機械清除
當糞便與墊料混合或糞尿分離，呈半乾狀態時，常採用此法。清糞機械包括人力小推車、地上軌道車、單軌吊罐、牽引刮板、電動或機動剷車等。
採用機械清糞時，為使糞與尿液及生產汙水分離，通常在畜舍中設置汙水排出系統，液形物經排水系統流入糞水池貯存，而固形物則藉助人或機械直接用運載工具運至堆放場。這種排水系統一般由排尿溝、降口、地下排出管及糞水池組成。為便於尿水順利流走，畜舍的地面應稍向排尿溝傾斜。
1.排尿溝
排尿溝用於接受畜舍地面流來的糞尿及汙水，一般設在畜欄的後端，緊靠除糞道，排尿溝必須不透水，且能保證尿水順利排走。排尿溝的形式一般為方形或半圓形。乳牛舍宜用方形排尿溝，也可用雙重尿溝，排尿溝向降口處要有1-1.5%的坡度，但在降口處的深度不可過大，一般要求牛舍不大於15cm。
2.降口
通稱水漏，是排尿溝與地下排出管的銜接部分。為了防止糞草落入堵塞，上面應有鐵篦子，鐵篦應與尿溝同高。在降口下部，地下排出管口以下，應形成一個深入地下的伸延部，這個伸延部謂之沉澱井，用以使糞水中的固形物沉澱，防止管道堵塞。在降口中可設水封，用以阻止糞水池中的臭氣經由地下排出管進入舍內。
3.地下排出管
與排尿管呈垂直方向，用於將由降口流下來的尿及汙水導入畜舍外的糞水池中。因此需向糞水池有3-5%的坡度。在寒冷地區，對地下排出管的舍外部分需採取防凍措施，以免管中汙液結冰。如果地下排出管自畜舍外牆至糞水池的距離大於5m時，應在牆外修一檢查井，以便在管道堵塞時進行疏通。但在寒冷地區，要注意檢查井的保溫。
4.糞水池
應設在舍外地勢較低的地方，且應在運動場相反的一側。距畜舍外牆不小於5m。須用不透水的材料做成。糞水池的容積及數量根據舍內家畜種類、頭數、舍飼期長短與糞水貯放時間來確定。糞水池如長期不掏，則要求較大的容積，很不經濟。故一般按貯積20-30天、容積20-30㎡來修建。糞水池一定要離開飲水井l00m以外。
水衝清除
這種辦法多在不使用墊草，採用漏縫地面時應用。其優點是：省工省時、效率高。缺點是：漏縫地面下不便消毒，不利於防止疾病在舍內傳播；土建工程複雜；投資大、耗水多、糞水貯存、管理、處理工藝複雜；糞水的處理、利用困難；易於造成環境汙染。此外，採用漏縫地面、水衝清糞易導致舍內空氣溼度升高、地面衛生狀況惡化，有時出現惡臭、冷風倒灌現象，甚至造成各舍之間空氣串通。這種清糞系統，由下述幾部分組成：
1.漏縫地面
所謂漏縫地面，即是在地面上留出很多縫隙。糞尿落到地面上，液體物從縫隙流入地面下的糞溝，固形的糞便被家畜踩入溝內，少量殘糞用人工略加沖洗清理。漏縫地面比傳統式清糞方式，可大大節省人工，提高勞動效率。
漏縫地面可用各種材料製成。在美國，木製漏縫地面佔50%，混凝土製的佔32%，用金屬製的佔18%。但木製漏縫面板很不衛生，且易於破損，使用年限不長。金屬製的漏縫地易遭腐蝕、生鏽。混凝土製的經久耐用，便於清洗消毒，比較合適。也有用塑料漏縫地面的，它比金屬製的漏縫地面抗腐蝕，且易清洗。
2.降口
位於漏縫地面下方，其寬度不等，視漏縫地面的寬度而定，從0.8m到2m；其深度為0.7一0.8m；傾向糞水池的坡度為0.5-1%。
水衝清糞由於耗水量多、糞水貯存量大、處理困難、生產中為節約用水可採取循環用水辦法。不過循環用水可能導致疫病的交叉感染。此外，也可採用水泥蓋板側縫形式，即在地下糞溝上蓋以混凝土預製平板，平板稍高於糞溝邊緣的地面，因而與糞溝邊緣形成側縫。家畜排的糞便，用水衝入糞溝。這種形式造價較低，不易傷害家畜蹄部。
3.地下排出管
糞水池（或罐）分地下式、半地下式及地上式三種形式。不管哪種形式都必須防止滲漏，以免汙染地下水源。此外實行水衝清糞不僅必須用汙水泵，同時還需用專用槽車運載。而一旦有傳染病或寄生蟲病發生，如此大量的糞水無害化處理將成為一個難題。許多國家環境保護法規規定，畜牧場糞水不經無害化處理不允許任意排放或施用，而糞水處理費用龐大。
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