無錫自漢初建縣後，除西漢末王莽時期曾一度稱“有錫”縣外，一直名為無錫。清雍正二年（1724年），無錫縣析置金匱縣，簡稱金。至此一個縣開始分成兩個縣，但並不是當時所有無錫都稱“金匱”。兩縣以運河為界，大抵西北為無錫縣，東屬金匱縣，至辛亥革命後的1912年複合為無錫縣，前後歷經188年。
兩縣各設縣署。無錫縣署附設縣丞署、典史署、高橋巡檢司署，金匱縣署附設主簿署、典史署、望亭巡檢司署（後改為盪口巡檢司署）。學宮兩縣共用，無錫縣設教諭署，金匱縣設訓導署。
無錫縣署駐西門內老縣前，金匱縣署駐北門內新縣前。朝廷命官派到縣級，無錫縣為知縣、縣丞、典史、巡檢、教諭5員，金匱縣為知縣、主簿、典史、巡檢、訓導5員。知縣（七品），由督、撫署派，不用本省人，不規定任期，但需到任5年才能提升，到任3年才能調職。縣丞（八品）、主簿（九品）為知縣輔佐，主管糧秣、徵稅、戶籍等事項。典史未入流，主管治安、緝捕、獄囚。巡檢掌管境內要衝及繁華市鎮的治安、兵事。教諭、訓導負責教育。知縣聘幕友數人佐理，有刑名、錢穀、書啟3師爺分佐司法、賦稅、文書等。兩縣衙設吏、戶、禮、兵、刑、工6房（科），分別承辦人事、戶政、祭祀、兵事、刑民案牘、城建營造等行政事務。兩縣署各有大批衙役、捕快，稱馬、步、壯3班，無錫縣有248人，金匱縣有147人。司法與錢糧（以田賦租稅為主）為兩縣署的主要事務。兩縣署均設監獄和常平倉。西門外的水次西倉400餘間，儲兩縣租稅實物。
清咸豐十年（1860年）四月十日，太平軍佔領無錫。隨即建立地方政權，仍分無錫、金匱兩縣，設監軍局，屬太平天國蘇福省常州郡。採取軍政合一、寓兵於農的政策，編制仿太平軍軍制，以5家為伍，設伍長；5伍為兩，設兩司馬；4兩為卒，設卒長，5卒為旅，設旅帥，1旅相當於原1圖；5旅為師，設師帥；5師為軍，設軍帥。1軍共12500家。各級官員統稱鄉官。軍帥以上為監軍，監軍轄6個軍帥。監軍相當於知縣。無錫監軍先後為華二、厲雙福（又名厲月齋）。監軍局先駐城內道長巷，後駐堰橋塘頭鎮。金匱監軍為黃順元（後叛變），監軍局先駐東門尤渡裡，後駐東亭。兩縣監軍受錫金守將節制。錫金守將府在城中駁岸上藥師堂前。
太平天國政府對商業採取保護政策，要求商號公平交易，不囤積居奇，不高抬物價，為發展商業而減輕稅收。監軍局曾舉行科舉考試，以選拔人才。
同治二年（1863年）十一月二日，無錫的太平軍在清軍圍攻下失敗，無錫失守，錫、金兩縣監軍局隨之消失。
太平天國戰事中，兩縣官署治所均遭焚燬。戰事結束後，無錫縣署遷至上壽庵，金匱縣署遷至清寧尼庵，其他各官署都遷至民居。清同治七年（1868年），恢復水次西倉270餘間。清光緒元年（1875年），兩縣監獄與典史署重建。數年之後，兩縣縣署在原地恢復。
19世紀80年代，無錫知縣支持開化鄉鄉民反對洋商繭行用大秤壓價收繭的鬥爭。90年代初，無錫發生“教案”，兩縣知縣因“得罪”洋人被摘去頂戴。90年代中葉起，無錫近代工業開始興起，開辦工廠或“奏辦”，或由江蘇巡撫、省商務局、清廷農工商部等批准立案，兩縣署對此有所不滿，持保守態度。光緒二十六年，兩縣署會同地方部分士紳阻止保興麵粉廠建廠。光緒三十年，兩縣署縱容米商發動“毀學事件”，因事關違抗“新政”，江蘇巡撫端方嚴飭兩縣署查辦。
清宣統三年九月十六日（1911年11月6日），同盟會員秦毓鎏等人發動光復起義，推翻清朝無錫地方政府，組織錫金軍政分府，接收無錫、金匱兩縣署及下轄各官署，統一兩縣政務。軍政分府駐新縣前原金匱縣署（此後的無錫縣政府機關長期設於此處）。
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