跨境電商較之國內電子商務則增加了海關通關、檢驗檢疫、外匯結算、出口退稅、進口徵稅等環節。
1.入關
這些漂洋過海回來的跨境貨物，首先要進入海關特殊監管區等待查驗。例如福州出口加工區內就設有海關、國檢共同入駐的跨境電商監管中心。
2.普貨查驗
跨境貨物進入海關監管倉，等待海關進行查驗關籤。查驗的目的是核對實際進口貨物與報關單證所報內容是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況。海關人員檢查無誤後，貨物進入保稅倉儲存，等待國檢進行抽樣檢驗。
3.理貨上架
倉庫分為儲存區、包裝區和監管區三個區域，部分對溫度和溼度有較高要求的貨物，如食品、母嬰產品、保健品等，則存儲於恆溫倉，以確保其品質。
4.抽樣檢驗
國檢工作人員要在兩天內完成對貨物的抽查檢驗。其中，食品及保健品還需送到專業實驗室進行成分檢驗，畢竟涉及健康的商品一點都不得馬虎。
5.訂單來了
在電商企業完成備貨後，作為消費者的你如果要買一支法國的口紅，直接在電商平臺下單後，電商企業就會將生成訂單發送到商品所在保稅倉，同時支付企業發送支付單、物流企業發送物流單，也就是“三單比對”。
在訂單生成之時，你下單的口紅還靜靜地躺在保稅倉貨架上。而訂單相關數據會全部傳輸到跨境服務平臺(即接受企業備案的外網平臺)，服務平臺再將數據傳輸到管理平臺(即海關內網)。
6.打包
保稅倉工作人員開始按訂單打包對應商品貨物。
7.過光機查驗
打包完畢的貨物運送到分揀中心，通過過光機進行查驗。操作人員需掃描輸入貨物的條形碼，經過過光機的貨物均有圖像留檔，每一筆訂單信息都將被保存。
8.海關、國檢查驗
國檢、海關的工作人員對過光機的貨物進行現場監控。在過光機中可以看到申報的物品和發出的物品是否一致，防止貨物夾帶。如果經查驗沒有問題，包裹就會被放行。
9.系統布控
同時還進行系統布控，一部分“幸運兒”會被海關抽出進行現場查驗，比對數據、實物等各項信息。想瞞天過海是不太可能滴。
10.通關放行
包裹在通關放行後，會經由國內物流，運往全國各地，飛奔到主人的懷抱啦!對擁有“三單”的物流配送車輛，海關特殊監管區卡口智能系統將自動識別車號放行。
目前，在雲南，雲南五洲跨境電子商務有限公司是雲南省唯一在昆明海關通關的本土化跨境電子商務龍頭企業，公司於2018年5月15日完成了雲南省跨境電商進口9610首單測試，於2019年7月成為昆明綜合保稅區9610出口和進口的第一家跨境電商企業。公司旨在為中小型跨境企業提供專業、低成本的交易、通關、外匯、退稅及配套的物流和金融服務。更多資訊，歡迎到訪！公司地址：昆明市官渡區鼎傑興都匯商務中心4棟18樓
