Gromacs2020.1的安装方法（针对Cent OS 7.6系统升级gcc后安装）

1、升级gcc及其环境设定

参见前文：https://www.toutiao.com/i6803130182224839180/

2、升级Cmake工具

参见前文：https://www.toutiao.com/i6803135181008929294/

3、安装FFTW工具

参见前文：https://www.toutiao.com/i6803138150689407499/

4、gromacs2020.1安装

tar -xvf gromacs-2020.1.tar.gz

cd gromacs-2020.1

mkdir build

cd build

export CMAKE_PREFIX_PATH=/root/gromacs/fftw338

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/root/gromacs/gromacs-2020.1 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/g++

其中/usr/local/gcc-6.4.0为gcc升级后的地址

后面的是装GPU的加

-DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_SIMD=AVX2_256

注意：gcc升级后必须要加-DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/g++

make

make install

5、gedit ~/.bashrc或者vi ~/.bashrc

在末尾加入

source /root/gromacs/gromacs-2020.1/bin/GMXRC

然后保存。source ~/.bashrc

输入gmx -version，看看是否输出了GROMACS的相关信息。

6、最后将ATB的力场文件拷贝至gromacs2020.1里/root/gromacs-2020.1/gromacs/share/gromacs/top里。

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