崇禎共生七子，其中二、六、七子早殤，只剩下長子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈煥。明亡後，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤三人流落民間，不知所終，但據後來朱慈煥被捕後交代，三個皇兄均被清廷捕殺。朱慈煥因與四哥朱慈炤同歲，所以人們習慣把他稱作“朱三太子”。
李自成攻破北京後，朱慈煥被迫離開宮廷，到處顛簸流離，過著朝不保夕的生活。後來，朱慈煥改名王士元，入贅浙江餘姚胡家，生有六兒三女，但是，他擔心被別人利用，害怕成為反清的一塊招牌，所以不敢在餘姚常住，而是長期在四明山一帶輾轉，以教書餬口。
四明山“朱三太子”案，讓朱慈煥甚感恐慌。於是，他帶著老婆孩子躲到了寧波。慈溪縣的葉氏兄弟，便攜朱慈煥的四子朱壬“欲圖為匪”，後因事機暴露作罷。後來，朱慈煥又化名何誠躲避到鎮海縣。房東張月懷藉機以“朱三太子”的名義，秘密開展反清活動，朱慈煥因此惶恐不安。
康熙四十五年間，朱慈煥先後逃往湖州長興縣和山東汶上縣避難。康熙四十七年（1708）四月，朱慈煥在汶上縣被清廷抓獲，後經九卿科道會審，幾個已經投降清廷的明朝老太監辨認後也均稱“不認識”。於是，清廷判定朱慈煥為“假冒”，將其凌遲處死，幾個兒子全部被斬。
幾十年來，朱慈煥隱姓埋名、東躲西藏，並沒有真正從事過“反清復明”。但作為一種號召，“朱三太子”的名號對清政府確實構成了威脅，所以朱慈煥含冤背上了“莫須有”的謀反罪名。《明史》中說朱慈煥五歲病逝，不過是給朱慈煥硬加上了一個以“朱三太子”為名蠱惑人心的罪名。
朱慈煥死了，“朱三太子”案似乎應該塵埃落定了，但事情沒有就此結束。
1673年，楊起隆在北京與黃吉、陳益等三十餘人，密謀起兵，詐稱朱三太子，改元廣德，號其眾為“中興官兵”，白布裹首，身披赤。被人告發，遂宣告起義，遭清兵部尚書明珠、都統圖海等率兵鎮壓，他脫遁而去。1680年在陝西鳳翔被捕遇害。
蔡寅，福建永春縣人，“白頭賊”，康熙十六年（1677）自稱“朱三太子”，憑藉巫術惑眾，帶兵數萬，與臺灣的鄭經相互勾結，攻打漳州，後被海澄公黃芳世殲滅於天寶山；同年六月，河南柘城也有人自稱明“朱三太子”，率眾起事，也遭到了清廷的鎮壓。
康熙十八年（1678），陝西漢中、興安一帶有人自稱“朱三太子”起兵抗清，後被撫遠大將軍圖海擊敗逮捕。此人自稱楊起隆，經楊起隆家人及其同夥辨認，得知此人曾是楊起隆部下，知道事情原由，因此借“朱三太子”之名謀劃造反。康熙十九年(1690)，假楊起隆被押往北京處死。
康熙三十八年（1698），江南金和尚擁立一個七十多歲的老頭為“朱三太子”，聚眾太湖，密謀在康熙南巡時將其劫持，關鍵時刻由於發炮不鳴，最後雙雙被捕伏誅。
康熙四十六年（1707）十一月，江蘇太倉州與浙江四明山幾乎同時暴動，且首領都以“朱三太子”為號召，因此引起了康熙的特別重視。他一邊親自批閱奏摺，部署追捕方案；一邊派人喬裝打扮，細訪賊人老巢；並特別強調一定要立即緝捕所有涉案人員，與現獲賊犯一併審結。
康熙六十年（1721）臺灣朱一貴起義，仍然尊奉“朱三太子”的名號。可見，在清初很長一段時間內，“朱三太子”已經成為一面不倒的旗幟。
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