在不同的地区和种族中，有研究发现在一些高发区，男性总体生殖器HPV感染率高达45.2%，而多种高危HPV亚型同时感染率达25.1%，尤其是在性生活活跃且无保护性措施的男性中，HPV感染比例会更高。相关文献报道，可导致肿瘤生长的高危型HPV感染率与异性性伴侣数，以及和同性性伴侣数均呈正相关。当异性性伴侣多，或同性性伴侣多都容易被HPV感染。
已经证实，HPV（包括高危型和低危型）不仅存在于外生殖器及肛门周围，甚至在尿道、输精管、附睾、睾丸及精液中均可以检测到。
男性HPV感染与男性生殖器疣、阴茎癌、肛门癌甚至男性口腔癌和喉癌均有一定的关系。另外，有口交者也可以见到口腔和头颈部癌；也可导致不育症；而且向其女性性伴侣传染，也会引起HPV感染。
男性HPV感染最常见的后果是引起生殖器官的尖锐湿疣，它好发于包皮系带、冠状沟、包皮、尿道、阴茎、肛门周围和阴囊。可由淡红或乌红色粟状湿疹样病变发展成乳头状或囊状赘生物，搔抓后可继发感染，多由HPV低危亚型感染导致，约90%的湿疣由HPV6/11亚型感染相关。
在男性不育的病人中，也存在较一般人群高的HPV感染率。我国的一项调查显示，在523例有生育力的男性中，精液HPV阳性率为6.7%；而在615例不育男性中，HPV阳性率为17.4%，其中HPV45、HPV52、HPV18、HPV59、HPV16等亚型在不育男性中较为常见。有研究发现，HPV病毒能够整合在精子头部或进人精子细胞内，从而影响受精过程。
与HPV感染相关最常见的男性生殖系统恶性肿瘤是阴茎癌。美国疾病预防与控制中心的资料显示，63%的阴茎癌与HPV感染有关。另外，加拿大学者的研究还发现，1992~2012年与HPV相关的口腔癌的男性病人增加了56%。
有研究指出，HPV感染、肛交和较多的性伴侣可能是肛门癌发病率增加的原因。肛门也是HPV易感区，男性肛周疣常常合并肛门上皮内瘤样病变，比例高达52%。在男同性恋者中，肛周高危致癌型HPV16的感染率为7.2%、HPV18的感染率为4.7%；而在肛门及肛管尖锐湿疣病变组织中HPV感染率高达71.21%。
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