《內經》的問世，有著劃時代意義，這部約30萬字的著作，主要載述中醫的基礎醫學，其中臨床醫學沙及藥物方劑甚少，卻用了很大篇幅記述針灸醫學內容，正如汪石山《針負同對》中載：“《內經》治病，湯液醪醴為甚少，所載服餌之法才一二，而灸者四五，其他則明針法，無慮十八九”。書中多處引述“九針”（又名“針經"、“針論”）、“刺法”、“經脈"等遠古文獻，反映了我國早期的針灸醫學概況，它是我國針灸發展史上的第-座豐碑，標誌著戰國秦漢時期，針灸就已有了系統的理論，並已發展成為一門重要學科。雖然當時已有藥物按摩等多種治療手段，但<靈樞經>開宗明義第-篇還是強調*先立針經”，《素問.八正神明論》也指出：“法往古者，先知針經”，足見在我國早期臨床醫學中，針灸有著不同導常的地位。
《內經》的經絡理論是較為完備的，《靈樞》“本輸”等篇首先指出了經絡對指導臨床的重要意義。“經脈”、“脈度”、“骨度”、“百病始生”、“邪氣藏府病形”等篇載述脈的含義、經與絡的不同概念及相互關係。《素問》“五常政大論”、“調經論”，《靈樞》“本藏”、“邪氣藏府病形”篇等載述經絡的生理作用，《靈樞》“海論"及“營衛生會"、“營氣”、“衛氣行"等載述經絡氣血的來源、循行途徑及其與內臟肢節的聯繫，《靈樞·逆順肥瘦》篇載述手足三陰三陽經的行走方向，《靈樞·天年》、《素問·調經論》篇關於經絡病變與人的生長、衰老的關係等均有較詳細的論述。《靈樞》“經脈”、“經別”、“百病始生”、“經筋”、"癰疽”，《素問》“熱論"、“皮部論”、“調經論”、“繆刺論”、“五藏生成篇”等，不但記載了十二經脈.十五絡、十二經別、十二經筋的循行分佈與病候，而且說明了外感病邪可由皮毛到絡、到經、到內臟，由表入裡、由淺入深地傳變。運用經絡作為診斷手段也由來已久，《素問》“經絡論”、“三部九候論”、“診要經絡論”、《靈樞》“終始”等，論述了觀察絡脈診斷疾病及切診經脈部位的關係等問題。至於經絡理論在臨床治療上的運用，《內經》中也論述按經取穴及表裡經互用等原則，成了後世醫家師法的準繩。
總之，《內經》的經絡理論比較系統全面，它對後世各家學說的影響也是深遠的，例如張仲景創立六經辨證理論體系指導臨床，即是根據《素問·皮部論》等外邪由表入裡之說，提出病在太陽即刺陽明，“使經不傳則愈”這個“上工治未病"的觀點的。其六經分證，也是在《素問·熱論》的基礎上發展而來。又如《丹溪心法》中的手足陰陽經“合生見證”，也源於《內經》經絡臟腑表裡相關論，這種合生見證”說，對擴大經絡的辨證論治範圍，開拓臨床視野都有積極意義。由於經絡在針灸醫學中的重要地位，所以歷代醫家無不對它深為關注。元明以後許多學者都專門從事這方面的研究，以滑伯仁為代表，他哀集《靈樞》“本輸”、“營氣"及《素問·骨空論》等內容，將十二經脈加上任督脈合稱為“十四經脈”，成為著名的十四經學說；李時珍則專門從事奇經八脈的研究，他根據《靈樞》“五音五味"、“逆順肥瘦”、“脈度”、“動輸”、“經別”以及《素問》“舉痛論"、“痿論”等，寫成了《奇經八脈考》一書。
《內經》的腧穴理論記載不大完整，有的腧穴缺去部位，有的則缺去作用，有的甚至沒有名稱，只有對部位或取穴法的描述。儘管如此，但畢竟還有100多個常用穴位名稱。而且《靈樞.骨度》篇、《素問》“骨空論”、“血氣形志篇”等對腧穴定位法；《靈樞》“經筋”、“背腧”、“五邪”篇等對阿是穴定位的客觀指標：《靈樞》“本輸"、“壽天剛柔”、“五亂”“九針十二原"、“邪氣藏府病形”、“經脈”、“背腧”等篇對特定穴理論均有所論述。特別是對五輸穴理論，闡述比較全面。還有原穴、下合穴、十五絡穴、五臟背腧等也都有載述。
《內經》的腧穴理論對後世也有較大影響，例如《靈樞》“經筋”、“背腧"等篇中“以痛為輸”及“按其處應在中而痛解”等觀點，宋代的王執中在臨床應用上就深得其中三昧，如治哮喘，按壓肺俞穴出現“其疼如錐刺"；治痾症，按壓風池“皆應手瘦疼"；治夢遺，點按“腎俞瘦痛”；治咳嗽，“以手按其膻中穴而應”；治痢疾，“為按其大腸俞疼甚”；治帶下，按帶脈穴，“莫不應手瘦疼”等等，然後在其處施灸或用火針刺治皆獲良效。又如金代的劉完素，即以善用五輸穴、井穴、原穴而擅名，在他的著作《素問.病機氣宜保命集》中約有20多種病證用到針灸治療，用穴總數僅30餘個，且多數是五輸穴，不少疾病僅用-一個井穴或一一個原穴治療。還有李東垣重視脾胃學說，在《脾胃論》中的“大腸、小腸、五藏皆屬於胃，胃虛則俱病論”，就是繼承了《靈樞·本輸》篇中“大腸小腸皆屬於胃，是足陽明也”的觀點而來的，他認為上下巨虛雖分屬大小腸，但皆屬足陽明胃經，故脾胃虛弱可用上下巨虛施治。
《內經》雖然對灸法論述較為簡略，但針法成就則是顯著的。從《素問.寶命全形論》等記載看，當時既有金屬針，又有石制的砭針、錚石。而針具又有九種不同形狀、不同用途。《靈樞》“官針”、“九針十二原”、“九針論”、《素問·針解篇》等對九針的名稱、取法、長度、形狀.作用、主治、操作法、注意事項等均有描述。此外，《靈樞》“壽夭剛柔"、“官針”、“經筋”及《素問·調經論》等還有“焠刺”、“燔針”之說，開後世火針溫針治病的先聲。《素問·繆刺論》、《靈樞·官針》篇等記載了各種刺法，如恢刺、揚刺、偶刺、合谷刺、大寫刺、贊刺、絡刺、豹文刺、毛刺、浮刺、短刺、繆刺、巨刺等，內容豐富足資借鑑。關於放血刺絡療法，在《內經》的針灸治療學中，更有特殊重要地位。全書一百六十篇中，有40多篇涉及此法的應用，諸如瘧疾、腰痛、癲狂等的治療，不少是採用放血手段的。至於針剌補瀉手法，《素問》“八正神明論”、“離合真邪論”、“調經論”、“針解及《靈樞》“官能"、“小針解”等篇均有所論述，闞明瞭補瀉方法的操作及主治範圍等。對針刺得氣，《內經》中有較廣泛的討論，在《靈樞》“終始”、“九針十二原”、“小針解”等篇章就強調了得氣與療效的關係。還有針刺深線、留針、出針.針刺禁忌等也有較廣泛的討論，尤其是《素問》“診要經終論”、“刺禁論”、“四時逆從論”中提到的針刺不當所造成的嚴重後果，不少可作前車之鑑。
《內經》中有關針法灸法學成就對後世各家針灸學說的影響之大，也是極為深遠的，首先是關於針刺得氣候氣的理論，元初著名針灸家竇漢卿受其啟發，他在《針經指南.標幽賦》中描繪了針下得氣的手指感應。與他同時代的晚輩羅天益於《衛生寶鑑》一書中說他曾向竇請教針法，竇說：“凡用針者，氣不至而不效。"後來，羅與當時另一位傑出針灸家忽泰必烈談論及此，忽君也深表贊同。再從<針經指南所載十四字手法來看，也是導源於《內經》，只不過經他作了一番加工整理概括提高而已。再如放血刺絡療法，對後世這個流派的形成，也產生了不可估量的影響。如金元時代的張子和，就以善用刺絡放血而卓然成家，他的學術淵源從《儒門事親》一書中就可看出，是既遵《內經》遺訓，而又發展了了《內經》學說的。
《內經》的針灸治療處方甚多，《靈樞》“根結”、“四時氣”、“五邪"、《素問》"咳論"、“痺論"等，確立了選穴處方兩大原則，即按經選穴原則和按臟腑選穴原則。關於病所與選用穴位的關係，歸納《靈樞》“終始”、“官針”、“海論”、“厥病"、“上鵬”等篇所述，可知有局部選用、遠隔選用，局部與遠隔配合選用三個方面。《內經》 記載了三十多類病證的針灸處方，其中對熱病、瘧疾、痺證、腰痛、心腹痛、水腫、癲狂等敘述尤多。
這些針灸治療處方學成就對後世影響也顯而易見，如分部選穴處方原則，晉隋時代的名醫陳延之就體會很深，並稱之為近道法、遠道法。（《小品方》：“師述日：孔穴去病，有遠近也。頭病，即灸頭穴；四肢病，即灸四肢穴；心腹背脅亦然。...為近道法也。遠道針灸法：頭病，皆灸手臂穴；心腹病，皆灸脛足穴，左病乃灸右，右病皆負左。”）又如“按經取穴"原則，對王叔和、李梃、徐靈胎等人的學術思想頗有影響。《脈經》中“平三 關陰陽二十四氣脈第一”所述左右寸關尺二十四種病證及脈象所刺部位，多無具體穴位，只提刺其經脈。再如張潔古、雲歧子對傷寒熱病的治療，也多取法《內經》，除了重複《素問·刺熱論》熱病五十九刺取穴法以外，其熱病汗不出、傷寒結胸、痞氣三陽頭痛、三陰腹痛、傷寒少陰病、陰毒症的治療，也是在《內經》針灸治熱病的理論基礎上發揮而來的。
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