1859年，英國生物學家達爾文在《物種起源》一書中，闡明瞭生物從低級到高級、從簡單到複雜的發展規律。1871年，他又出版《人類的起源與性的選擇》一書，列舉許多證據說明人類是由已經滅絕的古猿進化而來。但是達爾文並沒有搞清楚人和動物的本質區別，也未能正確解釋古猿如何演變成人。
猿進化為人
人類起源於南方古猿，其進化時間約為200多萬年，而猿類從原上猿到南方古猿之間（早期至末期）的過渡長達約3000萬年！如此對比來看人類進化速度快的不可思議。
南方古猿進化成人類的200萬年裡究竟發生了什麼驚世駭俗的事情？
是什麼原因加速了人類的進化？
病毒參與並影響了人類的進化速度
在人類基因組中有10萬個已知的病毒片段，佔所有DNA的8％以上。要知道人類DNA中真正編碼蛋白質的序列，也才只有 1.5%。
病毒入侵
病毒是如何進入人類的基因中？
在一些極為罕見的情況下，病毒會感染卵細胞。然後詭異的事情就發生了，如果卵細胞成功受精，併發育為成年個體的話，整個身體的細胞就會帶有這種病毒。如果這個人有了後代，那病毒就會被傳下去。
這些所謂的內生性反轉錄病毒過著兩種生活。
一是它們仍然可以從宿主身體內脫離，感染新的宿主（澳大利亞的國寶樹袋熊就深受這類病毒疾病的困擾）。
二是經過了數千年的時間，有些病毒逐漸被禁錮起來。它們的DNA發生了突變，喪失了感染新宿主的能力。與此相反，它們能複製的那些基因片段，最後又重新回到了宿主細胞的DNA中。歷經無數代的複製造就了現在的基因組。
為了限制這類病毒對身體功能的干擾，哺乳動物製造了許多蛋白質來“鎖住”大部分的病毒。最終，大部分內生性的反轉錄病毒突變過度，變成了DNA的遺傳“行李”，不能再有什麼作為。但它們還是具有病毒的所有特徵，
其實如果這些嵌入基因組的病毒只是複製自己玩一玩，事情好像還不是很複雜，畢竟基因組中的非編碼序列有 99%，多出這麼一撮似乎問題不大。但是很多嵌入病毒的拷貝會處在與基因表達調控密切相關的區域內，這時事態就變得複雜起來了。基因的表達，受到各種外界和內在因素的影響，可臨到最後，人類的基因要如何表達，還要聽命於幾百萬年前潛伏進基因組的病毒。
基因
病毒如何控制基因？
如今人類體內有8%的基因組就是由內源性逆轉錄病毒組成的。這些病毒基因編碼一類稱為轉錄因子的蛋白質來控制基因的活動。轉錄因子識別DNA代碼的特定片段，並將其用作結合DNA和打開或關閉基因的著陸點。
研究表明，這部分具有獨特的人類功能的轉錄因子，屬於快速進化的一類，這類轉錄因子與DNA結合在一起。雖然它們的作用仍然是一個懸而未決的問題，但通常具有更多樣化轉錄因子的生物體也有更多的細胞類型，轉錄因子促使細胞以新的方式組合在一起，形成更復雜的身體。而且這些轉錄因子中有一些可能還與我們的免疫系統和大腦有關聯。
意大利米蘭“住院病人治療和研究中心”的科研人員找到了病毒如何改變人類進化歷程的證據。
意大利科研人員檢測來自不同國家的52個民族的人類基因，在139個基因組中發現了400多種不同的變異，這些基因變異對人們是否容易感染病毒至關重要。
感染多種不同病毒人種的基因變異會更多。研究人員還表示，這139個基因組在人類的進化過程中被挑選出來，其中某些基因會使得人類更容易或更不容易感染病毒。
由於人類和果蠅的基因相似度為61%，因此果蠅經常被用作人類基因科研的小白鼠，科學家在對果蠅進行實驗和觀測後，發現其獨有基因的進化速度是其它基因的三倍之多。那麼對照人類的獨有基因來說，進化速度可能遠遠超過三倍。
這些變異的獨有基因也是由其它基因複製而成，可是在形成之後，它們會快速的進行演變，最終與源基因相似的特徵將全部消失。
因此人類基因組中有多少是來自於病毒變異之後的DNA還有待研究，但不可否認的是病毒確實加速了人類的進化速度。
病毒
哺乳動物的胎生來源於一種病毒基因
一種病毒基因在恐龍還統治著這個星球的時候，給人類以及所有真獸亞綱動物的祖先，帶來了胎盤。它編碼的蛋白質僅由胎盤中的細胞製成，這種病毒蛋白稱為Syncytin（合胞素）。而製造合胞素的細胞只位於胎盤與子宮接觸的地方。它們融合在一起，形成一個單細胞層（稱為合胞體滋養細胞），這對胎兒從母體中吸取營養是至關重要的。合胞體允許病毒將宿主細胞融合在一起，以便它們可以從一個細胞傳播到另一個細胞。也就是說蛋白質從母體進入胎兒需要經過病毒的允許。
合胞素的發現改變了我們看待人類這個物種進化的方式。其實我們和病毒一直在交換著 DNA，也可以說我們一直被某種病毒所控制。
所以說，胚胎時期的我們更像是某種病毒的後代。
病毒入侵
病毒與人類基因的“親緣關係”
人類的基因組曾經遭受逆轉錄病毒的多次入侵，最終人類把它們俘獲同化，封存在我們的身體裡。
不敢想象那些逆轉錄病毒和人類祖先的大戰是什麼樣的情景，人類的祖先一定遭受到了不可想象的災難爆發，有可能像大面積 HIV 爆發吧。
不過說真的，到底是我們的祖先贏了，還是這些病毒的殘部贏了，真不好說。我們自以為聰明地馴化了病毒，利用它們傳宗接代。但從病毒的角度講，人類或許就像中了挖礦病毒的機器，消耗自己的 CPU 為別人跑程序而已。
不同生物體內大部分的基因都來自於幾個大的基因家族，而且每個基因家族都有悠久的歷史，以脊椎動物眼睛裡的視蛋白基因為例，從軟體動物到昆蟲，乃至哺乳動物的體內都有與人類相似的視蛋白，它們都源於幾億年前某個共同祖先的一個基因。
基因在各類物種之間的同源性，對地球上所有生命的演化都產生了深遠的影響，所有現存生物的基因組中都有相互鑲嵌的痕跡，而這類進化正是由
病毒充當了載體的角色。耶魯大學教授-知名科普作家卡爾-齊默在《病毒星球》中寫到：在進化史上最近的瞬間，人類才脫穎而出，病毒對人類的進化功不可沒，原本就沒有什麼“它們”和“我們”之分，生物在本質上只是一堆不斷混合，不斷閃轉騰挪的DNA而已。
結語
如果達爾文再多活一百年的話，當他看到病毒參與了人類的進化，並且起到了至關重要的作用時，那麼達爾文對人類的起源一定會有更加全面的認識，最終他會給我們一個人類起源謎題圓滿的解答。
