辣椒定植前後，是死棵高發期，很多棚內辣椒定植兩三次，最後仍剩不下幾棵。
定植前後，造成辣椒死棵的病害主要有疫黴根腐病、莖基腐病、腐皮鐮孢菌根腐病等。其中，疫黴根腐病發生最多，危害也最重。
疫黴根腐病主要為害莖基部，發病快，病程短，植株很快萎蔫死亡，常造成大面積死棵。
莖基腐病也是主要為害莖基部，與疫黴根腐病不同的是，莖基腐病發病稍慢，地上部葉片變黃，由下而上逐漸枯死，病部產生蛛絲狀菌絲，後期常產生黑褐色大小不一的菌核。
腐皮鐮孢菌根腐病主要發生在地表以下的根系，根部皮層腐爛易剝落，但其變色部分一般只限於根部，不沿維管束向上擴展。
以上三種病害，疫黴根腐病由卵菌引起，莖基腐病和腐皮鐮孢菌根腐病則由真菌引起，所用防治藥劑是不一樣的。菜農若能確定當地發生何種病害，如棚內往年僅發生過疫黴根腐病，可以重點 用烯酰嗎啉、霜黴威、甲霜靈錳鋅等防治；僅發生過腐皮鐮孢菌根腐病，可選擇惡黴靈、氰菌唑等防治，用藥更有針對性。
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