初始章程是股東協商一致的結果，體現了股東利益的最大化，只要不違反法律強制性規範，一般應受到法律的尊重。這是因為當事人最清楚自己的利益所在，他們協商一致的結果不僅滿足了自身的需要，也使社會效益得到增加。而公司章程修改體現合意遠不如初始章程充分，這時公司自治受到矇蔽，因此公司章程修正案不能僅以公司自治為由變更股東的權利義務，還應遵守以下具體規則。
首先，公司章程修正案要遵守《公司法》的強制性規範，包括《公司法》明確的強制性規定和《公司法》的基本原則。比如，非經股東一致同意，公司章程的修正案不得為部分股東設定新權利，否則將因與股東平等原則相悖而無效。如股東一致同意為部分股東設定新權利，可視為其他股東對權利的自由處分，這時如果不違反其他強制性法律規範，法律就予以尊重。
其次，非經股東同意或者有正當理由，公司章程修正案不得變更該股東既得權或為其設定新義務。股東同意變更其既得權利或設定新義務，是股東對其權利的自由處分，法律一般予以尊重；有正當理由，比如，股東未履行或者未全面履行出資義務或者抽逃出資，公司章程修正案對其利潤分配請求權、新股優先認購權、剩餘財產分配請求權等股東權利作出相應的合理限制，這符合權利義務相一致原則和公平正義的理念，法律也應予以尊重。而沒有正當理由或者未經股東本人同意，公司章程修正案擅自取消該股東既有權利或者為該股東增設義務，這不僅違反股東平等原則，而且違背該股東加入公司之初對公司和其他股東的合理期待，並且多數一方股東背棄了信義義務。為保護股東合理期待利益及正當權益，應該認定此修正案對該股東沒有拘束力。因為“資本多數決的邏輯本身即隱含著少數股東對多數股東將其意志擬製為公司意志的正當性和合理性期望。沒有對少數股東對多數股東這種合理期待的保護，就沒有多數治理”。故法律必須保護股東的這種合理期待，以維持公司股東之間的信任關係和公司的存續。
最後，公司章程修正案變更股東的權利義務必須符合以上兩規則，否則將被認定為無效或對未同意的股東沒有約束力。
