在内丹筑基阶段，主要是补足人体生理机能的亏损，在治病强体的同时，初步打通“任督二脉”和“三关”的径路，初步达到意通、气通、热感通、全身经络通的效果，为炼丹运药打好身体的基础，作好身心准备。
实际上，在没有达到精满、气足、神旺的条件之前，一切为祛病、健身而采用的修行疗法，都属于内丹筑基的入手功夫。
需要指出，今日用于医疗的各家气功，多由内丹筑基阶段的修炼方法演化而来，然而气功师的“小周天气功”、“大周天气功”，与内丹中“小周天”、“大周天”的修炼方法根本不同。因为气功师所谓“通任督”、“过三关”，仅为用意念引导后天之“气”循环而言，玄关未开，尚无药物、火候、鼎器可言，用意念引气贯通任督循环，俗称“转轱辘”。
张伯瑞《悟真篇》中说：“咽津纳气是人行，有药方能造化生。鼎内若无真种子，犹将水火煮空铛”。说明筑基时用气通任督和内丹养生“转河车”做了区分。至于气功师的“大周天”，是进一步将气运通下肢，使气感遍行全身，和内丹的“大周天”炼精化炁，炼炁化神不是一回事，仍属于筑基阶段的后天气功。
内丹修行炼精化炁阶段，先要入室静坐，调身、调心、调息、，止念守窍，做到松、静、自然，心息相依,这和练气功的要求大致相同。
内丹养生修炼以炼精为初关，从人的性功能炼起，因此在筑基阶段要先补精，健全人的性功能。精是丹功的基础，保精固肾，为筑基第一要务，其方法就是以舌顶住上颚的天池穴，促成口内产生津液，用咽津补精固精的方法来筑基。
如老年人精枯阳痿不举，则又须用敲竹唤龟（女用鼓琴引凤）之法将真阳唤起，这就叫用“添油接命”之法促成真阳产生，真阳萌动了，才能用“玄关法”采药修补漏体，在性功能达到正常人的情况下，才可以进行内丹功法的修炼。
补精生精，阴跷一脉，甚为重要，其窍就是会阴穴向内，亦有三岔口、上天梯、河车路、海底、危虚穴、生死穴等异名。阴跷上通天谷，下达涌泉，真阳出生之时，必然从此穴窍经过，乃生药、采药之处，有调节肾功能和内分泌的作用。
内丹家认为“精”是人生命之本，是一个人有没有青春活力，其生理指标就在于是否性功能健全，而恢复人的青春，使老者还少，白发还黑，齿落更生，这恰恰就是内丹养生学追求的目标，无论何派内丹功法，都不例外。
精、气、神是维持人生命的三宝，筑基功夫就是要补足三宝，使人精满、气足、神旺，达到三全。精满现于牙齿，气足现于声音，神旺现于双眼，筑基完成后，牙齿健全，声音洪亮，二目有光，说明人的生命力旺盛，直至寒暑不侵才算阴精牢固，便可修炼内丹。
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