佛教起源于印度，西汉时开始传入中国，当时只在少数官僚中传播。东汉时在中国开始修建寺院和翻译佛经，但信仰的人并不多。魏晋时期的特定历史条件，使佛教在中国逐渐盛行。佛教的中心思想是神不灭论，即认为人死亡之后，灵魂可以脱离肉体而存在，也就是认为有一个独立而永不消失的精神(灵魂)，由此而推衍出生死轮回和因果报应，并捏造出一个虚幻的世界—“天堂”和“地狱”来。佛教宣扬，人们忍受今生痛苦，以换取来生的幸福，只要虔诚信佛，作恶的人也会升入天堂。实际是企图要劳动人民忍受现实苦难，寄希望于来生，而不必要求变革现
状。魏晋以后的统治者正是利用佛教这种社会说教作为新的精神武器，在思想上麻痹各族劳动人民，所以佛教在封建统治者提侣下得以盛行。至于劳动人民之所以也接受佛教宣传，则是由于他们所处的现实社会就是活生生的地狱，当他们感到斗争无力时，佛教正好给他们以摆脱现状的虚幻希望。因此佛教的泛滥又是有其社会基础的。
这一时期的南北统治者，除北魏拓跋焘、北周宇文邕曾经毁佛外，无不大力提倡佛教，梁武帝甚至亲自讲经说法。当时出现不少高僧，东晋释慧远在庐山传教，使庐山成为南方佛教中心。也有不少外国高僧来中国传教，后赵时有
西域沙门佛图澄，后秦时有龟兹僧鸿摩罗什，他们译出了大量佛经。当时中国僧倡去西方求经的有法显等人。佛教的传播虽然对人民起了精神鸦片的作甩，但伴随佛教的传入，也带来了西域、天竺的文化，如对中国唯心主义哲学的影响，对中国文学中语汇、新的文体、音韵学的丰富，以及给中国的建筑、雕刻、绘画、音乐、医学输了印度与中亚的新成分等等。
道教萌芽于东汉，因为它奉黄帝、老子为教主，所以原始道教称黄老道，曾被张角和张鲁作为组织农民起义手段。起义失败后，原始道教的教义被统治阶级阉割去所谓“三张”(张修、张衡、张鲁—编者)伪法—原始平等思想，发展了为地主阶级需要的神仙之术和金丹服食之类内容，东晋葛洪是最早对道教进行这种改造的人。葛洪在西晋末年参加过镇压农民起义。早年学儒，东晋时退居罗浮山学道，归宗道家。他将儒道加以揉合，主张“以六经训俗士，
以方术授知音”。一方面强调君臣上下是天理自然，不能更改，一方面则极力宣扬采药炼丹、养生延年之术，为大官僚的腐朽生活服务。道教完全变成了地主阶级的宗教。梁朝的陶弘景，用某些佛教教义充实道教，使道教教义内容更加丰富。北魏寇谦之，对道教进行了又一次改造，他诡称自己被太上老君授以“天师”之位，又接受了《图录真经》等秘法，而将诫律、养生术、符篆、金丹融为一体。寇谦之深受拓跋点的信任，他宣称自己传教的目的就是辅佐“北方太平真君”(拓跋焘)，拓跋焘为此封道教为国教，亲至道坛受符篆。道教成了与儒、佛并列的一大宗教体系。
虽然这一时期佛、道盛行，但儒家思想仍占重要地位，尽管由于儒、佛、道之间互争正统，不断发生斗争，但在维护对劳动人民的统治上，他们又是一致的。不过地主阶级的统治思想仍然是以儒家思想为主体。
在佛教流行的同时，反佛斗争也在发展。宋明帝夸耀自己修湘宫寺是一大功德，大臣虞愿尖锐地指出:“此寺皆是百姓卖儿贴妇钱，佛若有知，当悲哭哀憋，罪高浮图，有何功德！”北魏末年的杨衔之“见寺宇壮丽，损费金碧，王公相竞侵渔百姓，乃撰《洛阳伽蓝记》，言不恤众庶也”，自揭露佛教的蠹害民众。在理论上给佛教以深刻冲击的是范缜。范缜，字子真，齐、梁间南乡舞阴(今河南泌阳西北)人，少孤贫。他对“浮屠害政，桑门蠹俗”的现象深恶痛绝，在齐时就与竟陵王萧子良进行了激烈的论战。萧子良问范缜，你不信因果，为什么人有富贵贫贱之分?范缜说这就如同一树鲜花随风飘落，有的落在茵席上，有的落在溷(诨)厕里，落在茵席上的是殿下，落在溷厕里的是下官，哪里有什么因果?当时名士王融想以高官厚禄来劝诱范缜，他对范缜说，如果你不坚持神灭论，凭你的才华，不怕做不到中书郎。范缜说如果我要是“卖论取官”，何止中书郎，伯早已是令、仆了!梁武帝萧衍亲自主持由六十多人参加的一次对范缜大规模的围攻，当时范缜“摧辩众日，日服千人”，并写出了有名的《神灭论》。
范缜在《神灭论》刃中，对佛教唯心主义的神不灭论进行了尖锐而有力的批判。他首先提出形神相即思想，说“神即形也，形即神也，是以形存则神存，形谢则神灭也。”认为精神是依赖于肉体而存在的，形体消亡则精神亦随之消亡，实际也就肯定了唯物主义的物质第一性、精神是第二性的观点。其次又进一步提出了形质神用思想，指出“形者神之质，神者形之用”，即是说肉体是精神存在的依据，精神是肉体所表现的作用。他通俗地用刀与锋利的关系作比喻，指出“神之与质，犹利之于刃，形之于用，犹刃之于利。舍利无刃，舍刃无利”。由此引出结论说:“未闻刃没而利存，岂容形亡而神在卜即是说只有肉体存在，精神才存在，没有了肉体，精神何从体现?有力地批判了神不灭论。范缤还认为精神是人质所特有，他指出人和木头同是物质，但人有知觉，木无知觉。也就是说只有人的质才能产生精神作用，知觉是人的独特属性，所以精神属性不可能离开人而独立存在。
范缜从理论上冲击了佛教思想，并丰富了我国古代唯物主义思想体系，是古代哲学史上的光辉成就。但范缜思想也有其局限性，如他为剥削制度辩护，以偶然因素解释富贵贫贱的因果等。