葉爾羌汗國是中國明朝新疆建立的伊斯蘭教地方政權，奠基者是察合臺後裔賽依德，他是東察合臺汗國滿速爾汗的三弟，為爭奪權利，聯合另一兄長赫力烈在伊犁河谷和七河流域發動暴亂反對滿速爾汗，並顛覆了亦力把裡政權。不久，暴亂被滿速爾汗平定，赫力烈被殺，賽依德逃亡到帕米爾高原，並控制了費爾幹盆地。由於在塔里木盆地以南擴張的屢次受挫，他逃往阿富汗的喀布爾城，投奔遠親帖木兒的後裔巴布爾。
1512年，賽依德隨巴布爾的軍隊回到撒馬爾罕城。但1512年，烏孜別克軍隊攻佔費爾幹盆地，巴布爾軍潰敗。賽依德再次進入塔里木盆地南緣。
1512年秋，賽依德率兵攻佔阿圖什，切斷了阿克蘇與喀什的聯繫，圍困了杜格拉部的統治者阿巴拜克。暴君阿巴拜克被困三個月，突圍逃往葉爾羌城。
1513年，喀什、阿克蘇、葉爾羌相繼被賽依德的軍隊攻陷。在葉爾羌城城被攻陷前阿巴拜克讓位給兒子，自己攜大批財寶外逃，他將大批財寶倒入喀浪沽河，企圖拖延賽依德軍隊追擊的速度，但他仍舊在崑崙山被俘，在押往葉爾羌的途中被秘密處死。
1514年9月，賽依德正式稱汗，定都葉爾羌，建立了葉爾羌汗國。
隨著東察合臺汗國的衰微，葉爾羌汗國的勢力滲入伊犁河谷 葉爾羌汗國和巴爾喀什湖一帶。1516年，滿速爾汗向賽依德稱臣。之後，賽依德相繼征服了巴達克山和帕米爾高原南部的瓦罕地區，並一度深入到今巴基斯坦俾路支地區。隨後賽依德領兵進攻克什米爾，突入克什米爾腹地，並逼近克什米爾都城，但不久遭到當地軍民的反抗，1533年，賽依德撤軍，病死在返回葉爾羌的途中。
汗位的繼承權引發統治階級內部紛爭。汗國宰相陰謀篡權未遂，被賽依德汗的長子拉失德處死。1533年，拉失德成為葉爾羌汗國的第二代汗。他是一個對文化活動相當重視的君主，葉爾羌汗國進入了文化繁榮期。他在位期間，其妻子阿瑪尼沙罕開始組編《木卡姆》，為後人留下了寶貴的文化財富。1570年，熱西德死後，其子阿不都克里木繼位。當東察合臺汗國的沙汗戰死後，阿不都克里木趁機出兵佔領吐魯番、哈密等東部地區，重新統一西域。東察合臺汗國就此消失。此時，葉爾羌汗國達到鼎盛時期疆域包括天山南部、巴爾喀什湖以東、以南地區費爾幹盆巴達克山、和瓦罕地區，管轄著祖國西部實際的版圖。
阿不都克里木之後拉失德的五子穆罕默德稱汗。穆罕默德之後，其子艾合買提有過短時間執政。拉失德的九子阿不杜熱依木進軍葉爾羌企圖稱汗，但在阿克蘇遭到打擊，1594年，阿不杜熱依木在吐魯番建立政權統轄東起哈密西至賽拉米(今拜城)之間的塔里木盆地的北緣地區。並一度越過天山，使準噶爾盆地以東的七個小汗國臣服於他。葉爾羌汗國開始分裂。之後，葉爾羌汗國的統治權又回到拉失德汗諸子手中。新可汗是阿不都裡提夫。葉爾羌汗國的衰敗自此開始。他死後，其婿穆罕默德繼位。
1627年，吐魯番統治者阿不杜熱依木之子阿不杜拉繼位。乘其兄弟爭奪吐魯番統治權之機，阿不杜拉帶領葉爾羌汗國軍隊出兵吐魯番，再次統一了葉爾羌汗國，並使哈密市臣服。他任命胞弟蘇里唐為吐魯番阿奇木，直接行政管轄吐魯番市。接著，他出兵伊犁河谷，在鞏乃斯草原擊敗了準噶爾汗國軍隊，重新控制伊犁河谷和巴爾喀什湖一帶。經過一系列戰爭，葉爾羌汗國再次統一塔什干和費爾幹。葉爾羌汗國大體恢復到賽依德時期的疆域。
1655年，阿不杜拉與清朝建立聯繫。第二年，阿不杜拉向清朝稱臣，並遣使入貢。1665年阿不杜拉朝覲歸途中在印度德里死去。
1665年，阿不杜拉長子堯勒瓦斯繼承汗位，兩年後，堯勒瓦斯被謀殺。其弟司馬依繼位。此時，葉爾羌汗國的統治範圍急劇縮小。塔什干、費爾乾等帕米爾以西地區脫離了葉爾羌汗國。
在伊犁河谷和巴爾喀什湖一帶準噶爾汗國取代了葉爾羌汗國的統治。司馬依的統治勉強維持了十二年。1680年伊善教派的白山派首領和準噶爾可汗推翻了司馬依的統治。賽依德家族的葉爾羌汗國結束了。
葉爾羌汗國從1514年建立，歷經6代、11位汗主政，到1680年被準噶爾部滅亡，存在了166年。
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