根據發表在《 Alimentary Pharmacology＆Therapeutics》上的研究，患有過敏性或自身免疫性疾病的患者發生獨立於心理困擾的功能性胃腸疾病的風險更高。
澳大利亞紐卡斯爾大學健康與醫學學院的Nicholas J. Talley博士及其同事研究發現，免疫激活似乎是功能性胃腸疾病發生的重要因素。
已經觀察到[腸易激綜合徵]和[功能性消化不良]粘膜固有免疫激活的證據，但是功能性胃腸疾病中免疫激活的普遍性尚不確定。
研究從澳大利亞人口中隨機選擇了3542人（平均年齡57.9歲；女性52.7％），並郵寄給他們一份調查問卷，其中包括有關已診斷出的自身免疫性或過敏性疾病的問題。問卷還評估了心理困擾和羅馬III共識關於腸易激綜合徵的標準。
研究人員發現，哮喘，食物，花粉和動物過敏以及牛皮癬和類風溼關節炎與腸易激綜合徵和功能性胃腸疾病獨立相關。在控制了年齡，性別和心理困擾這些因素之後，研究發現牛皮癬（OR = 1.81; 95％CI，1.19–2.74），食物過敏（OR = 1.66; 95％CI，1.15–2.4）和類風溼關節炎（OR = 1.32）； 95％CI，1.04–1.68）是腸易激綜合徵的獨立危險因素，而哮喘（OR = 1.32； 95％CI，1.04–1.68）和食物過敏（OR = 1.78； 95％CI，1.28–2.49）是[功能性消化不良的獨立危險因素。
儘管許多功能性胃腸疾病與焦慮症或其他心理狀況有關，但研究發現表明，某些功能性胃腸疾病具有其他原因。
特定的特應性和自身免疫性疾病是腸易激綜合徵和功能性腸病的危險因素，心理困擾並未解決，這表明某些功能性胃腸疾病的發病機制可能涉及不同的外周途徑。
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