列藩同盟
德川幕府雖亡，但內戰還沒有結束。被列為“朝敵”的會津藩主松平容保自回會津以後，整備軍火，改革兵制，準備和新政府軍決一死戰，會津一時成為反新政府勢力的中心。江戶開城以後，原幕府步兵奉行大鳥圭介就帶領精兵2000從江戶逃往會津藩。同時，東北（陸奧、出羽、越後）地方諸藩並不希望把奧羽地方捲入戰火中。但政府不但把會津列為朝廷的逆賊，還指明也是幕府的逆賊。並且提出要斬首會津藩主松平榮保。
松平容保
於是5月6日，以會津、莊內兩藩為中心的東北各藩成立了“奧羽越列藩同盟”，發出“討薩檄文”，揚言要清君側和掃除“偽官軍”。戰火終於燃遍了整個東北地區
。
血戰長岡
大村益次郎在上野之戰後，取代西鄉隆盛擔成了官軍的最高指揮。他對付奧羽越同盟的戰略思想是：“首先除去枝葉(指各藩)，莖幹(指會津)自然乾枯。”到6月，官軍兵分三路進行討伐。後來西鄉隆盛擔任了越後方面的海軍總督。
白河位於古奧羽街道的北線起點，是通往奧羽，各地的重要關門。奧羽越同盟建立後，於5月26日對官軍佔領的白河進行了第一次大規模攻擊。以後一直到7月15日，奧羽越同盟軍共組織了七次進攻，即所謂白河七戰，結果全部失敗。官軍始終控制著白河，從正面威脅著同盟，吸引並消耗了它的大量兵力。白河攻防戰在奧羽越戰爭中具有重要意義。
長岡是越後北部強藩，民風質樸強悍。藩主牧野忠信，為德川家康十七將之一的牧野康成之後。他曾在藩內改革兵制，設置軍校，裝備洋槍洋炮。長岡藩軍事總督河井繼之助早在歸藩前就把江戶藩邸內的古董和什器全部變賣，以所得款項從外國商人處重金購入了兩門最新式的“加提林”自動速射銃炮（1862年由美國人加提林發明，南北戰爭期間曾使用過，在清朝被稱為快炮又名十門連珠炮），這種威力強勁的武器當時在日本總共只有三門。5月初長岡曾與官軍談判要求武裝中立被拒絕，遂加入奧羽越同盟和官軍作戰。5月19日，官軍攻克長岡。長岡城下町屋舍被焚燬達二千五百餘間，兵學所、藩校崇德館、社寺等重要設施也蕩然無存。“數十年來所積之軍用金二十萬兩，大炮四十門，武器彈藥無算，盡被‘賊軍’（指官軍）掠走”。以後雙方在長岡附近反覆格鬥，難解難分。7月初官軍增兵達四萬三千人，這裡是整個奧羽越戰爭中投入兵力最多的一個地區。由於官軍握有制海權，柏崎、新澙等港口很快被官軍所控制。河井繼之助為了避免長期消耗而尋求決戰。7月24日，在米澤等藩兵的配合下，終於擊敗官軍奪回長岡。隨後，會津、仙台等盟軍先後開到，但河井身負重傷，盟軍失去指揮，未能組織追擊。官軍於7月29日反攻奪回長岡，同盟軍在越後北部徹底敗北。長岡爭奪戰是奧羽越戰爭中最激烈的一個戰役。長岡的二次失守，吹響了“奧羽越列藩同盟”滅亡的號角。屬於列藩同盟的越後諸藩相繼向新政府投降。
攻克會津
8月23日，坂垣退助的中路軍抵達會津若松城下，官軍開始醞釀會津攻堅戰。當時軍中有兩種戰略，一是繼續沿用“除支弱幹”的辦法，先征服米澤，仙台；一是先攻會津，理由是如果米澤仙台久攻不下則戰事勢必拖延到冬季，這對以薩摩、長州等南方兵為主的官軍很不利。於是官軍決定採用“會津攻城，仙米攻心”的戰略。
9月初，包圍會津若松城的官軍達到3萬人。從9月14日開始，官軍發動總攻擊。22日，會津城彈盡糧絕，松平容保不得不開城投降。反政府勢力的最強悍的一個據點被拔掉，在此前米澤藩和東北第一大藩仙台藩已經相繼投降。官軍在本州島上確立了完全的統治。
會津若松城
參戰雙方，軍力和裝備的懸殊，使得這場戰鬥毫無懸念，會津藩付出了陣亡3000人的代價守護了武士最後的尊嚴。其中最為著名是由16、17歲會津藩士的子弟們組成的少年敢死隊“白虎隊”與官軍的戰鬥失敗後，從遠處看到會津城起火，誤以為會津城已失陷，於是19位少年隊士在飯盛山集體剖腹自殺。此外還有許多人集體自殺。而政府軍不允許安葬失敗者屍體，只得任其腐爛，直到12月才允許埋葬，但是仍然不允許樹碑題詞。幸運的是松平容保沒有被處以死刑，得以善終。
由於會津戰後的處理方式過於殘忍，因此會津地方的人們對長州藩的積怨沿襲了百餘年。甚至已經進入現代社會的福島縣的人們仍然對會津戰爭耿耿於懷。下面的幾種說法雖然不是出自史料，但卻可以看到這場戰爭對福島縣人的影響。
・戊辰戰爭結束後，軍部等政府機關部門招人時，如果是山口縣人，則大部分都能被錄取；相反的，第一次世界大戰中，會津人則一般被派到生還希望渺茫的戰場；
・對會津若松市的市民來說，戰爭讓他們想到的並不是第二次世界大戰，而是戊辰戰爭；
・福島縣人基本上不跟山口縣、鹿兒島縣的人來往。會津若松市的人們拒絕山口縣人住宿，甚至出租車司機拒絕他們乘車；
・ 1986年 ，原長州藩城下町萩市認為戰爭已經結束了近120年，為使兩地人民和解而提出與會津若松市結為友好都市，但卻被會津若松市人以還差兩年為理由委婉（1868-1986）拒絕。
閱讀更多 裡面明面 的文章
