清朝於順治元年（1644）設山東巡撫一職，全稱： 巡撫山東等處地方提督軍務、糧餉兼理營田。駐濟南，官階為正二品，併成為定製。康熙四十年，管理山東河道。康熙五十三年（1714）兼辦理臨清關事務；乾隆八年（1743）兼提督銜；道光十七年（1837）兼理山東鹽政事務。由於有以上兼職，實際上清朝山東巡撫為從一品，是代表中央統管山東全省軍政事務的最高地方行政長官。另設其辦事機構“巡撫衙門”，又稱“巡撫部院署”或“巡撫院署”，是全省最高行政機關，駐濟南珍珠泉院內。衙門內部沒有固定的組織機構，只有“六房書吏幕友”和一些附屬職員，“六房”即吏、戶、禮、兵、刑、工各房，分掌其事；書吏幕友掌管文書案件。其組織機構特點為決策的官員少而精，辦理具體事務的胥吏多。據光緒《山東通志·職官志》載，清代1840年鴉片戰爭爆發前山東共有116位巡撫，有科舉功名的為55人，佔總數的47%，其中進士為41人，佔總數的35%，舉人貢生等為14人，佔12%；南方籍巡撫為30人，其中進士為23人，進士比例高達77%。沒有取得科舉功名而又能出任巡撫之職的多為滿洲親貴。
有清一代歷任山東巡撫凡152人，名單如下：
方大猷，浙江烏程人，順治元年（1644年）八月任。
丁文盛，遼東廣寧人，順治二年（1645年）任。
張儒秀，遼東人，順治四年（1647年）任。
呂逢春，遼東人，順治五年（1648年）任。
朱國柱，遼東人，順治五年（1648年）任。
夏玉，遼東人，順治六年（1649年）任。
耿燉，遼東貢生，順治十一年（1654年）任。
許文秀，奉天人，順治十六年（1659年）任。
蔣國柱，奉天人，順治十八年（1661年）任。
周有德，奉天遼陽人，康熙二年（1663年）任。
劉芳躅，順天宛平進士，康熙七年（1668年）任。
袁懋功，順天香河人，浙江進士，康熙九年（1670）任，死後諡曰“清獻”。
張鳳儀，直隸宣化進士，康熙十年（1671年）任。
趙祥星，奉天義州人，康熙十二年（1673年）任。
施維翰，江蘇上海進士，康熙十八年（1679年）任。
徐九齡，浙江錢塘進士，康熙廿二年（1683年）任。
張鵬，江蘇丹徒進士，康熙廿三年（1684年）任。
郎永清，奉天人，康熙廿五年（1686年）任。
錢珏，浙江嘉興舉人，康熙廿六年（1687年）任。
佛倫，滿洲正白旗人，康熙廿八年（1689年）任。
桑格，滿洲正白旗人，康熙卅一年（1692年）任。
楊廷耀，奉天海城人，康熙卅四年（1695年）任。
李煒，直隸武清舉人，康熙卅五年（1696年）任。
王國昌，奉天官學生，康熙卅七年（1698年）任。
趙世顯，奉天人，康熙卌三年（1704年）任。
蔣陳錫。江蘇常熟進士,康熙卌八年（1709年）任。
李樹德，漢軍正黃旗人，康熙五十年（1711年）任。
謝賜履，廣西全州舉人，康熙六十一年（1722年）任。
黃炳，滿洲正白旗人，雍正元年（1723年）任。
陳世倌，浙江海寧進士，雍正二年（1724年）任。
布蘭泰，滿洲正白旗人，雍正三年（1725年）任，死後諡曰“慤僖”。
塞楞額，滿洲正白旗進士，雍正四年（1726年）任。
嶽浚，四川成都廕生，雍正六年（1728年）任。
法敏，滿洲鑲藍旗人，乾隆二年（1737年）任。
碩巴，滿洲正黃旗人，乾隆四年（1739年）任。
朱定元，貴州廣平舉人，乾隆五年（1740年）任。
晏斯盛，江西新喻進士，乾隆七年（1742年）任。
喀爾吉善，滿洲正黃旗人，乾隆八年（1743年）任。
方觀承，安徽桐城人，乾隆十一年（1746年）任。
阿里袞，滿洲正白旗人，乾隆十一年（1746年）任。
白準太，滿洲正黃旗人，乾隆十二年（1747年）任。
兆惠，滿洲正黃旗人，乾隆十六年（1751年）任，死後諡曰“文襄”。
鄂容安，滿洲鑲黃旗人，鄂爾泰長子，乾隆十六年（1751年）任，死後諡曰“剛烈”。
楊應琚，漢軍正白旗人，乾隆十七年（1752年）任。
郭一裕，湖北漢陽人，乾隆十九年（1754年）署任。
鄂樂舜，滿洲鑲藍旗進士，鄂爾泰從子，乾隆二十年（1755年）調任。
白鐘山，漢軍正藍旗人，乾隆二十年（1755年）署任。死後諡曰“莊恪”。
愛必達，滿洲鑲黃旗人，遏必隆孫，乾隆廿一年（1756年）署任。
鶴年，滿洲鑲藍旗進士，乾隆廿一年（1755年）調任。
楊錫紱，江西清江進士，乾隆廿一年（1755年）署任。
阿爾泰，滿洲正黃旗副貢，乾隆廿二年（1756年）任。
崔應階，湖北江夏廕生，乾隆廿八年（1763年）任。
梁翥鴻，陝西三原廕生，乾隆廿九年（1764年）任。
明德，滿洲正紅旗任，乾隆卅一年（1766年）任。
李清時，福建安溪進士，乾隆卅二年（1767年）任。
富尼漢，滿洲正黃旗舉人，乾隆卅三年（1768年）任。
彰寶，滿洲鑲黃旗翻譯舉人，乾隆卅三年（1768年）任。
富明安，滿洲鑲紅旗人，乾隆卅四年（1769年）任。
何煟，浙江山陰人，乾隆卅六年（1771年）任。
周元理，浙江仁和人，乾隆卅六年（1771年）任。
徐績，漢軍正藍旗舉人，乾隆卅六年（1771年）任。
楊景素，江南甘泉人，乾隆卅九年（1774年）任。
郝碩，漢軍鑲黃旗廕生，兩江總督郝玉麟之子，乾隆卌二年（1777年）任。
國泰，滿洲鑲白旗廕生，四川總督文綬之子，乾隆卌二年（1777年）任。
諾穆新，滿洲人，乾隆卌七年（1782年）署任。
明興，滿洲鑲黃旗人，乾隆卌九年（1783年）任。
長麟，滿洲鑲黃旗進士，乾隆五十二年（1787年）任。
胡季堂，河南光山廕生，胡煦之子，乾隆五十五年（1790年）署任。
惠齡，蒙古正白旗人，乾隆五十五年任，五十八年再任，嘉慶五年三任，後諡曰“勤襄”。
江蘭，安徽歙縣貢生，乾隆五十六年（1792年）護任，五十七年再護。
吉慶，姓覺羅氏，滿洲正白旗人，乾隆五十七年（1793年）任。
福寧，滿洲鑲藍旗生員，乾隆五十八年（1794年）任。
穆和蘭，滿洲旗人，乾隆五十九年（1795年）任。
畢沅，江蘇鎮洋（今太倉）狀元，乾隆五十九年（1795年）任。
玉德，滿洲正紅旗人，乾隆六十年（1795年）任。
伊江阿，滿洲正白旗人，永貴之子，嘉慶元年（1796年）任。
宜興，滿洲旗人，嘉慶四年（1799年）以倉場侍郎暫署。
嶽起，滿洲鑲白旗舉人，嘉慶四年（1799年）任。
陳大文，河南杞縣人，原籍浙江會稽，進士，嘉慶四年（1799年）任。
全保，蒙古鑲黃旗人，嘉慶五年（1800年）護任，十一年署任。
蔣兆奎，陝西渭南進士，嘉慶五年（1800年）任。
吳俊，江蘇吳縣進士，嘉慶五年（1800年）護任。
和寧，又名和瑛，蒙古鑲黃旗進士，嘉慶六年（1801年）任。
祖之望，福建浦城進士，嘉慶七年（1802年）任。
倭士布，滿洲正紅旗人，嘉慶七年（1802年）任。
陳鍾深，廣西臨桂舉人，嘉慶八年（1803年）護任。
鐵保，滿洲正黃旗進士，嘉慶八年（1803年）任。
長齡，蒙古正白旗人，嘉慶十一年（1806年）任。死後諡曰“文襄”。
邱庭隆，順天宛平進士，原籍江蘇，嘉慶十一年（1806年）護任。
吉綸，滿洲鑲藍旗任，嘉慶十二年（1807年）任，十四年再任。
百齡，漢軍正黃旗進士，嘉慶十三年（1808年）任。
朱錫爵，順天大興舉人，嘉慶十四年（1809年）護任，十七年再任。
同興，滿洲鑲黃旗人，嘉慶十六年（1811年）任。
章煦，浙江錢塘進士，嘉慶十九年（1814年）署任。死後諡曰“文簡”。
陳預，順天宛平進士，嘉慶十九年（1814年）任。
和舜武，滿洲鑲黃旗人，嘉慶廿三年（1818年）任。死後諡曰“恭慎”。
程國仁，河南商城進士，嘉慶廿四年（1819年）任。
李鴻賓，江西德化進士，嘉慶廿五年（1820年）署任。
錢臻，浙江嘉興廕生，錢汝誠之子，錢陳群之孫，嘉慶廿五年（1820年）任。
徐炘，直隸天津舉人，道光元年（1821年）任。
琦善，滿洲正黃旗廕生，道光元年（1821年）任，三年再任，五年三任，七年四任。
楊健，湖南清泉進士，道光二年（1822年）護任。
程含章，雲南景東廳舉人，道光三年（1823年）任，七年再任。
訥爾經額，滿洲正白旗進士，道光五年（1825年）護任，六年再護任，九年任。
伊里布，滿洲鑲黃旗進士，道光五年（1825年）任。
武隆阿，滿洲正紅旗人，道光五年（1825年）任。
賀長齡，湖南善化進士，道光六年（1826年）署任，七年再署任。
陳中孚，湖北武昌進士，道光六年（1826年）任。
盧坤，順天涿州進士，道光六年（1826年）任。死後諡曰“敏肅”。
劉斯嵋，江西南豐進士，道光九年（1829年）護任，十二年再護，十六年三護。
鍾祥，漢軍鑲黃旗進士，道光十二年（1832年）任。
經額布，滿洲正黃旗人，道光十六年（1836年）任。
楊慶琛，福建侯官進士，道光十九年（1839年）護任。
託渾布，蒙古正藍旗進士，道光十九年（1839年）任，廿二年再任。
程鷸採，江西新建進士，道光廿一年（1841年）授，未到任。
梁寶常，直隸天津進士，道光廿一年（1841年）任，廿三年再任。
麟魁，滿洲鑲白旗進士，道光廿二年（1842年）任。死後諡曰“文端”。
王篤，陝西韓城進士，道光廿三年（1843年）護任，廿四年再任。
覺羅崇恩，滿洲正紅旗廩貢，道光廿四年任，咸豐三年署任，四年三任，七年四任。
陳孚恩，江西新城（今黎川）拔貢，道光廿七年（1847年）署任。
張灃中，陝西潼關進士，道光廿七年（1847年）任。
徐澤醇，漢軍正藍旗進士，道光廿八年（1848年）任。
劉源灝，順天永清進士，道光廿八年（1848年）護任，咸豐元年再任。
陳慶偕，浙江會稽進士，道光廿八年（1848年）任，咸豐元年再任。
李惠，陝西華陰進士，咸豐二年（1852年）任。死後諡曰“恭毅”。
張亮基，江南銅山舉人，咸豐三年（1853年）任。死後諡曰“慧肅”。
吳廷棟，安徽婺源拔貢，咸豐七年（1857年）護任。
文煜，滿洲正藍旗人，咸豐九年（1859年）任，十年再任。死後諡曰“文達”。
清盛，滿洲正藍旗人，咸豐九年（1859年）護任，十一年再任。
譚廷襄，浙江山陰進士，咸豐十一年（1861年）任。死後諡曰“端簡”。
閻銘敬，陝西朝邑進士，同治二年（1863年）任，五年再任。死後諡曰“文介”。
丁寶楨，貴州平遠進士，同治五年署任，十一年再任，十三年三任，諡曰“文誠”。
文彬，滿洲正白旗進士，同治十年（1871年）署任，十二年再署。
李元華，安徽六安舉人，光緒二年（1876年）護任。
文格，滿洲正黃旗進士，光緒三年（1877年）任。
周恆祺，湖北黃陂進士，光緒五年（1879年）任。
任道鎔，江蘇宜興拔貢，光緒七年（1881年）任。
陳士傑，湖南桂陽拔貢，光緒九年（1883年）任。
張曜，順天大興人，祖籍浙江，光緒十二年（1886年）任。死後諡曰“勤果”。
福潤，蒙古正紅旗附貢，光緒十七年（1891年）任。
湯聘珍，湖南善化人，光緒十八年（1892年）護任。
李秉衡，奉天海城人，祖籍山東，光緒二十年甲午（1894年）任。
張汝梅，河南密縣人，光緒廿三年（1897年）任。
毓賢，滿洲正黃旗人，光緒廿五年（1899年）任。
袁世凱，河南項城人，光緒廿五年（1899年）任，廿七年丁母憂服闕改署任。
胡廷幹，河南光州（今潢川）進士，光緒廿七年（1901年）護任，三十年署任。
張人駿，直隸豐潤進士，光緒廿七年（1901年）任。
周馥，安徽建德附貢，光緒廿八年（1902年）任。
尚其亨，漢軍鑲藍旗進士，光緒三十年（1904年）護任。
楊士驤，安徽泗州進士，光緒卅一年（1905年）任。死後諡曰“文敬”。
吳廷斌，安徽涇縣人，光緒卅三年（1907年）署任。
袁樹勳，湖南湘潭人，光緒卅四年（1908年）任。
孫寶琦，祖籍仁和人，宣統元年（1909年）任。
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