满足全球新冠测序工作：张锋开发新技术，1天可测序数百万样品

由于新病例的迅速增加，2019年冠状病毒病（COVID-19）很快引起了全球关注。截至2020年4月8日，全球确诊病例累计超过140万例，死亡8万余例。这些数字每天都会更新，而且预计还会进一步增加。当前，大多数COVID-19测试是使用病毒RNA提取，然后进行RT-qPCR扩增和检测SARS-CoV-2基因组的几个高度保守的区域之一，或通过检测对病毒蛋白具有特异性的血清抗体来进行的。但是，

2020年4月8日，博德研究所张锋团队在预印版平台bioRxiv 在线发表未经同行评审的题为“LAMP-Seq: Population-Scale COVID-19 Diagnostics Using a Compressed Barcode Space”的研究论文，该研究提出了LAMP-Seq，这是一种条形码逆转录循环介导的等温扩增（RT-LAMP）方法，可以显著降低人口规模测试的成本和复杂性。在这种方法中，单个样品在单个加热步骤中进行处理，产生条形码码的扩增子，可以将其运送到测序中心，进行汇总和分析。对压缩的条形码空间中的每个样本使用独特的条形码组合可实现广泛的合并，从而显著降低成本和组织工作。鉴于下一代测序的低成本和可扩展性，研究人员相信使用现有的测序基础设施，该方法可以合理地扩展规模，每天可测序及分析数百万个样品。

由于新病例的迅速增加，2019年冠状病毒病（COVID-19）很快引起了全球关注。新型冠状病毒感染被认为是从动物传播的，病原体被鉴定为SARS-CoV-2。到2020年1月，怀疑最初受感染的患者是通过人与人之间的传播感染了该病毒。自2020年1月以来，该病毒已迅速传播到中国大部分地区和其他国家。截至2020年4月8日，全球确诊病例累计超过140万例，死亡8万余例。这些数字每天都会更新，而且预计还会进一步增加。

更严重的是，许多受感染的人没有出现症状，不太可能进行检查，并且在不知不觉中助长了感染的传播。为了有效地降低SARS-CoV-2的传播，我们需要进行人口规模的测试，以便能够快速识别所有受感染的个体，确定关键的潜在爆发区域，以支持最大限度地提高人类健康水平的流行病学干预措施，同时减少限制性隔离措施的程度 。

当前，大多数COVID-19测试是使用病毒RNA提取，然后进行RT-qPCR扩增和检测SARS-CoV-2基因组的几个高度保守的区域之一，或通过检测对病毒蛋白具有特异性的血清抗体来进行的。但是，

在该研究中，提出了LAMP-Seq，这是一种条形码逆转录循环介导的等温扩增（RT-LAMP）方法，可以显著降低人口规模测试的成本和复杂性。在这种方法中，单个样品在单个加热步骤中进行处理，产生条形码码的扩增子，可以将其运送到测序中心，进行汇总和分析。对压缩的条形码空间中的每个样本使用独特的条形码组合可实现广泛的合并，从而显著降低成本和组织工作。鉴于下一代测序的低成本和可扩展性，研究人员相信使用现有的测序基础设施，该方法可以合理地扩展规模，每天可测序及分析数百万个样品。

参考消息：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.06.025635v1

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