蒙古與花刺子模原本並不接壤，彼此聯繫也不密切。在13世紀初，這兩個國家一東一西幾乎同時期崛起。通過征伐，蒙古於1218年處死屈出律，西遼滅亡，蒙古佔據了西遼大部分直轄領地和東部屬國，而西遼的西部屬國和部分西遼領地則被向東擴張的花刺子模佔據。兩國開始成為鄰國。
為了瞭解蒙古人的真正實力，1215年摩訶末派使團出使蒙古。這是兩國關係中第一次正式的外交接觸。當時，成吉思汗希望與花刺子模建立友好的商貿關係。1216年摩訶末的使團到達蒙古後，成吉思汗接見了使團成員，並向他們表示：大蒙古國和花刺子模帝國的疆域相隔甚遠，兩國之間應該和平共處，共同促進彼此間的貿易往來。後來，成吉思汗從居住在蒙古草原的中亞人中挑選3位作為使者回訪花刺子模。1218年春，蒙古使團抵達花刺子模，摩訶末接見了使團成員，使團成員轉達成吉思汗的話說：“我知君統治大地之一廣土，我深願與君修好。我之視君，猶愛子也。君當知我已征服中國，服屬此國北方之諸突厥民族。君應知我國戰士如蟻之眾，財富如銀礦之豐，實無須覬覦他人領土。所冀彼此臣民之間，得以互市，則為利想正同也。” 摩訶末特意將蒙古使者花刺子模人馬哈木召進宮，進一步瞭解成吉思汗和蒙古的情況。
在這一時期內，花刺子模與大蒙古國發生了兩國第一次武裝衝突。1216年，蒙古大將速不臺、脫忽察兒出兵越過也兒的石河向西追殺蔑爾乞部殘餘忽都一夥，忽都逃到垂河(即楚河)流域，並繼續向西逃往康裡地區。蒙古軍一路尾隨追殺。摩訶末得到這個消息，便準備趁火打劫蔑爾乞殘部，但他在錫爾河下游沒能截住蔑爾乞殘部，忽都率殘部經鹹海北部草原逃到欽察人那裡去了。花刺子模的軍隊與追擊蔑爾乞殘部的蒙古軍不期而遇。速不臺向花刺子模摩訶末作了解釋，並勸他不要與蒙古人發生衝突。但是摩訶末卻下令襲擊蒙古軍，挑起了武裝衝突。這是兩國的第一次交鋒，可謂旗鼓相當。此後，當哲別受命消滅西遼時，花刺子模又搶先佔領了直到訛答刺(在錫爾河上游)地區的原西遼的西部屬地，兩國最終成為鄰國。
1218年，成吉思汗根據兩國達成的通商協議，派出由450人組成的大商隊，帶著貴重商品，前往花剌子模。商隊的領隊仍是從居住在蒙古草原的穆斯林中挑選出來的，隨行人員中有成吉思汗的使者，也有由蒙古諸王、那顏和將領們自己出錢派往的隨員，這些人去花刺子模主要是為其主人購買珍品。大商隊抵達花刺子模邊界城市訛答刺，訛答刺城城主哈只兒汗貪圖蒙古的財寶，將商隊扣留，並派人稟報摩訶末，誣陷蒙古商隊中有成吉思汗的密探。摩訶末在沒有弄清事情真相的情況下，便草率地下令處決商隊成員，沒收全部財物，僅有一名商隊成員逃回蒙古。這便是著名的“訛答刺事件”。
成吉思汗聞訊後，十分震驚，發誓要為死者報仇，但他還是希望能夠通過和平方式解決此事。於是，成吉思汗又向摩訶末派去了一個使團。這個使團由一個名叫巴合刺的穆斯林和兩個蒙古人組成。。使者向摩訶末轉達成吉思汗的話說：“君前與我約，保不虐待此國任何商人。今遽違約，枉為一國之主。若訛答剌虐殺商人之事，果非君命，則請以守將付我，聽我懲罰，否則請即備戰。”。 摩訶末對蒙古的警告置若罔聞，不僅殺害了巴合刺，而且還將兩名蒙古人的鬍子剃光後趕走。蒙古使者的兩次遭遇使成吉思汗意識到，與花刺子模和平交往已無可能，戰爭已經不可避免了。
1218年冬季，成吉思汗派長子朮赤和大將哲別率3萬騎兵從喀什噶爾出發，翻越帕米爾高原進入阿刺嶺北麓，於1219年夏出現在拔汗那(即費爾幹納盆地)，吸引摩訶末的注意力，破壞摩訶末的整體部署。果然，摩訶末在得知朮赤和哲別軍的動向後，立即分兵將錫爾河沿岸防線主力軍隊調向拔汗那，造成了主力分散的戰略失誤。成吉思汗於1219年6月親率大軍從克魯倫河畔開始出兵西征花刺子模。其次子察合臺、三子窩闊臺、四子託雷及大將速不臺等隨行。蒙古大軍向西越過阿爾泰山，到達也兒的石河畔度夏。1219年秋，大軍渡過伊犁河，經海押立向花剌子模挺進。巴爾喀什湖東南海押立的新汗阿兒思蘭和阿力麻裡的新王昔格納黑的斤以及別失八里的畏兀兒亦都護巴而術也都率領各自的軍隊加入到西征大軍之中。蒙古大軍總人數約在10—15萬之間。蒙古大軍逼近錫爾河地區。由於花刺子模錫爾河防禦主力已被引向拔汗那，再加上摩訶末下令分兵把守各大城市，所以蒙古軍沒有受到任何抵抗就抵達錫爾河畔的訛答刺城下。
1219年秋末，成吉思汗大軍抵達訛答刺城，屯兵城下。為轉移視線，在費爾干納佯攻的朮赤軍也趕往訛答刺城。而哲別軍則繼續率領5000騎兵從錫爾河上游南下襲擾阿姆河上游地區。摩訶末擔心蒙古軍一旦佔領阿姆河流域諸城，將切斷河中地區與阿富汗和呼羅珊的聯繫，於是派出戰略預備隊主力前往阿姆河流域諸城增援。訛答刺、不花剌、新都撒馬爾幹、舊都玉龍傑赤城等先後被蒙古攻陷。玉龍傑赤城的陷落標誌著河中地區完全被蒙古征服。
1220年春，摩訶末與札蘭丁等人輾轉逃到裡海的一座島上，摩訶末在死前立其長子札蘭丁為王位繼承人。札蘭丁(1220～1231年在位)是摩訶末諸子中最英勇者，有“註定的征服者” 之譽。札蘭丁於1221年2月從玉龍傑赤逃離，輾轉來到哥疾寧，並在“八魯灣戰役”(八魯灣戰役是蒙古軍在花刺子模損失最大的一次戰役)中打敗蒙古軍。後成吉思汗親率大軍才將其擊潰，並準備活捉札蘭丁，札蘭丁奮勇廝殺，最後躍馬跳入申河(即印度河)泅水過河而逃。成吉思汗也為札蘭丁的英勇無畏精神所折服，由衷地讚歎道：“為父者需有若此之子!” J豐L蘭丁渡過申河，逃往印度。成吉思汗派軍渡申河追擊札蘭丁。但蒙古軍尋找未果，便返回與蒙古大軍會合。稱霸中亞的花剌子模滅亡了。
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