當選定了擬投期刊和論文的最後一稿準備好後，就可向SCI期刊投稿了。
一、準備投稿信
SCI期刊的編輯往往需要一些有關作者及其論文的信息，而作者也希望給編輯提供一些有助於其全文送審及決策的信息。這些信息都應該包括在投稿信（covering letter）中。投稿信應包括以下幾個方面的內容。
（1）論文的題目和所有作者的姓名及地址。
（2）論文的類型（letter，regular paper，special section paper，review，tutorial or communication）.
（3）論文的意義或新意（What issues led to this work？What gap is being filled？What is the broader context for this work？What is new here？To our knowledge，this is the first report showing….）.
（4）聲明文稿權轉讓。
（5）無一稿多投（This manuscript has not been previously published and is not currently in press，under review，or being considered for publication by another journal）.
（6）所有列出作者均對文稿有確切貢獻。
（7）文稿內容真實，無偽造。
（8）所有作者均已閱讀文稿，且同意送稿（All authors have read and approved the manuscript being submitted，and agree to its submitted to this journal）。
（9）建議審稿人及因存在競爭關係而不宜做審稿人的名單。
（10）通訊作者（corresponding author）的姓名、詳細地址、電話和傳真號碼、Email地址。
（11）通迅作者簽名。
許多論文因SCI期刊編輯部找不到合適的審稿人（Reviewer），致使稿件一拖再拖。提供審稿人名單和詳細通訊地址，會加快審稿速度。此外，找到的審稿人也可能因不熟悉該研究方向，而低估稿件的意義而被退稿。因此，在投稿的同時，提供一些熟悉論文內容的審稿人是必要的。提供審稿人要儘可能熟悉該稿件所做的工作。審稿人可以在文章末尾的參考文獻中找，也可以推薦你所熟悉的相同領域專家。
二、閱讀投稿須知
從相應SCI期刊網站的homepage下載Instruction for Author，並且按照要求準備好原稿的所有文件，如投稿份數、論文格式、長度、圖表、參考文獻格式、配圖說明等，逐條遵循。
一般SCI論文可分為回顧性文章（review article）、普通論文（regular/research article）、快訊（short communication）等。不同的論文類型，對原稿的格式要求也有所變化。不同的學科，正文的內容和形式會有所增減；圖表、公式的數量也會有所不同。
此外，不但原稿的內容要符合SCI期刊的要求，而且在字數、頁數、格式、文件儲存形式等方面，均需與投稿的SCI期刊的要求一致。否則，論文在初選階段會很快落選。
三、投稿前詢問
在將論文全文投稿前，研究人員也許可以從Science、Nature等編輯處獲得非正式的反饋信息。這種服務的目的是節省時間——如果編輯認為論文不適合發表，可以將論文及時投到其他期刊，而不被耽誤。
如果希望使用投稿前詢問服務，選擇期刊的在線系統發送一段話，解釋論文的重要性，以及論文的摘要或概述段和相關的引用目錄，以便編輯能夠將投稿與其他相關工作進行對比判斷。
編輯也許會很快邀請你遞交完整的論文（這並不意味著發表的任何承諾），或許告訴你這篇論文不適合在該期刊發表。如果接到的是否定的回應，請不要回復。如果你確信自己論文的重要性，那就不要在乎編輯的疑惑，你可以通過期刊的在線投稿系統遞交論文的全文。編輯會對你的工作做更詳盡的評估。
四、向SCI期刊投稿的方式
科技論文作者SCI期刊投稿的方式有三種。
（1）郵寄形式。郵寄形式，即通過國際快件或航空將論文的原稿郵寄給期刊的主編或編輯部。
1) 稿件包裝：一般應按以下順序備齊資料:
· 投稿信。
· 論文稿拷貝份數。以打印稿（hard copy）投稿。
· 版權轉讓聲明（可以在論文接受後追加）。
以上材料不要用訂書釘固定，以免途中因訂書釘移動而損壞稿件；但可以用大型曲別針固定，照片可以在信封中夾硬紙片保護。
2) 稿件郵寄: 郵寄稿件應注意：正確的投稿地址及收稿人。有的SCI期刊在“投稿須知”中特別指出投稿地址與訂刊或訂單行本地址不一樣，以免造成時間耽擱。
郵寄稿件形式曾經是SCI論文投稿的近乎唯一的方式，現在採用這種方式接受來稿的SCI期刊越來越少了。
（2）電子郵件形式。電子郵件形式，即作者將SCI論文Email給編輯部。現在有許多SCI期刊已經告別了郵寄和電子郵件的時代，開始只受理網上投稿。某些期刊僅允許一些沒有圖表的短文、特邀論文（review、book chapter）或“給編輯的信”通過Email投稿。幾乎所有的SCI期刊均不接受Fax投稿。
（3）網上投稿。網上投稿（online submission）方式速度更快，而且稿件不會丟失。目前網上投稿是主要投稿方式。網上投稿常需要作者在線（Online）註冊。一旦作者在網上登記註冊投稿，每個主要步驟都有記錄，很受SCI期刊作者的歡迎。
五、網上投稿
（1）網上註冊（online registration），也稱為作者註冊。註冊時要把自己的姓名、單位、聯繫地址，包括電話、傳真和電子郵箱等登記得準確無誤。註冊成功後，作者會收到E-mail回執。
（2）按部就班地輸入論文的各個主要部分 ，如題目、作者、摘要、關鍵詞、正文、圖表等。在輸入每個部分的時候，要通讀該部分的有關要求，再次確認自己輸入的文件是否符合要求。這聽起來並不難，但實際上作者在這方面的疏忽卻很多。
（3）確認每個部分輸入的完整性。有些作者在輸入文件時過於匆忙，10個圖只輸入一半，這樣的稿件即使到了編輯部也不能送審，只能返回作者補漏。如果審校員一時疏忽或主編沒有察覺，將有缺欠的文章發出送審，則審稿人因為缺圖，不能正常審閱文章。這樣造成的麻煩所耽誤的時間會更多。
（4）輸入文件完畢後，也就是所有的部分成功輸入後，不要忘了點擊投稿發送鍵（【Sending】或【Submitting】）。否則，稿件只會存儲在作者自己的文件夾中，而不是發到編輯部的文件夾裡。論文提交成功後，作者會收到Email回執。同時，網上會自動生成論文提交成功後的信息。打印保存。
目前，許多SCI期刊網上投稿，需把文件由一種存儲形式轉換到另一種存儲形式，如Word文件變成PDF文件。在這個轉換過程中，計算機屏幕上會呈停滯狀態，看上去好像死機了。其實不然，只需耐心等待。如果有問題，屏幕上則會出現問題預警或解決問題的提示。如果作者不能自行解決故障或問題反覆出現，作者可與出版社在線投稿支持系統的相關部門（online submission support team）聯繫，求得幫助。此外值得一提的是，部分著名出版社的網頁上除附有投稿須知外，還專門設計了針對網上投稿的指導示範文件（tuition program）。總之，網上投稿並不難，關鍵是準備充分，而且在實際上機操作時按部就班，不能單純求快，否則欲速則不達。
網上投稿後，編輯部還會給你一個正式的回執和稿件編號。稿件編號可用於稿件追蹤（follow-up）。因此，要保存好。
有些期刊（如Nature）收到投稿時，除了會提供一個編號還會安排一位編輯，這位編輯負責閱讀論文，徵詢科學顧問和編輯部同事的非正式建議，並將你的投稿與本領域最近所發表的其他論文進行比較。如果論文看起來新穎、引人注目，所描述的工作很直接又有深遠的意義，那麼編輯會將論文送出去作同行評審，通常會送給兩個或三個獨立的專家。然而，因為期刊只能在某一領域或次領域發表極少數的論文，因此許多論文未經同行評審就被拒絕，即使這些論文描述的可能是可靠的科學結果。
六、網上投稿常見問題
網上投稿通常快速並相對容易。然而，如果作者疏忽遵守期刊的要求，可能延遲或停止發送審稿過程（the submission and peer-review process）。網上投稿常見問題有以下幾個。
（1）論文字數超過規定的要求。
例如，按要求，原稿不能超過3000字，可有的原稿長達3200字，甚至更多。
（2）圖不規範。
遞交圖文件（figure file）方式不正確。多數SCI期刊要求每單獨圖作為一個單獨文件遞交，而不是把所有的圖合成為一個文件再遞交。
1) 圖的分辨率太低。應該用高分辨率的圖（300 dots per inch）。
2) 圖的格式（format）不對。常用圖的指定格式為GIF、JPEG、TIFF。不要用非指定格式，如PDF、WBMP、Word、RLE和PowerPoint。
3) 沒有圖解（figure legend）。
（3）沒有遞交“a conflict of interest disclosure”（利益衝突披露）。有些SCI期刊要求作者在投稿的同時，要遞交“a conflict of interest disclosure”。
（4）缺首頁（Title page）。
（5）缺摘要。
（6）缺投稿信.
（7）動物和人體實驗沒有被倫理委員會批准。
（8）論文的格式不符合所投SCI期刊的要求。
七、常見問題
問題1：在Wiley投一篇文章，上傳的時候一直上傳不上去，不知道出現什麼錯誤。好不容易上傳上去，確認PDF格式的時候發現生成的PDF中圖片不顯示，排版出現了很大的變化。可是自己生成的PDF是對的。這是什麼原因呢？怎麼解決？
原因：網速的問題。
問題2：論文提交（submitted）已經2個月了，可是網上狀態一直都是submitted，那是這是怎麼回事？
原因：稿件正在審理，有時候出版社處理稿件比較慢
