手動變速箱維護起來比較簡單，在瞭解維護方法之前我們先大概瞭解一下手動變速箱的組成和原理，這樣有助於我們日後的使用和維護。離合器高低的問題一會兒也會在後面詳細解答。
上圖是一個手動變速箱的模擬圖，各個數字代表著相應檔位齒輪。從左到右依次為1、2、3、4、5檔，看到這裡可能有些朋友會覺得奇怪，這些齒輪都是處在齧合狀態，怎麼實現不同的傳動比例呢？其實下面的那根是輸入軸，它上面的齒輪與輸入軸是固定的，隨著輸入軸一起轉動。而上面那根是輸出軸，動力從輸出軸傳遞給車輪，而輸出軸上面的齒輪與輸出軸不是一體的，而是通過軸承套在輸出軸上的，因此輸出軸上的齒輪都可以隨意轉動。那怎樣傳遞動力呢？圖中黃色的是換擋撥叉，它驅動著一個部件叫做結合套，結合套也是套在輸出軸上並且隨著輸出軸同步轉動，就是通過結合套將齒輪與輸出軸固定，這樣動力就通過結合套傳遞給輸出軸了。
具體原理看上圖，結合套上有齒，而輸出軸各檔位齒輪上也有相應的齒，當結合套的齒和相應的檔位齒輪上的齒齧合以後他倆就形成一個整體，動力從輸入軸齒輪傳遞給輸出軸齒輪，然後通過齧合的齒將動力傳遞給結合套，結合套與輸出軸又是固定的，因此動力就傳遞給了輸出軸。
瞭解這些以後我們就來聊聊怎樣使用和維護手動變速箱了，首先我們在換擋過程中一定要將離合器完全踩下去，這樣輸入軸沒有動力了，結合套和齒輪齧合起來會更加容易，不容易打齒。另外換擋時用力適當即可，檔位掛不進去時可以先鬆開離合再踩下去重新掛，不要用蠻力，否則選檔拉線發生位移的話會影響換擋精確度和靈活性。升降擋應該逐級進行，不要越擋，特別是降檔時，比如你從五檔降到三擋，這樣由於轉速差太大會讓變速箱承受較大的衝擊力。
手動變速箱應該定期更換潤滑油，這樣可以保證變速箱各個摩擦部件之間有良好的潤滑，延長使用壽命，降低變速箱故障的風險。變速箱油應該選擇廠家推薦型號的，因為不同車型根據車型定位不同其變速箱的設計和製造標準是不同的，而廠家推薦的是經過實驗最適合的，而不是一味選擇貴的。手動變速箱結構相對簡單，也比較耐用，因此在正確使用和良好保養的情況下一般是不會出問題的。
最後說一說離合器高低怎樣調整，一般情況下我建議離合器不要太高，因為太高了會造成我們離合器都抬很高了但是動力還沒有銜接上，而我們腳抬太高的時候左腳對於離合器的控制就不是那麼靈活了，容易造成油離配合不當導致起步熄火或者抖動。太低也不好，太低的話離合器踩到底還不會分離，會加速離合器片磨損，而且不容易掛擋。具體高度以離合器片接觸開始半聯動時腳與駕駛室地面角度不超過35度為最佳
其實手動變速箱合理使用情況下，基本可以做到免維護，只有離合器部分會出現磨損需要更換，而手動變速箱油的更換週期在10至15萬公里都沒有問題。
但是儘管手動變速箱已經非常耐用，我們在使用時仍然需要注意一些問題。比如，我們在每次升降檔操作時都應該將離合器完全踩到底，使離合器完全分離在進行換擋操作，以免造成齒輪的“打齒”。其次，在進行倒車時，應在車輛靜止時在掛入倒擋，以減少車輛運動對變速箱的衝擊。有些駕駛員有開車時左腳搭在離合器踏板上的習慣，在行駛中，搭在踏板上的腳就會不知不覺的踩下踏板（並不會完全踩下），使離合器處於半接合狀態，這樣會加速離合器的磨損。同樣，在車輛爬坡或重載的情況下，我們應該根據發動機轉速和車速及時調整檔位，減輕變速箱的負擔。
但是儘管手動變速箱已經非常耐用，我們在使用時仍然需要注意一些問題。比如，我們在每次升降檔操作時都應該將離合器完全踩到底，使離合器完全分離在進行換擋操作，以免造成齒輪的“打齒”。其次，在進行倒車時，應在車輛靜止時在掛入倒擋，以減少車輛運動對變速箱的衝擊。有些駕駛員有開車時左腳搭在離合器踏板上的習慣，在行駛中，搭在踏板上的腳就會不知不覺的踩下踏板（並不會完全踩下），使離合器處於半接合狀態，這樣會加速離合器的磨損。同樣，在車輛爬坡或重載的情況下，我們應該根據發動機轉速和車速及時調整檔位，減輕變速箱的負擔。
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