明朝的建立是在亡國元朝的基礎之上，而元朝就是蒙古族建立的，雙方可以說是那種不死不休的世仇，蒙古身為遊牧民族機動性高，在遼闊的北方草原如魚得水，明朝當然降服不了。而有明一代一直打壓蒙古，雖然沒有降服但是成果很大，打的蒙古抬不頭起勢力衰弱，後金（清）趁虛而入，打敗蒙古然後採取懷柔拉攏政策，而且同為遊牧民族沒有什麼深仇大恨共同語言更多，當然就解決了這個問題。
1367年明太祖朱元璋派徐達為徵虜大將軍、常遇春為副將開始第一次北伐，一路勢如破竹，攻進元大都，元順帝匆忙而逃，回到蒙古草原本部，元朝全國性政權的統治正式結束。1368年，明朝正式成立，朱元璋成為明太祖，年號洪武，在位31年，終洪武一朝共北伐八次，打的元朝的尾巴王朝北元一蹶不起。
第六次北伐藍玉為統帥，甚至打的天元帝脫古思帖木兒匆忙而逃，後被其部將也速迭爾縊殺，俘虜天元帝脫古思帖木兒次子地保奴等64人、太子必裡禿妃並公主等119人、吳王朵裡只、代王達裡麻、平章八蘭等2994人、軍士男女7.7萬餘人。明史記載：夏四月丙辰，藍玉襲破元嗣君於捕魚兒海，獲其次子地保奴及妃主王公以下數萬人而還。堪稱北元版靖康之恥。後北元不成系統徹底取消，蒙古經歷了元朝的全國性統治，尾巴王朝北元的割據統治，最後迴歸到遊牧民族的原點。之後明成祖更是五徵蒙古，當然蒙古也有反擊，如明英宗時期的土木堡之變，俘英宗。明世宗嘉靖帝時期的庚戌之變更是兵圍北京城。
明朝與蒙古是不死不休的世仇，更是農耕文明與遊牧文明的對抗，有著不可調節的矛盾。雙方一直征戰中，當然明朝整體來說是一直壓制蒙古，至明末蒙古已經是四分五裂不足為患了，也給了後金征服蒙古的機會。
清朝最早在清太祖努爾哈赤時期就拉攏了一些蒙古部落，清太宗皇太極時期為了面對明朝時沒有後顧之憂，開始征戰四方，迫使朝鮮降服，征戰蒙古時因為有明一代二百多年的打壓，蒙古早已沒有當年成吉思汗時代的榮光了，輕鬆將蒙古末代大汗林丹汗擊敗，最後征服蒙古諸部，而這只是一個開始。
因為沒有世仇且同為遊牧民族，征服過後，清朝開始對蒙古部落採取拉攏懷柔政策，聯姻於蒙古，清朝皇后多出自蒙古，其中代表人物就是出自蒙古科爾沁部的孝莊太后，而且蒙古有一套完善的藩王制度，可以世襲罔替獨立於清廷之外，清朝雖然共有12位藩王，但蒙古的世襲王爺也不少也沒有計入其中，可以看出清廷對於蒙古的待遇之重，同時清廷在蒙古推行黃教，出家之人待遇頗高，是平民的好出路，但是出家人不得成婚也就是沒有子嗣，在這種另類計劃生育之下，蒙古人口銳減一蹶不起，清廷的控制進一步加深，這才是清朝真正降服蒙古的原因所在。
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