京杭大運河是一條溝通黃河、淮河、海河三大水系的水上通道，所以和黃河不得不形成交叉狀態。黃河自古就善決、善徙，自黃河從南宋時期改道，侵佔淮河入海故道，使得今天蘇北地區長期遭受黃災，時常破壞運河漕運。明清二朝都城都在北方，如何才能保證南方的漕糧通暢的北運呢？
雖然京杭大運河是非常便捷的傳統運輸方式，但明清知道所有雞蛋不能放在一個籃子裡，因此從明朝開始採取了河海並漕、水陸兼程、繞道中原的辦法，來避免完全依賴於京杭大運河的運輸，在水運方面，因此造就了明清時期一條輔助路線中原運河。在京杭運河淤塞不通的情況下，中原運河發揮了不可替代的補充作用。
中原運河的北段
衛漕既是整個衛河的稱謂也是京杭大運河臨清與天津之間河段的稱謂，此段運河因以衛河為源流而得名。衛河又有衛漕之稱，它構成了明清中原運河的北段。
《明史》記載：衛河源出河南輝縣蘇門山百門泉。 經新鄉、汲縣而東，至畿南浚縣境，淇水入焉， 謂之白溝，亦曰宿胥瀆。 宋元時名曰御河。 由內黃東出，至山東館陶西，漳水合焉。東北至臨清，與會通河合。
衛河是河南北部一條重要的河流，是海河其中的一條支流，流經河南、河北、山東部分地區。在歷史上的地位非常重要。在隋朝時，隋煬帝修建的大運河，修建了永濟渠、通濟渠、邗溝、江南河四部分，連接了北京和杭州，衛河就是永濟渠的其中一部分。到了宋元時期，衛河被稱為“御河”，是運輸糧草的重要河道。
明初朱元璋北伐，衛河成為北伐軍重要的輸送糧食通道。公元1368年，明朝建都南京，依然出於軍事需要，有相當多的糧食需要通過衛河運到北方。 洪武元年，朱元璋北伐，命浙江、江西及蘇州等九府，運糧三百萬石於汴梁，由黃入衛支援北伐的。
《明史·河渠志四》載：“瑄每歲運糧百萬，建百萬倉於直沽尹兒灣城。天津衛籍兵萬人戍守。至是，命江南糧一由海運，一由淮、黃，陸運赴衛河，入通州，以為常。”
明成祖定都北京後，漕運需要從江南運輸到北京，無非就是經過海路運到天津再轉到北京，很大程度上還是依靠水運。如果京杭運河發生淤塞，只能中原運河就發揮很大作用。這裡所說的“一由淮、黃，陸運赴衛河，入通州，以為常”，就是利用了衛漕的便利。顯然衛河成為京杭大運河中輔助通道非常重要的一段。
《明史·河渠志五》載：元漕舟至封丘，陸運抵淇門入衛。今導河注衛，冬春水平，漕舟至河陰，順流達衛。夏秋水迅，仍從徐、沛達臨清，以北抵京師。且修其溝洫，擇良有司任之，可以備旱澇，捍戎馬，益起直隸、河南富強之勢。
到了明景泰四年（1453年），黃河在張秋決口，侵佔京杭大運河的河道，漕糧無法北上。於是山東僉事江良材提出的著名的“衛河三便”。分析了利用中原運河的優勢，不僅可以充分的利用古代黃河的河道，還可以避免徐、沛地區的水患，有利於京師的安全。開闢中原漕路，可以發揮直隸、河南兩省的區域優勢，便於中原地區經濟的發展。
中原運河的南段
賈魯河-沙潁河-淮河水系
《惠濟河輯說》載：賈魯河“自鄭州疏汴，歷中牟、抵祥符西南境之朱仙鎮，經呂家潭遞至周家口，會沙、渦、汝、潁諸水以達於淮，其河即汴蔡之分派也”。
明清兩代黃河以南的中原運道主要由賈魯河、潁河、沙河水系構成。
賈魯河發源於新密市，向東北流經鄭州市，至市區北郊折向東流，經中牟，入開封，過尉氏縣，後至周口市入沙潁河，最後流入淮河，是淮河水系主要支流之一。
潁河發源於登封北部海拔1440米的嵩山西南麓，向東南流經登封、禹縣、襄城、許昌、臨潁、郾城、西華、淮陽、商水、項城、沈丘以及安徽省界首、太和、阜陽等19縣市，至潁上縣沫河口入淮河。
沙河源於嵩縣與魯山、南召三縣之間海拔2153米的石人山東南麓，自西北向東南流經今魯山、平頂山市、葉縣、郾城、漯河市、西華、商水五縣三市，於周口市匯合潁河後，稱沙潁河 。
明清時期，三條河在周家口交匯，向東南流經沈丘縣入安徽太和境，經界首、阜陽至潁上沫河口匯於淮河，通過淮河經過洪澤湖到了京杭運河的樞紐城市淮安，構成了明清中原運河的南段。
永樂六年 (1408 年)，戶部尚書鬱新上奏：“自淮抵河，多淺灘跌坡， 運舟艱阻。請別用淺船載三百石者，自淮河、沙河運至陳州潁溪口跌坡下，複用淺船載二百石者運至跌坡上，別用大船運入黃河。至八柳樹諸處，令河南車伕陸運入衛河，轉輸北京。”
明初著名的地理學家鬱新對當時中原水運做了清楚的分析，江南的漕糧通過京杭運河，到達淮安，再由洪澤湖北上到周口鎮，沿著賈魯河到達黃河，在黃河南岸的鄭州附近轉入衛河，經過臨清、天津到達北京。因此，明清兩代賈魯河-沙潁河-淮河水系成為明清中原運河的南段。
明代史籍載：“陝西、河南二省，大同、寧夏等邊，蘇、杭客貨皆由南、北二河而上，至汴城王家樓或孫家灣起車 。”這裡的南、北二河，分別指的就是中原運河的衛河和賈魯河-沙穎河，通過此河道不光可以連接北京和江南地區，也可以北上山西寧夏，而且西去關中，可見河道輻射範圍之廣。
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