審計認為，11個省市在中央“共抓大保護、不搞大開發”的要求下，有序推進生態環境保護工作，取得了一些成效，但也發現了一些問題，主要包括：一是開發管控不夠到位，生態修復未達預期。如：有的地方小水電過度、無序開發問題較突出，有的還形成了生態破壞；有些開發區未經審批自行設立，有的還與基本農田或者禁止開發區域重疊，有些開發區汙水集中處理設施建設不到位。二是汙染治理還有一些薄弱環節。如跨區域、跨領域環境問題防控仍是難點，有些飲用水水源地一級保護區內存在違規建設項目，有些飲用水源地水質超標。三是部分生態環境保護資金和項目績效不高，如部分項目未按期完成造成資金大量結存，有的項目建成後未發揮預期效益等。
公告顯示，當前長江經濟帶小水電開發問題突出。截至2017年底，10省已建成小水電2.41萬座，最小間距僅100米，開發強度較大。5個省“十二五”期間新增小水電超過規劃裝機容量，8個省有930座小水電未經環評即開工建設，6個省在自然保護區劃定後建設78座小水電。過度開發致使333條河流出現不同程度斷流，斷流河段總長1017公里。
同時，當前長江經濟帶多個開發區存在破壞生態問題。7個省有關市縣突破國家、省兩級審批制度，自行設立開發區249個（其中2016年以來新設8個），佔地447萬畝，其中有72個設立5年以上但建成率不足5成，還有10個與基本農田重疊2.77萬畝。有62個開發區位於重點生態功能區或與禁止開發區域重疊，其中18個是在全國主體功能區規劃實施之後設立或擴建的。
“有的地方自行設立的一些園區土地利用效率不高，有的園區生態環境保護和汙染防治措施不到位，對區域生態環境保護帶來不利影響。”審計署負責人稱，一是部分地方，主要是2016年之前，突破國務院、省級人民政府兩級審批制度，自行設立了一些開發區，抽查發現其中部分開發區的節約集約用地程度不高；二是部分開發區佈局不符合主體功能定位，坐落在國家重點生態功能區或與自然保護區重疊，不利於這些地區的生態保護。
據介紹，針對審計發現的問題，有的地方和部門已經開始整改，有關部門正在組織對小水電過度開發問題進行專項整改。
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