我國刑事訴訟法確定了以公訴為主，自訴為輔的刑事起訴制度，在公訴制度.中又運用了起訴法定主義和起訴便宜主義來指導刑事公訴。不起訴作為公訴制度一部分，已經成為現在我國一個亟待解決的理論與實務問題，原因不僅在於法律設置的過於疏漏，而且對不起訴權的定位，學術界也未給予足夠的探討。
一、不起訴的性質及適用案件
根據訴訟法理可知，不起訴是指作為國家公訴機關的人民檢察院代表國家根據其職權對於偵查機關或部門偵查終結刑事案件進行審查後，確認符合法律規定條件（欠缺公訴條件或起訴無必要的）而作出的不將案件交付人民法院審判而就此終結訴訟，並相應的作出決定的訴訟行為。
在訴訟中，訴權包括起訴權和勝訴權，但只有將起訴權與勝訴權結合在一起，才能獲得滿意的訴訟效果。（1）針對實踐中訴權實際狀態，不僅會有無訴權情形；（2）即使有訴權，也會發現二者相分離之情形：即有起訴權卻無勝訴權狀態，但是，即便如此，也會發現無勝訴權的原因不同，第一，自始無勝訴權，第二，雖有勝訴權但由於某種特殊原因，而喪失勝訴權。（3）或是有訴權由於某種特殊原因而不行使訴權。具體而言有以下幾種：
1.無訴權之情形：也就是公訴機關對於某些刑事案件自始不享有訴權。包括：（1）對於沒有犯罪事實發生（包括，雖然“犯罪嫌疑人”的行為造成危害後果，但從法律上並不構成犯罪）。但是，這一類型刑事訴訟法未予以明文規定。也許，立法者認為此情形應當在偵查階段終結訴訟，而不應當進入公訴階段。但是，法律條文是為了防止特殊情形的出現而制定的，而非此種情形必然在實踐中出現，儘管此特例的出現很偶然，但是建議以後的立法予以明文規定之，以作到有法可依。（2）根據刑事訴訟法的142條第一款和15條之規定，下類情形亦屬於：情節顯著輕微，危害不大，不認為是犯罪的；經特赦令免除刑罰的（特赦令的頒佈表明國家刑罰權的放棄）；依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或撤回告訴的（這類案件只有自訴人擁有訴權）；其他法律規定免予追究刑事責任的。
2.喪失公訴權之情形：就是指公訴機關對於某一犯罪行為起初擁有訴權，只是由於特殊情形的出現，而使訴權喪失。犯罪已過追訴時效期限的，這是此類情形的主要方面；犯罪嫌疑人，被告人死亡的，使得國家的刑罰權失去了對象，因而也屬於喪失公訴權的情形。
以上二者，由於公訴機關無公訴權，故而相應的作出不起訴的決定，在理論界和實務界被稱為“法定不起訴”。
3.公訴機關擁有公訴權，但對案件進行衡量後，認為捨棄公訴權，更為適宜，有利於維護整個社會的公共利益，或者更加有利於預防犯罪以及罪犯的教育改造（這是刑罰個別化在實踐中的體現）。這體現了公訴機關對公訴權的處分。刑事訴訟法第142條第二款規定，“對於犯罪情節輕微，依照刑法不需要判處刑罰或免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定”，它是我國起訴便宜主義在刑事訴訟中的體現。理論界與實務界稱此為“酌定不起訴”。
根據立法情形可知，此種不起訴雖來源於免予起訴，但適用情形有二：（1）犯罪情節輕微，依照刑法不需要判處刑罰；（2）免除刑罰。之所以認為犯罪情節輕微只是作為“依照刑法不需要判處刑罰”的前提，一是為了限制自由裁量權的行使、防止重演免予起訴的弊端，即只有這兩個條件全部滿足時，方可做出不起訴；二是因為“免除刑罰”在刑法中不一定就非得是犯罪情節輕微，如犯罪嫌疑人的罪行較重的，罪後自首或者自首後有重大立功表現的，可以免除刑罰。如果將“犯罪情節輕微”同樣貫於後者之前，則又會使公訴機關的自由裁量權適用範圍縮小，使酌定不起訴大打折扣。
之所以修改免予起訴的規定，重要的是由於其有悖於現代刑事訴訟法理：一是免予起訴權已超出公訴權的範圍，混淆了公訴機關與審判機關的職能。公訴機關在刑訴程序中擁有對被告人依法追訴的權力，但其不應擁有對被告人的定罪免刑的決定權——這是審判權的職能。二是免予起訴的處理程序，還侵犯了犯罪嫌疑人或被告人的最基本的訴訟權利——辯護權，有違訴訟民主與公正。從世界各國的規定來看，美國的“辯訴交易”需經法官的確認才能生效；日本的“起訴猶豫”，德國的“微罪不舉”、“暫緩起訴”等起訴便宜主義也都並非公訴機關對被告人的定罪處分決定，僅是一種從程序上的終止訴訟或延緩起訴效力的處理方式，而且審判機關都將參與處理過程，都體現了國家審判權介入人權保障的層面。
4.有起訴權但無勝訴權：控訴機關作為司法機關（至少在我國可以這樣認為），應當對於它所指控的被告人及罪行能否勝訴有一定的把握，（當然並不可能100%的勝訴）；否則，司法人員就屬於不合格的司法人員，他是在褻瀆法律及公眾對他的信任。那麼對於事實不清，證據不足，即對於犯罪嫌疑人是否犯罪處於不能證實也不能證偽的懸疑狀態的案件，也有作出不起訴決定的權利，目的是為了節省司法資源，符合現代刑事訴訟效益的原理。當然這種作法可能會放縱一些犯罪分子，但由於不起訴決定的法律效力是相對的，仍可以在滿足條件後再行公訴（當然，再行公訴也要有一定的法律規範限制）。因而，公訴機關作出的這種不起訴決定只是公訴機關在刑事訴訟中的技術處理，並不存在如上述酌定不起訴中的自由裁量權。
二、不起訴制度的不足與完善及其制約機制
不起訴制度，合理地配置了司法資源，並且符合刑罰個別化、輕刑化的刑事政策和訴訟經濟的價值取向。但是，法律對此規定得並不完善。對於法定不起訴，是法律予以明文規定的，代表了公訴權的喪失或自始沒有，所以在理論上其他人不得對此類決定予以變更。由於徒法不能自行，所以還需人們對法外行徑予以制約才能真正的實現訴訟民主與公正。對於酌定不起訴，體現了公訴機關的自由裁量權，是起訴便宜主義的體現，已經成為各國現在關注的焦點。它不但體現了一國追求刑罰效益最大化的途徑——刑事政策在刑事訴訟中的體現；而且又是最容易偏離它初始目標而歪曲軌跡的權力，因為，法律的實施離不開人為因素。為了制衡這種利益衝突，不起訴不但受適用範圍的限制，還要受刑法的罪行法定原則（包括積極和消極兩方而）規制，同時還應當受到各訴訟參與人的制約。為了防止濫用權力，維繫訴訟民主與公正，應建立一聽證會議制度來實現其價值，在被害人、犯罪嫌疑人、此案公訴機關在第三方的主持下舉行，對涉嫌罪名、不起訴的利弊以及對被害人的賠償等問題予以論證，最後得出不起訴的利益分析，並且對此案作出處理決定。對於證據不足不起訴雖然是公訴機關的技術處理決定，但是應當保護被害人方的利益，因為他是最為可能受到不利益的一方。法律雖然賦予被害人“公訴轉自訴”的權利，但是自訴人應承擔舉證責任，所以除非自訴人仍有其他證據，自訴很難勝訴。建議以後立法完善之。
不起訴是人民檢察院不行使公訴權的外化，其在現代刑事訴訟中的地位愈發顯著，特別是各國“起訴便宜主義”的發展，使得如何保證正確行使不起訴權，更加真正體現一個國家司法機關的運用權力的公正與合理，是保證刑事訴訟中的保障人權與懲罰犯罪這兩個基本理念實現的重要一環。孟德斯鳩說“一切有權力的人都容易濫用權力，這是萬古不變的一條經驗”，由於檢察機關同樣是它的工作人員在運用國家權力，所以不可避免的會出現濫用權力的情形，況且，培根說過“一次不公正的判斷比多次不平的舉動尤烈，因為這些不平的舉動不過弄髒了水流，而不公的裁判把水源破壞了。”因而為了制衡這種權力的可能濫用，法律規定如下的程序：對於不起訴，人民檢察院應當製作《不起訴決定書》，對於此書人民檢察院應當公開宣佈，並且送達被不起訴人和它的所在單位，且一經宣佈，即生法律效力，採取的強制措施和強制行為，應當及時解除。以下從制約主體的不同來分析：
1.被害人的制約：根據刑事訴訟法第145條規定，“對於有被害人的案件，決定不起訴的……被害人不服的可以向上一級人民檢察院申訴.，請求提起公訴……對人民檢察院維持不起訴決定的，被害人可以向人民法院起訴。被害人也可以不經申訴，直接向人民法院起訴……”可以看出，我國的被害人的救濟途徑有：一是申訴，二是直接起訴。這裡只分析後一種，在學理上稱為公訴轉自訴，這是1997年修訂刑事訴訟法新增條款，主要解決被害人狀告無門的問題，同時亦是對檢察機關的一種監督，體現了我國的訴訟民主以及人權保障。但是，被害人的自訴權分割了公訴權，降低了公訴機關的法律地位。同時，公訴與自訴的立案、受理條件不同，致使自訴時立案困難。而且，根據證明責任分擔的規則，將由自訴人承擔舉證責任，加重了自訴人的負擔。所以，這種制度作為外部制約機制，並不十分完善與合理，法律應當採用類似於日本的強制起訴制度。
2.被不起訴人的制約：刑事訴訟法第146條規定，被不起訴人不服酌定不起訴決定，可以自收到決定書後的7日內向人民檢察院申訴。人民檢察院應當作出複查決定，通知被不起訴人，同時抄送公安機關。但是，被不起訴人對人民檢察院作出的維持此不起訴決定的複查決定仍不服的，認為自己是無罪的，應當尋求何種救濟途徑，法律未作規定。筆者認為法律還應當賦予被不起訴人向上一級檢察院申請複核或提起公訴的權利，這樣才能真正實現權利救濟和對公訴權力的制約。
3.公安機關的制約：對於公安機關移送起訴的案件，人民檢察院決定不起訴的，應當將不起訴書送達公安機關。公安機關認為不起訴有錯誤的，可以要求複議，如意見不被接受，可以向上一級人民檢察院提請複核。
4.公訴機關係統內部的監督：根據檢察機關一體化原則及等級監督的制度，上級機關對於被害人、被不起訴人以及公安機關的複議或複核申請進行復議、複核，即體現了權力制約。但是，應當在現實之中儘量實現法律的真實面目。
5.來自法院的制約：審判機關對公訴轉自訴案件的受理即可體現出一種監督機制所應發揮的功能。但是，筆者並不贊同公訴轉自訴的制度，因為公訴案件原本屬於公權力，如果允許被害人以自訴人身份介入訴訟，則使得公訴機關的法律地位受到侵犯。筆者認為，在納入日本強制起訴程序後，也就是說賦予被害人一種向法院申請裁定公訴機關提起公訴的權利，由法院作出此案是否應提起公訴，那麼此種衝突自然會得以協調。
