稅務機關是行政執法機關，在稅收執法過程中總是要與法院打交道，有時是作為被告，站在被告席上；有時接到法院的《協助執行通知書》要求協助法院執行判決或裁定；有時也會有納稅人反映法院在執行判決或裁定中的某些做法違反了相關稅法的規定。
一是關於在行政訴訟中當被告。
在行政訴訟中做被告對稅務機而言，這是《行政訴訟法》所規定的，只要稅務機關的行政相對人認為其合法權益受到了侵害，就可以到法院起訴，稅務機關自然也就成了被告，稅務機關沒得選。
在行政訴訟中稅務機關作為被告方，關鍵要加大與主審法官關於稅法相關規定的交流力度，因為客觀來說，絕大多數法官對稅法是寞生的，沒有充分的交流與溝通，在主審法官在對稅法沒有足夠了解基礎上的判決或裁決，毫無疑問會增加稅務機關在訴訟中敗訴的風險。
二是關於協助法院執行判決或裁決。
協助法院執行判決或裁定是稅務機關的義務，但稅務機關的協助義務應以不違法為前題。
比如，最近發生在南京發生的，法院向稅務機關送達《協助執行通知書》，要求稅務機關停供某企業發票的事件。
眾所周知，發票是企業經營活動的收支憑證，也是會計核算的依據，一旦停供發票將對企業的生產經營產生嚴重影響。
稅務機關作為發票的主管機關，對發票管理必須嚴格按照《稅收徵管法》的規定來進行。《稅收徵收管理法》第七十二條的規定，“從事生產、經營的納稅人、扣繳義務人有本法規定的稅收違法行為，拒不接受稅務機關處理的，稅務機關可以收繳其發票或者停止向其提供發票。”
因此，法院要求稅務機關《協助執行通知》違反了《稅收徵管法》的規定，對此稅務機關應《最高人民法院關於人民法院辦理執行異議和複議案件若干問題的規定》對法院的《協助執行通知書》提出執行異議。
類似的《協助執行通知》還有很多，比如，要求不能協助企業辦理土地過戶，不能協助企業辦理股權變更登記等等。
三是關於法院在執行其判決或裁定違反稅法規定處理方法。
法院在執行判決或裁定時，由於對稅法瞭解不夠，往往不會考慮稅法的規定。只要判決下了，就要不折不扣地執行。比如，企業的資金借貸，甲公司借李某的錢，到期，甲公司不還，李某起訴到法院，法院判決甲公司還錢和利息。甲公司按稅法規定代扣代繳支付利息部分的個人所得稅，法院不同意，即使稅務機關前去交涉，法院認為生效判決必須不折不扣地執行，少一分錢都不行。
類似的情況還會發生產企業破產清算，產權變更等判決或裁定中。
對於這樣任性執行判決或裁定的行為，一味地與執行法官交涉往往效果不佳，最好的辦法是被執行人按《最高人民法院關於人民法院辦理執行異議和複議案件若干問題的規定》提出執行異議，稅務機關也可以作為利害關係人提出執行異議，通過法律途徑來解決問題。
