擊。僅江西一地，處罪以至誅殺的豪右即達三百家。1293年十二月，元又決定，凡是“庇匿盜賊”的豪右，為首者處死，其餘徒往內地州縣。

​所以，元滅南宋以後，在鎮壓江南各地反元鬥爭的過程中，基本上摧垮了江南原有的富家巨室。這就使江南社會的地主階級的構成狀況發生了變化。當時，還有人提出宋宗室在江南影響很深，應當把他們全部遷到北方去，忽必烈也打算實行。但江淮行省等處官員勸阻說：“江南本來就不安定，遷徙宋宗室，人心必將動搖。”這才使忽必烈改變了主意。