食用菌種植中，最怕的就是受到了雜菌侵染。即使侵染的不嚴重，處理起來也很是麻煩，說雜菌是大敵，一點都不過。那麼它到底是怎麼對食用菌種植過程並進行侵染的呢？
一，雜菌進入食用菌種植過程的途徑。
雜菌對食用菌進行侵染，首先它得進入食用菌的種植過程，才能實現對食用菌的侵染，它的進入渠道主要有以下幾種渠道。
【1】通過菌種進入。
菌種，就是食用菌種植的種子，必須使用，才能進行種植。菌種的製作過程很複雜，要經歷比食用菌種植還要繁多的步驟，一不小心，就可能感染雜菌，成為帶菌者。種植時使用了帶有雜菌的種子，雜菌就隨之進入種植過程。
【2】通過培養料或菌需物資進入。
食用菌種植，必須使用培養料，培養料大多要裝進菌用塑料袋之中，塑料袋還要用皮筋或套蓋封口，塑料袋、扎口皮筋或套蓋就屬菌需物資。食用菌發育生長所需營養和水分，就是從培養料中獲取。培養料由各種原料，諸如棉籽殼、玉米芯、木屑等組成。如果這些原料和菌需物資帶有雜菌，又偏偏遭遇滅菌不徹底，雜菌就隨培養料或菌需物資，進入食用菌種植過程。
【3】接種室（箱）使用前滅菌不徹底，有雜菌殘留，或執行接種操作規程不嚴格，媒介帶入雜菌，雜菌趁機汙染菌種或培養料，進入種植過程。
⑴接種室（箱）雜菌侵入。
食用菌的接種必須在無菌環境中進行。接種室（箱）在使用前必須進行消毒滅菌，以達到無菌環境，滅菌過程中，因擦拭存在死角、燻蒸藥劑藥力不足、或質量問題等，都可致使雜菌僥倖躲過殺滅，而殘留在接種室（箱內），接種過程中，有可乘之機，即侵入菌種或培養料。
⑵執行接種操作規程不力，造成雜菌通過媒介進入。
接種操作規程規定，菌種進入接種室（箱）前後必須對外壁進行滅菌處理，接種工具、人員著裝必須進行滅菌，作業人員進入接種室必須進行手部滅菌、接種人員必須經緩衝間進入接種室，接種室儘量避免走動等等，如執行不規範，鑑於雜菌的無處不在，很可能工具、衣物、揚塵等帶有雜菌，進入接種室，造成汙染。
【4】養菌場所菌袋進入前，滅菌效果不好，雜菌殘留在養菌空間；外界雜菌從門、窗等與場所外相通通道自行或飛蟲攜帶，進入種植空間。
⑴種植場所雜菌殘留。
食用菌種植要求，養菌、出菇場所在菌包進入前，必須進行消毒滅菌，以殺滅存在於場所中牆壁、地面、養菌層架，甚至空中的雜菌，特別是種植時間較長的老舊場所，雜菌存在密集，如滅菌操作失誤，很容易使雜菌殘留在場所之內。
【2】外部空間雜菌侵入。
雜菌在自然環境中，無處不在，廣泛存在於空氣、水、其他一切物質之上，種植場所外的空間也是如此，風、加溼水流、飛蟲等都可能成為它們的媒介，通過場所門、窗、通風口等所有與外界相通的通道，進入種植空間。
通過以上途徑進入食用菌的種植空間後，一遇適宜條件，特別是高溫、高溼環境出現，就會立即萌發、發育、生長。發育成熟立即開始大量吸收培養料營養、啃食菌絲體、侵蝕菇體，甚至分泌毒素抑制食用菌菌絲體生長，給食用菌種植帶來傷害，甚至是滅頂之災，致使種植失敗。也正是這危害，決定了雜菌被視為食用菌種植的大敵，雜菌的防治成為了食用菌種植的重中之重。
知道了雜菌侵入的途徑，雜菌的防治就可以圍繞這些途徑來想辦法，上手段，用措施。關閉並守住這些雜菌侵入的必經之“門”，就可以有效的拒雜菌於“門”之外，使種植免受或少受其害。
一，守住菌種檢測之“門”。
防止雜菌通過菌種進入食用菌種植過程，最好的辦法就是使用前對菌種進行檢測。檢測方法以經驗先目測，觀看菌種瓶（袋）封閉是否嚴密、是否存在破損，菌絲顏色、生長狀態，出現異樣，立即鏡檢（顯微鏡檢測），發現雜菌攜帶，立即廢棄，遠離種植場所焚燒或深埋，拒攜帶雜菌菌種於“門”外。
二，守住培養料原料質量“門”。
守住原材料質量，就是做好原材料質量把控，對準備使用的原料精挑細選，把黴變、腐爛的原料拒之門外，不予使用。這樣即能防止雜菌進入種植過程，也能保證所使用的原料養分含量充足，為食用菌菌絲體和子實體生長提供營養保障。
三，守住培養料滅菌之“門”。
培養料滅菌，目的就是要殺滅僥倖存在於培養料或菌袋、扎口皮筋或套蓋之上的雜菌。守好滅菌之“門”，就要嚴格執行滅菌操作規程，使培養料滅菌真正的徹底。
滅菌時，要做好菌袋擺放、排盡冷氣，保證滅菌溫度、壓力達到標準，保證滅菌時長（常壓滅菌溫度100℃條件下，保持12小時以上；高壓滅菌溫度121℃、壓力0.105Mpa條件下，保持120分鐘）。使滅菌真正的達到效果，通過滅菌使培養料真正的處於無菌狀態。
四，守住接種之“門”。
接種之“門”，有內部和外部之分。
（1）內部之“門”。
內部之“門”，就是接種室（箱）的消毒滅菌。消毒滅菌要採取兩種以上的方法相結合，給消滅雜菌放上雙保險或多保險。
①接種室，採用全面噴灑百菌清等滅菌藥劑，結合必潔仕或菇蟲淨氣霧劑燻蒸，再進行紫外線照射，接種全程開啟接種保護器，接種滅菌和接種保護。
②接種箱採用福爾馬林等藥劑擦拭，結合必潔仕或菇蟲淨氣霧劑燻蒸，接種全程在酒精燈火焰的保護下進行。
⑵外部之“門”。
外部之“門”，就是接種室“箱”的大門。守住這個門就是要接種室（箱）外的雜菌無法進入接種室（箱）。
做好菌種進入接種室（箱）的包裝外壁和開口處消毒滅菌，接種工具、作業人員著裝必須進行滅菌，接種人員必須經緩衝間進出接種室，接種開始不能隨意走動，離開後重新進入必須重新更換著裝，並做好二次滅菌消毒。使雜菌進入沒有任何渠道。
五，守住種植場所大“門”。
內部做好，菌袋進入前的消毒滅菌，外部做好門、窗、通風口等與外界相通通道的隔離。
【1】內部。
⑴菌袋進入前。
場所內做好消毒滅菌，要多種方法結合進行，並務求全面無死角，可噴灑百菌清等滅菌藥劑，結合硫磺燻蒸，對老舊菇房可採取火鹼粉刷牆壁，結合高錳酸鉀加甲醛強力燻蒸，但一定做好殘煙排放和注意操作人員的安全。
⑵菌袋進入後。
場所要做好溫度、溼度調節，在保證菌絲體和子實體生長的條件下，不出現高溫、高溼環境，不給雜菌發育任何適宜條件。場所內牆壁、地面、空間，定期定時噴灑滅菌藥劑，殺滅存在的雜菌。
【2】外部。
①保持場所外部環境清潔，定期噴灑殺蟲滅菌藥劑，殺滅存在的雜菌，降低雜菌基數。
②場所門、窗、通風口等通道安裝防蟲網和空氣濾網，並定期噴灑滅菌藥劑，阻斷和防止帶菌飛蟲飛入和雜菌進入。
守住了種植的“大門”，雜菌就無法進入種植過程和種植空間，更無法對食用菌進行侵害。
食用菌種植中，防治雜菌的侵染極為重要。防治中，“防”為主，“治”為輔，防治結合是正確之道。防的過程中要細心、小心、耐心，不能忽略任何可能發生雜菌侵染的細微之處，不能有一刻的粗心大意，並且這種意識要持續在食用菌種植的全過程，也只有這樣才能獲得種植的成功。
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