所在的天子、朝廷一方實力遠不如董卓的舊部李傕、郭汜等人。
首先，董卓雖然被殺但其舊部實力依然強大，且主力不在長安。
王允、呂布智除董卓，利用的是董卓的粗心，打的是一個時間差，當時董卓最有實力的幾支部隊都集中在長安與洛陽之間。
董卓為什麼這麼粗心？其實也是無奈，當時董卓的老對手黑山軍從兗州方向剛剛撤回太行山區，他們是被曹操打敗的，為了生存，黑山軍決定西進，董卓看到苗頭，為防止黑山軍進攻關中，就命他的女婿牛輔率重兵屯駐在陝縣。
涼州軍其他重要將領，如李傕、郭汜、張濟等部分別在函谷關附近佈防，目的也是防範黑山軍，這些部隊都是涼州軍的主力。
上述這幾支人馬，在賈詡的策劃下反攻長安，一開始只有3、4萬人，但一路行進下來，不斷有涼州軍舊部加入，除李傕、郭汜、張濟等部，董卓的舊部樊稠、李蒙也聞訊率部趕來。
到達長安時這部分涼州軍總人數“已十餘萬”，而王允、呂布所能依賴的主要是幷州軍舊部，以呂布、張遼、李肅等將領為主，人數不得而知，但經過董卓多次整編，他們能上萬就不錯了。
其次，王允不斷在戰略上犯錯誤，錯過了解決董卓舊部的好機會。
由於敵強我弱，所以呂布向王允建議，留在長安的董卓佔部雖然投降，但他們內心是怎樣想的不清楚，對他們不能放鬆警惕。
呂布對王允分析說：“涼州軍中的一些人整個家族和全部產業都在涼州，你讓他死心踏地跟我們走，那是不可能的，他們暫時歸順，一旦有機會勢必反叛，這些人始終是朝廷的大患，我認為應該把這些人關起來。”
但王允不同意這個看法，王允認為：“那些有可能反叛的人，也僅是有可能而已，說他們反叛，現在沒有證據，如何服眾？”
王允的見解表面看起來冠冕堂皇，也顯得挺大氣，但這只是一種愚見，因為他根本不瞭解涼州軍的這些人。
對陝縣等地涼州軍怎麼處理的問題，王允開始打算以天子的名義下詔赦免他們，這本來是正確的策略，但詔書擬好后王允卻突然改變了主意，決定解散涼州軍。
這還不算，王允還決定派人到陝縣緝拿牛輔等涼州軍主要將領來長安進行審判，主張對涼州軍實施招撫的的呂布聞聽此事，大吃一驚。
呂布趕緊來見王允，對他說：“涼州軍素來不服朝廷調遣，董卓已死，眾人正在驚亂，無所適從。如果朝廷肯既往不咎，想必他們不會鬧事，因為這些人都很看重眼前利益，董卓死了，再拼也無益，只要保證他們的安全和利益，他們是會聽命於朝廷的。現在要解散他們，並且緝拿其主要將領，為了生存他們肯定會集結造反，局面將不可收拾！”
王允不同意呂布的看法，理由是：“涼州軍跟著董卓作惡多端，關中百姓的怨氣你也看到了，如果赦免他們的罪行，百姓不答應啊！”
王允的政治智商仍然沒有跳出書呆子的範疇，呂布認為這麼做會激起兵變，局面將不可收拾。
對此，王允絲毫不擔心：“涼州軍也不過屈屈幾萬人，長安城內外現在也有不下幾萬人，東面又有關東聯軍的策應配合，涼州軍想造反得想想後果。現在董卓已死，群龍無首，天子的詔書下達，他們必作鳥獸散。這個我已經仔細考慮過，你不必擔心。”
有人建議派皇甫嵩親赴陝縣，統率涼州軍，以讓他們安心，對於這個建議，王允仍然不同意。
王允的理由看起來更奇怪：“不能這麼做，關東聯軍那些人都是咱們的同志。派皇甫嵩去陝縣，在那裡集結重兵，關東聯軍的諸君會怎麼想？還以為我們要憑險據守跟他們對抗呢。”
王允對呂布的建議一再給予否定，是因為在他內心其實是看不起呂布的，認為他“素輕布，以劍客遇之”。
董卓被殺後，應在第一時間明確對涼州軍的政策，是殺是留，發出的信號必須清晰，王允不僅拖延了寶貴的時間，而且搖擺不定，使外面的各種謠言四起。
最後，在敵強我弱的情況下，長安的守軍又接連發生反叛，呂布雖勇，但無力迴天。
李傕、郭汜等人率10多萬大軍把長安圍了起來，王允這時傻眼了，這才想起和談。
王允派胡文才、楊整修出城去見李傕等人，讓他們二人捎話給涼州軍，只要撤兵一切都好商量。要是早幾天，這正是李傕等人巴不得的，但現在他們手裡已經有了10多萬人馬，已經不把朝廷和王允放在話下了。
胡文才、楊整修見到李傕，也不提和談的事，反而勸李傕等人加緊攻城，他們對李傕等人說，城裡防守兵力很有限，猛攻即下。
涼州軍不撤圍，王允只好硬著頭皮一戰，他派胡軫、徐榮出城迎敵，結果胡軫一了城就投降了涼州軍，而徐榮戰死。
涼州軍加緊攻城，皇甫嵩以車騎將軍的身份主持守城事務，他是一名有經驗的老將，長安城也相當堅固，守上一陣按說沒有困難。
王允也給大家鼓勁：“咱們頂多堅持一個月，關東方面的援軍準到！”其實，關東聯軍是不會到的，因為他們已經散夥了，現在互相之間正打得焦頭爛額，無力也無心管長安的事，即便守上一個月，估計也無濟於事。
結果，城裡並沒有守滿一個月，只守了8天，城裡就有守軍打開城門放涼州軍入城。
打開城門的是叟兵，叟人是西南的一個少數民族，叟兵以打仗勇猛而著稱，這支叟兵人數有1000多人，是益州牧劉焉派來協助朝廷的，董卓執政時他們就來了，董卓死後，他們歸朝廷指揮。
這是一群外形裝束很有特點的人，他們個個曲著頭髮，耳朵上掛著環鐵，穿著奇奇怪怪的衣服，他們善使藤牌、弓箭，初次交手一般人都會吃他們的虧，但是過上幾次招，熟悉了他們的套路，他們的戰鬥力也就不怎麼樣了。
朝廷西遷後，不斷向劉焉催稅催人，劉焉大概為了應付，就派了這支叟兵來，他們不是劉焉的嫡系，更像一支僱傭兵，誰發軍餉聽誰的，在戰場上隨時會倒戈。
偏偏這群叟兵，皇甫司令讓他們擔任了防守長安城東門的重任。叟兵打開東門，涼州軍殺入長安城。
城破後，呂布無力迴天，只帶著幾百名騎兵殺出城去，李傕、郭汜率兵攻到未央宮南宮掖門，在這裡殺了太僕魯馗、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎等朝廷高官。
在長安城裡，涼州軍見人就殺，見東西就搶，官民死了1萬多人，在當時這是一個很大的數字。街道上到處是屍體和燒搶的痕跡，“狼藉滿道”。
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