張居正去世後，被壓抑多年的萬曆皇帝滿血復活，準備對自己的老師下手，新賬老賬一塊算。古話說“君要臣死臣不得不死”，皇帝想要收拾臣子那也是分分鐘的事。可要是有相當資歷的人站出來說句公道話，或許張居正的家人也不會那麼悲慘，而當時，具備這個說話分量的人便是內閣首輔申時行。
申時行是嘉靖四十一年的狀元，他既有口才也有文才，但卻少了力挽狂瀾、伸張正義的勇氣。在官場上表現得極為圓滑機敏，從不做出格的事，也儘量不得罪人。所以，滿朝上下，誰也不嫉恨他，仕途一帆風順。
萬曆六年（1578年）六月，張居正要回鄉葬父，內閣缺人，便將申時行從吏部右侍郎提撥為左侍郎兼東閣大學士，入閣參政。張居正的想法是，提撥這樣一個聽話的人入閣，即使自己不在朝中，政局也不至於出現不利於自己的變化，並且在自己死後，申時行有可能提撥為首輔，好維護自己的家人。儘管張居正提撥申時行有個人利益在裡頭，但對於申時行來說，張居正對他的確有恩。
萬曆十年（1582年）六月，張居正去世，次輔張四維升為首輔。不到一年時間，張四維就回鄉守孝，呂調陽也因病辭官，申時行果然升為首輔。是時，政局已經大變，由於張居正施政較為嚴厲，觸犯了很多人的利益。所以他一死，反對勢力馬上抬頭，彈劾他的奏章像雪片一樣飛向朝廷，並迅速勾起了年輕的神宗平時壓抑著對張居正的不滿。
在萬曆十一年（1583年）上半年，神宗已經奪了張居正三個兒子的官職，撤銷了張居正本人生前所得的太師頭銜，接著是抄沒家產，並將張居正的兄弟子侄充軍。在這種黑雲壓城城欲摧的情況下，要保護張家的利益確實不容易，申時行不敢冒這樣的風險，順水推舟，任憑事態的發展。
申時行不僅善於明哲保身，不肯仗義執言，給張居正一個正確的評價，還儘量迎合聖意。神宗對政事向來不太上心，申時行掌權後，投其所好，教給他一個偷懶的法子——留中。所謂留中就是把朝臣的奏章壓下來，不公佈，也不批覆，甚至看都不看。留中歷朝歷代都有，只不過偶爾為之，是皇帝一時無法決定或不能決定而採取的措施。但到了神宗這裡，留中便成了家常便飯。
申時行給皇帝出得這個餿主意實際上對國家有破壞性，但卻能討得神宗的歡心，此後也越來越被倚重。但朝中正直之士對他的評價卻越來越低，有人說他“媚行取悅”，有人說他“逢君之惡”。
申時行的圓滑不光只表現在明哲保身與獻媚寵上，也表現在風險不大時，能用點心智救人於絕境，以換取朝臣的好感。萬曆十七年（1589年），大理評事雒於仁見神宗既貪財又好色，曾上書諫言，用詞很尖銳。神宗看過十分憤怒，打算置雒於仁於死地。
申時行覺得如果雒於仁上書而被殺，自己定要受到輿論的譴責，便利用神宗既恨雒於仁又怕將他的奏疏張揚出去的心理，及時採取了補救的辦法。神宗氣消之後，赦免了雒於仁的死罪，而且未受牢獄之苦，得以平平安安辭官回鄉。
這件事的處理果然讓申時行得到不少人的讚許。另外，他最終還是機敏地幫了已死的張居正一把，使他免於剖棺戮屍之禍。
張居正家破人亡之後，神宗的餘怒未消，凡是有為張居正說話的人，無不立即獲罪；反之，凡毀謗張、主張追論其罪的則無不受到褒獎。這種局勢促使一些小人千方百計以攻擊張居正來換取自己的進身之階，且用心愈見險惡。
有個叫丁此呂的御史，甚至上疏彈劾侍郎高啟愚先前出的會試題《舜亦以命禹》暗含勸張居正自立為帝之意。此議一出，引起又一次反張高潮，有人竟提出將張居正以“大逆”論處，人死了也要開棺戮屍。神宗很高興地將這些奏疏拿給申時行看，想聽聽他的建議。
申時行不想把事情做絕，更不贊成這種沒完沒了地落井下石的做法。最關鍵的是，在自己主政期間出現這種事，勢必落得千古罵名。但是，他也明白，如果公開為張居正辯解，結果會適得其反。於是他不談張居正的事，只就丁此呂的奏章說：“此呂以曖昧陷人大辟，恐讒言接憧而至，非清明之朝所宜有。”他以“清明之朝”來滿足神宗的虛榮心，使神宗心甘情願地不再追論。
面對神宗這樣不堪輔佐的君王，申時行雖身為首輔，卻似乎從來也沒有“以天下為己任”、“鞠躬盡瘁，死而後已”的打算。張居正的前車之鑑更讓他懂得“物極必反”“盛極必衰”的道理。萬曆十八年（1590年），儘管神宗還十分信任他，他卻一再請求致仕，神宗多次挽留無效，終於在57歲那年退隱田園。
直到萬曆四十二年（1614年），申時行才病逝，活了80歲。可以說，申時行位極人臣，善始善終，而未曾受到政治風波的衝擊，是圓滑的勝利，是庸人的勝利。他當權近十年毫無建樹，對國家民族而言，其人生價值並不高。
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