隆慶六年（公元1572年）六月，神宗召見新任首輔張居正。居正向神宗表示，當今國家要務，在於遵守祖宗的舊制，不必紛紛更改。作為一個銳意進取的改革家，這是張居正和王安石的不同之處。王安石聲稱要改革，要創制，因此而大張旗鼓；而張居正只是在祖宗的舊制下動些小手術，雖然不是大氣磅礴，但是行之有效，頗有點打“太極拳”的效果。
張居正不想把事情搞得太張揚，天翻地覆的革故鼎新固然偉大，但前進的速度越快，遇到的阻力也越大，新生事物往往因此而夭折。在這方面，張居正顯得比王安石要老到、明智許多。政由人出，政治的廢弛與混亂在於紀綱的不振。所以張居正上任後的第一個改革舉措便是整飭紀綱。張居正澄清吏治、整肅紀綱的武器是京察和大計。按明制，京官每六年考察一次，叫“京察”，地方官每三年考察一次，叫做“大計”。
但在吏治腐敗、法令不行的條件下，這些制度不能有效實施。隆慶六年（公元1572年）七月，張居正奏請舉行京察。五品以下的由吏部、都察院會同考察；四品以上的官員責令自陳。此次察典，居正著實去除了幾個“以言干政”的人。“芝蘭當路，不得不鋤”。他要實現自己的報國理想，顧不得一些小節，但他在官員的進退上仍然很有分寸，“天生一世之才，自足一世之用”，不輕易去一人。他的用人標準是“能辦國家事，有禮於君者”。即使有這樣的為國之心，但張居正仍不能為一些人所體諒。
京察只是張居正整頓吏治的前奏，好戲是考成法。在張居正謹慎持重的政治事業中，考成法可算是他的一件創舉。萬曆元年（公元1573年）六月，張居正上疏請行考成法。考成法的主要特點是“立限考事”，“以事責人”。辦法其實很簡單，他只要各衙分置三本賬簿。一本記載一切發文、收文、章程、計劃，作為底本。
再同樣造成兩本賬簿：一本送給各科備註，實行一事，註銷一事，如若沒有按期完成，必須由該科如實申報，否則以違制罪論處；一本送內閣查考，內閣根據賬簿登記，對各科的工作進行檢查。這樣就形成六科稽查六部，內閣監督六科，層層監控的政治系統，使內閣成為名實相副的政治中樞。
考成法推出之後，有人攻擊張居正借考成法集權於內閣，攬權自重。張居正的改革是從上層發動的改良運動，這首先要求集權上層，做到事權統一，如果沒有強有力的集權措施，加強朝廷對各級機構的控制，改革就是一紙空文。張居正清醒地認識到這一點，因此而提出“尊主權”，並認為這是關鍵的一點。張居正以此來提高朝廷和詔令的權威，用考成法集權於內閣，加強了中央政府的權力，使改革得到強有力的組織保障。
張居正是一個現實的改革家。他認識到“天下之事，不難於法，而難於法之必行；不難於聽言，而難於言之必效”。所以他不主張增加新的政治機構，也不主張提出新的法令、章程，他只要各級官員們對自己的事務有個清白的交代，而考成法即是簡捷明快、切實可行的考察兌現手段。
辦法已有了，實施則必須嚴格。對未按期限完成分內事務的官員，稽查和處罰都極為嚴厲。萬曆三年（公元1575年）正月，查出各省未完成事件273件，瀆職官員54人。鳳陽巡撫王宗沐、巡按張更化，廣東巡按張守約，浙江巡按肖廩，都因未完成的事務太多而被停俸三月。如此一來，行政效率明顯提高了。通過立限考成，每個官員都有了明確的職責，一批不管事而白吃皇糧的冗官被驅除。
萬曆八年（公元1580年），張居正下令撤銷了蘇松地區擅自添設的管糧參政，並責成吏部檢查各省添設官員人數，核實上報。萬曆九年（公元1581年），一次性裁汰冗官169名。無用的人撤下去之後，有用的人才被提拔上來。張居正大力提倡破除論資排輩的傳統偏見，才德出眾者即使屈居下僚，也可以越級提拔。他起用行伍出身的李成梁作為鎮守邊關的大將；破格提拔其貌醜陋而又瞎了一隻眼的嘉興小吏黃清為淮安府、太僕卿高級官員；重新起用罷官的潘季馴治理黃河。
萬曆五年（公元1577年），正當改革推向高潮時，張居正頒令，特許府、州、縣學的學生直接投考京師國子監，擇優錄取貢生，把各地人才蒐羅到中央。官僚隊伍的陣容大為改觀，衙門辦事作風也煥然一新。
張居正改革的最終目標是富國強兵。他引經據典說：“孔子論政，開口便說‘足食’．‘足兵’。”然而一些王公大臣們對此不以為然，他們公然說：“我們以為張公在朝，當行帝王之道。現在聽他的議論，不過是富國強兵，僅僅這樣，真真使人失望。”這一幫人大談堯舜、周孔之道，要行所謂的“王政”，他們有時也談到宋朝周、程、朱、張的主張，張居正便不客氣地認為這是“老儒臭腐之餘談”。他不想作一些高深的理論，他只要切實辦幾件實事。在他看來，只要他們不礙事，大可不必和他們計較，辦自己的事要緊。
富國強兵二者不可分離。要強兵首先得富國，沒有經濟實力，談何強兵？正因如此，張居正將他的考成法和富國有機聯繫起來。他確定以理財作為考成法的首要標準。國庫主要收入是田賦，他把徵收稅糧情況作為對地方官員考成的主要內容，規定地方官徵賦不足額的，一律嚴懲。當時官場通行的是增加賦稅，向百姓頭上搜刮，不敢提出督繳正賦田稅的主張，因為隱田瞞稅的都是不法權貴，追繳欠稅是在太歲頭上動土。
張居正毅然提出對官員以賦稅為考成主要內容的主張，凡是追繳欠稅不足十分之九的官員都要受到批評、調離甚至撤職。萬曆四年（公元1576年）十二月，據戶科給事中奏報，地方官徵賦不足九成而受到降級處分的官員有：山東17名，河南2名；受革職處分的有：山東2名，河南9名。張居正運用考成法來整頓賦稅，迅速改變了拖欠稅糧的狀況，做到了民不加賦而上用足。
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