策妄阿拉布坦派兵入藏時，西藏的統治者為固始汗家族的繼承人拉藏汗，準噶爾軍隊的將領策凌敦多布攻下拉薩後殺死拉藏汗。和碩特蒙古部在西藏的統治被摧毀。
和碩特部固始汗去世之後在青藏高原的和碩特汗國開始分裂，他的兒子和孫子開始將和碩特汗國劃分成許多領地。清廷剿滅噶爾丹時，青海的固始汗諸子割據一方。康熙帝派額駙阿剌布坦前往青海招撫和碩特諸部，當時固始汗的長子達什巴圖爾率領諸弟與清朝在察罕託羅海會盟，康熙帝封其為和碩親王，為青海蒙古之長。
和碩特汗國
康熙五十五年，達什巴圖爾去世，其庶子羅卜藏丹津承襲了他的爵位。
拉藏汗被殺之後，清廷鑑於西北邊疆局勢急轉直下，決定出動大軍安邊保藏。康熙帝命西安將軍率軍6000進藏，被策凌敦多布挾持藏軍將清軍包圍，最終清軍這一支軍隊全面覆沒。
康熙帝聞訊震怒不已，當時正是其統治的全盛時期，康熙帝不允許四方有反叛勢力跳梁，決定大舉出兵。康熙五十七年，公元1718年，皇十四子胤禵被任命為撫遠大將軍，統率大軍討伐策妄阿拉布坦，並封大將軍王，總領一切西征事務。
清軍兵分三路：靖逆將軍福寧安駐新疆巴里坤、阿爾泰一帶，阻止策妄阿拉布坦增兵西藏；四川總督年羹堯、副將嶽鍾琪等人由四川入藏準備大軍糧草；平逆將軍延信率兵從西寧出發，護送倉央嘉措的轉世靈童格桑嘉措入藏坐床。
大將軍王允禵
大將軍王進駐西寧之後，開始部署各路清軍的行動，並要求青海蒙古各部，以及西藏各地支持朝廷的勢力出兵護送轉世靈童。青海和碩特部的羅卜藏丹津自繼承其父的和碩親王爵位之後妄圖統一青海蒙古諸部，再現和碩特汗國的榮光。於是向大將軍王要求恢復和碩特汗國的汗庭，並將西藏再次冊封給他的家族，鑑於強大的地方勢力屢次造成分裂，清廷不願意恢復和碩特汗國，胤禵拒絕了他的要求。
康熙五十九年，公元1720年，清軍西路大軍攻佔吐魯番。大軍開始在吐魯番屯田，做一舉解決策妄阿拉布坦的準備。同時延信率軍與青海蒙古諸部護送轉世靈童入藏。
康熙帝
由於倉央嘉措的轉世靈童得到了西藏人民的支持，準噶爾軍隊在拉薩大肆搶掠、倒行逆施。清軍入藏之後，各地人民歡呼轉世靈童的到來，紛紛派人前來投降，被準噶爾軍隊裹挾的藏軍大多臨陣倒戈。策凌敦多布率領的準噶爾軍隊在當雄被入藏清軍擊潰，逃往伊犁，西藏初步安定。
但是康熙六十一年，清聖祖康熙去世，皇四子胤禛繼位，就是後來的雍正帝。雍正帝面臨諸弟相爭、邊疆不靖、國庫空虛的複雜局面，一面解除威脅其皇位的十四阿哥允禵的兵權，一面鞏固統治。於是接受了策妄阿拉布坦的求和，清廷同意了準噶爾與喀爾喀蒙古劃界、通商、索回吐魯番的請求。
雍正四年，清朝西征大軍班師。清朝第二次用兵準噶爾告一段落。
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