1847年3月，洪秀全同洪仁玕從花縣去廣州，在羅孝全處學習基督教教義，仔細地閱讀了《舊遺詔書》和《新遺詔書》，即《舊約》和《新約》。他大開眼界，獲得了較為系統的西方基督教知識。
但是，廣州是當時民族鬥爭的中心。洪秀全在廣州向羅孝全學習基督教教義的時候，正好爆發了反抗德庇時闖入省河，企圖強行進入廣州城的鬥爭。反侵略鬥爭的烈火使洪秀全的革命思想更加旺盛。
洪秀全在廣州待不下去了，他也不能再回到花縣鄉下了。他下定決心去廣西尋找馮雲山，積極準備發動起義。當時，他正請求洗禮，羅孝全尚未答應，他決定不再等待了。對發動一場大起義來說，洗禮是件微不足道的小事。1847年7月21日，他離開廣州，身佩斬妖劍，直奔紫荊山區。
差不多就在這個時候，洪秀全完成了他的第三篇著作《原道覺世訓》。這是一個向封建皇帝進攻的號角。其中說：“閻羅妖乃是老蛇妖鬼也，最作怪多變，迷惑纏捉凡間人靈魂。天下凡間我們兄弟姊妹所當共去滅之惟恐不速者也。”洪秀全又說：“溺信各邪神，則變成妖徒鬼卒。”所謂閻羅妖指的就是清朝皇帝，所謂“閻羅妖之妖徒走卒”指的就是清王朝的各級貪官汙吏，洪秀全號召拜上帝的人起來“共擊滅之”。《原道覺世訓》在另一處還公開點名痛斥清朝的皇帝。它說：“皇上帝乃是帝也。雖世間之主稱王足矣。豈容一毫僭越於其間哉？……耶穌尚不得稱帝，他是何人，敢靦稱帝者乎？只見其妄自尊大，自幹永遠地獄之災也。”
8月27日，洪秀全到達紫荊山區。他與馮雲山見面了。這時，廣西地區，特別是紫荊山一帶，災荒頻仍，人民群眾苦難日深，階級鬥爭進入高潮時期。洪秀全、馮雲山以紫荊山區作為主要基地，大力宣傳拜上帝，把活動範圍推向四周的貴縣、平南、藤縣、陸川、博白和廣東信宜、化州等地區。很快形成了五大塊基地。它們是：以馮雲山、楊秀清、蕭朝貴、韋昌輝為首的以桂平縣金田村為中心的紫荊山地區；以石達開、秦日綱為首的以貴縣賜谷村為中心的龍山地區；以胡以晄為首的以平南縣花洲為中心的鵬化山地區（包括藤縣大黎地區）；
以賴九、黃文金為首的以陸鶯、旱坳為中心的陸川、博白地區；以及以淩十八為首的以廣東信宜大寮為中心的信宜地區。發展信徒約3萬人，培養了楊秀清、蕭朝貴等一批骨幹。洪秀全、馮雲山等人把散漫的農民整合成具有統一思想，有組織的強大政治力量。這些聚集起來敬拜上帝的群體被人稱做“拜上帝會”，並很快就遠近馳名了。
隨著隊伍的壯大，拜上帝會在洪秀全、馮雲山的帶領下開展了搗毀泥菩薩偶像的鬥爭。1847年，洪、馮帶領信徒首先搗毀象州古車村的甘王廟，並在壁上題詩道：
1
題詩行檄斥甘妖，該滅該誅罪不饒。
打死母親幹國法，欺瞞上帝犯天條。
2
迷纏男女雷當劈，害累世人火定燒。
作速潛藏歸地獄，腥身豈得掛龍袍。
甘王廟香火旺盛，甘王被當地人認為是很靈驗的一個兇惡神道。洪、馮帶頭砸了甘王神像，卻安然無恙，一時聲威大震。拜上帝會還在蒙衝搗毀三聖宮（雷神廟），在田心水、花雷水一帶搗毀社壇（土地神廟）。搗毀偶像的行動激發了拜上帝信徒的膽識和鬥志，使廣大信徒“只知有天父兄，不怕有妖魔”。
拜上帝會連續搗毀神像的行動，引起地主士紳的驚恐。他們運用團練，勾結官府迫害拜上帝會。1847年底，紫荊山秀才、劣紳王作新抓住馮雲山並準備送官府治罪。拜上帝會聞訊後，及時作出反應，搶回了馮雲山。可是王作新不甘心，他連連上告，終使馮雲山被投入了桂平縣監獄。馮雲山智鬥官府。他引用儒家經典中關於敬拜上帝的文字以及清朝對基督教弛禁的諭令，說明“教人敬天，禮拜上帝”是合法行動。
官府找不到馮雲山反清實據。紫荊山拜上帝教眾兄弟又湊了一筆錢向官府進行賄賂，官府遂以馮雲山“無籍遊蕩”為由，令差役將其押解原籍管束。在遞解回籍的途中，馮雲山向兩位差役宣講拜上帝的道理。兩位差役被感動，陪同馮雲山秘密潛回紫荊山區。當馮雲山被囚時，洪秀全返回花縣，打算到廣州通過羅孝全，說服兩廣總督以營救馮雲山。馮雲山急於與洪秀全見面，遂立即東行。1848年10月，洪、馮兩人在花縣會面，商討起義大計，並以1837年洪秀全大病中的異夢為藍本，編造了一個政治神話《太平天日》，宣稱：洪秀全是上帝之子，上帝命他下凡做人間的真命天子，主宰一切。為發動武裝起義，改朝換代做思想準備。
馮雲山經過鬥爭雖然出獄，地主士紳糾集團練對拜上帝信徒的迫害卻有增無減。平南、貴縣、桂平、信宜等基地相繼傳來拜上帝會的首領被捕入獄的消息。淩十八、石達開、胡以晄等首領率先領導拜上帝教眾武裝反抗地主團練的圍攻。正如李秀成所說：“拜上帝人與拜上帝人一夥，團練與團練一夥，各爭自氣，各逞自強，因而逼起。”到1849年六七月間，廣西的階級鬥爭形勢已經十分緊張，更多的人加入拜上帝會。“老幼男女攜眷挾財產大隊加入，情景不同前時，與官吏發生衝突勢所難免”。革命的暴風雨就要來了。
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