在国家日益重视环保问题的今天，微生物菌肥的优势愈发明显，它为作物提供养分的同时，降解土壤污染，提高化肥利用率，更为独特的是微生物菌肥具有药、肥双重功效，可起到防虫、防病的效果！
当微生物菌肥施入土壤中后，其中的有益菌开始大量繁殖、活动，在作物根系土壤逐渐占据优势地位，霸占致病菌的生存活动空间，某些抗生性微生物还可以分泌抗生素，使致病菌无法繁殖，从而避免了土壤中各种病害对作物的浸染，达到防病效果。
这些有益菌通过自身活动，能够增加土壤中团粒结构，打破土壤板结，使土壤保水保肥和透气能力俱佳，更适合作物生长发育。同时还可释放土壤中被固化的各种营养元素，提高作物对其吸收能力。从多方面促进作物生长发育健壮，提高其对各种病虫害的抵抗能力。
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