第三，加密数据传输通道。远程登录和传输数据是超级计算集群使用过程中不可避免的操作行为，而TCP/IP协议采用明文方式在Internet上传送报文，无法避免网络嗅探、中间人欺诈等攻击风险。因此，采用IPsec、SSL等加密协议，将用户的信息、操作指令及数据以密文的形式在互联网络上传输，可以增加网络报文破解的难度。
第四，借助新兴计算模式。利用中间件技术约束用户的操作行为。在传统的命令行方式下，用户能够登入超级计算集群与底层操作系统直接交互。尽管有些复杂，但操作可以很灵活和随意，增加了防止误操作和恶意指令执行的难度。而以网格、云计算为代表的新兴计算模式采用网络服务的形式响应用户计算需求，利用中间件技术代理用户对底层系统的操作，可以将用户的行为约束在特定的范围内，降低其不确定性带来的安全风险。
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