多數養殖戶認為，空的雞舍不需要進行消毒防疫管理，等雞群轉入時在打掃即可。其實這種想法是錯誤的，空雞舍的有之前雞留下的潛在的細菌、病毒和寄生蟲，為隔斷上下批次間病原微生物傳播，為轉入雞群及周邊雞群提供安全的環境，建議在空舍時間也要做好雞舍清理、沖洗、消毒等管理工作。
一、雞舍清理管理
雞舍清理的時間宜早，一般在上批雞轉出或淘汰後1天~2天內開始。
將料塔、飼料儲存間及料槽清理乾淨，以避免飼料浪費。
將雞舍內的雞糞清出舍外，保證沖洗效果。
按照從上到下的原則對屋頂、坨架、房梁、牆壁、風機、進風口、排風口等處的塵土、蜘蛛網進行清掃。
對飲水系統（如飲水管、減壓閥）、供電系統（配電箱、開關、電線）、籠具等設備設施進行清掃。
對舍內的風機、電器設備控制開關、閘盒等進行包裹或做其他保護。
雞舍整理時儘量不要將設施和物品移出舍外，要在舍內進行統一整理、沖洗和消毒。如設施或物品必須移出，則在移出前進行嚴格的清掃和消毒，以防止細菌或病毒汙染其他區域。
二、雞舍沖洗管理
雞舍整理完畢後2天~3天可對雞舍進行沖洗。沖洗時按照先上後下、先裡後外的原則，保證沖洗效果和工作效率，同時還可以節約成本。沖洗的順序為：頂棚、籠架、料槽、糞板、進風口、牆壁、地面、儲料間、休息室、操作間、糞溝，防止已經沖洗好的區域被再度汙染，牆角、糞溝等角落是沖洗的重點，避免形成“死角”；沖洗的廢水通過雞舍後部排出舍外並及時清理或發酵處理，防止其對場區和雞舍環境造成汙染。
對飲水管與籠具接觸處、線槽、料槽、電機、風機等沖洗不到或不易沖洗的部位進行擦洗。進入雞舍的人員必須穿乾淨工作服、工作鞋；擦洗時使用清潔水源和乾淨抹布；及時對抹布進行清洗；洗抹布的汙水不能在雞舍內排放或潑灑，要集中到雞舍外排放。
沖洗整理完畢後，對工作效果要進行檢查，儲料間、雞籠、糞板、糞溝、設備的控制開關、閘盒、排風口等部位均要進行檢查（每個部位至少取5個點以上），保證無殘留飼料、雞糞及雞毛等汙物。對於沖洗不合格的，應立即組織重新沖洗並再次進行檢查，直到符合要求。
三、雞舍消毒管理
微生物監測為確認消毒效果，可以進行微生物監測，如不能達到要求，需要重新對雞舍進行消毒。
火焰消毒雞舍沖洗乾燥後進行，主要對籠具、地面等耐高溫部位進行，目的是殺滅各種微生物及蟲卵。
噴灑消毒在火焰消毒的當天或第2天，舍外牆壁用白灰噴撒消毒，舍內屋頂、地面、籠具及設備，用季銨鹽類、絡合醛類等消毒液全面噴灑消毒。特殊情況下，可用驅蟲藥物噴灑，消滅舍內殘留的寄生蟲和蟲卵。
燻蒸消毒在噴灑消毒當天進行，消毒前將所需物及工具移入，將雞舍的進出風口、門窗、風機等封嚴，，保證燻蒸時間在24小時以上，進雞前1天~3天可進行通風換氣並對燻蒸的殘留藥品清理和沖洗。
飲水管消毒在雞舍沖洗完畢當天進行，最好待雞舍燻蒸完畢開封后，再用清水沖洗乾淨。
燻蒸消毒推薦用燻蒸消毒王，輕輕一點，濃煙四起360度無死角，夏季還有去蚊蠅的效果
消毒液推薦：稀戊二醛和聚維酮碘兩種交替使用
