大多數抗甲狀腺藥物只抑制甲狀腺激素的合成，而不抑制外周T4轉化為T3，因此治療過程中，T4比T3下降得早，只有當T3降至正常（此時T4可能正常，也可能已低於正常），才表明甲亢得到控制，用藥量適當，可按原藥量繼續服用。T3仍高於正常表明用藥量不足，應適當加量。當T3和T4皆低於正常則示藥量過高，需適當減量。
Graves病在選擇治療時，可參考TRAb的結果，當甲狀腺生長免疫球蛋白TGI活性增高而刺激甲狀腺免疫球蛋白TSI（TSAb）陰性時，宜採用外科手術或放射性碘治療。
甲亢治療效果的判斷
藥物治療一個過程後，應停藥6周測定T3、T4以判斷療效。T3和T4恢復正常說明甲亢已明顯緩解。為了解是否已經治癒，則需進行甲狀腺激素抑制試驗或TRH興奮試驗。結果正常證明下丘腦-垂體-甲狀腺軸功能已恢復正常，甲亢治癒，停藥後複發率低。對Graves病，還應檢測TSI（TSAb）的活性水平，如TSI（TSAb）仍呈陽性，提示免疫功能尚未恢復正常，如過早停用抗甲狀腺藥物，多在短期內復發。
甲亢患者甲狀腺攝碘131功能的變化比臨床表現和甲狀腺激素的恢復為慢，所以不能單獨用甲狀腺攝碘131試驗來監測用藥量和判斷療效。
甲亢是否復發
甲亢治癒後有一定的複發率，應及早發現，最好是發現於亞臨床甲亢期，進行及時治療。各種測定方法對早期發現甲亢復發的靈敏度和可靠程度的順序是S-TSH=TRH興奮試驗>FT3>FT4>TT3>TT4.
注意：甲亢患者在藥物治療，切莫自己隨便停藥，減藥，有很多患者自身感覺甲亢症狀消失了，自己停藥，往往會比之前更嚴重。所以一定要遵醫囑，即便停藥患者也要定期去複查，一旦有復發及早的治療。
