早在新石器時代，南安境內就有人類生息繁衍。到夏商兩代，地理區劃屬揚州，此揚州非彼揚州也，堯時中原分為九州，《呂氏春秋》中說：“東南為揚州，越也”。到西周之時，為七閩屬地。春秋末期為越地，戰國中期為楚地。
到秦朝統一六國以後，屬閩中郡。因遠離中原，為“荒服之國”，且越人強悍難於統治，於是秦廢去閩越王的王位，改用“君長”名號讓其繼續統治。至西漢時期，漢高祖封無諸為閩王，封國閩越國，隸屬之。到西漢始元二年，為冶縣地。到東漢時，冶縣改名侯官，先屬東部都尉的侯官縣地，後又增設會稽南部都尉，換屬南部都尉的侯官地。
孫吳永安三年（260），改南部都尉為建安郡，析侯官縣置東安縣，縣治在豐州，隸屬建安郡。管轄興化、泉州、漳州一帶。西晉太康三年（282），析建安郡置晉安郡，改東安縣為晉安縣。隸屬晉安郡。管轄興化、泉州、漳州一帶。南朝宋泰始四年（468），晉安郡改為晉平郡。蕭齊復為晉安郡。
南朝梁天監中（502—519），析晉安郡置南安郡，郡治在豐州，下領晉安、龍溪、蘭水三縣。南安郡初隸揚州，普通六年（532），改隸東揚州。時南安郡與晉安、建安同為全省三大郡，南安地名由此開始。
南朝陳永定元年（557），升晉安郡為閩州，南安郡屬之。天嘉六年（565），閩州廢，南安郡仍隸屬東揚州。光大二年（568），又升晉安郡為豐州（州治設在閩縣，今福州市區），南安郡屬之。
隋開皇九年（589），改豐州為泉州（州治在今福州），南安郡改為南安縣，建安郡改為建安縣。南安縣治設在豐州。隋大業二年（606），改泉州為閩州，南安縣隸屬閩州。大業三年（607），改閩州為建安郡，南安縣上隸建安郡。南安縣的轄地為今泉州市、莆田市、廈門市的大部分及長泰縣。當時的德化歸屬閩縣。
唐武德元年（618），改建安郡為建州，南安縣上隸建州。唐武德五年（622），在舊南安郡地置豐州，治所在今豐州鎮，並析南安縣置莆田縣。豐州下領南安、莆田兩縣。唐武德六年（623），在閩縣復置泉州。武德八年置都督府，轄泉州、建州、豐州。貞觀九年（635），豐州撤銷，南安、莆田兩縣隸屬泉州。
唐嗣聖元年（684），析泉州的南安、莆田、龍溪三縣置武榮州，治所設在今豐州鎮。不久武榮州廢，復泉州。州治設在今福州。唐久視元年（700），因孫師業訴稱赴泉州途遠。又於南安縣置武榮州，下轄南安、莆田、龍溪、清源四縣。唐景雲二年（711），原閩縣所置的泉州改為閩州，武榮州改稱為泉州，南安縣隸屬泉州。唐開元六年（718），析南安縣東南地置晉江縣。
唐天寶元年（742），泉州改為清源郡。南安隸屬清源郡。唐乾元元年（758），清源郡又復為泉州，南安縣隸屬之。唐貞元十九年（803），析南安縣西南四鄉置大同場；長慶二年（822），析南安縣西北二鄉置桃林場；鹹通五年（864），析南安縣西二鄉置小溪場；乾符三年（876），析南安縣武德鄉置武德場。當時的大同場、桃林場、小溪場、武德場仍為南安管轄地。
五代是個動亂的時期，戰禍連綿不斷，當時全國出現10個割據的小國家，“閩國”便是其中的一個，創始人王審知。後唐長興四年（933），王審知次子王延鈞稱帝，國號大閩，泉州歸之。南安縣隸屬泉州。五代後晉開運二年（945），閩國為南唐所滅。後漢乾祐二年（949），南唐升泉州為清源軍；後周顯德二年（955），清源節度使留從效升南安小溪場為清溪縣，武德場為長泰縣，均屬泉州所轄。
宋乾德二年（964），清源軍改為平海軍，南安隸屬平海軍。宋太平興國二年（977），平海軍改為泉州，南安隸屬泉州。元至正十五年（1278），升泉州為泉州路。大德二年改泉州路為泉寧府，南安隸屬泉寧府。不久，又屬泉州路。
明朝洪武元年（1368），朱元璋改福建省所轄的八路為八府，南安隸屬福建省泉州府。
清朝時期，行政區設置繼承明制，最高一級稱省。剩下分府、縣，與府並行的有直隸廳，直隸州；與縣並行的有廳和州。南安縣隸屬福建省泉州府。
民國元年（1912），廢府，實行省、道、縣三級地方建制，設置東西南北四路道，南安縣屬南路道。民國3年（1914）6月，全省按原轄區，置廈門、閩海、汀章、建安四道，南安屬廈門道。民國14年（1925），廢道，實行省、縣二級建制，南安直屬於福建省。
民國22年（1933）11月，國民黨第十九路軍在福州成立中華共和國人民革命政府（史稱“福建人民政府”），12月11日，人民政府第十一次中委會決議，將福建省劃分為閩海、閩上、泉海、龍漳四省和福州、廈門兩個特別市。同月13日，第十二次中委會改原劃的四省名稱為閩海、延建、興泉、龍汀四省。南安縣隸屬興泉省。翌年1月，人民革命政府失敗，南安復位福建省直轄。民國23年（1934）7月，福建省實行行政督察專員制度，全省劃分為10個行政督察區，南安屬第五行政區，區治設同安。民國24年（1935）10月，全省改劃為7個行政督察區，南安隸屬第四行政督察區，區治仍設同安。民國27年，區治改設永春。民國29年2月16日，區治改設德化，6月28日仍遷回永春。
民國32年（1943）9月，調整行政區，全省劃分為8個行政督察區、2個市，南安隸屬第四行政督察區，區治仍設永春。民國35年（1946）1月，全省劃分為9個行政督察區、2個市，南安隸屬第四行政督察區，區治設晉江。民國36年（1947）4月，全省縮為7個行政督察區，南安仍隸屬第四行政督察區，區治仍設晉江。
1949年8月24日，中國共產黨在福州成立福建省人民政府。9月，全省劃為8個行政督察區，設置行政督察專員公署。南安隸屬第五行政督察專員公署，公署設在晉江縣城（今泉州市區）。1950年4月1日，福建省第五專署改稱泉州行政督察專員公署。南安隸屬泉州行政督察專員公署，專署設泉州。9月16日，又改為福建省人民政府晉江區專員公署，南安隸屬晉江區專員公署。1955年3月17日，福建省人民政府晉江區專員公署改稱為福建省晉江專區專員公署，南安隸屬福建省晉江專區專員公署。
1967年6月30日，“文化大革命”初期，成立福建省晉江專區軍事管制委員會，取代專屬的領導職權。1968年9月23日，成立晉江專區革命委員會，取代軍管會。
1971年6月17日，晉江專區革命委員會更名為福建省晉江地區革命委員會，南安縣隸屬晉江地區革命委員會。
1980年1月1日，晉江地區革命委員會改稱福建省晉江地區行政公署，南安為屬縣。1986年1月，實行市管縣體制，改晉江地區行政公署為泉州市，南安縣隸屬福建省泉州市。
1993年10月16日，南安縣撤縣建市（省轄縣級市、由泉州市代管）。
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