Gromacs2020.1的安裝方法（針對Cent OS 7.6系統升級gcc後安裝）

1、升級gcc及其環境設定

參見前文：https://www.toutiao.com/i6803130182224839180/

2、升級Cmake工具

參見前文：https://www.toutiao.com/i6803135181008929294/

3、安裝FFTW工具

參見前文：https://www.toutiao.com/i6803138150689407499/

4、gromacs2020.1安裝

tar -xvf gromacs-2020.1.tar.gz

cd gromacs-2020.1

mkdir build

cd build

export CMAKE_PREFIX_PATH=/root/gromacs/fftw338

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/root/gromacs/gromacs-2020.1 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/g++

其中/usr/local/gcc-6.4.0為gcc升級後的地址

後面的是裝GPU的加

-DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_SIMD=AVX2_256

注意：gcc升級後必須要加-DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/g++

make

make install

5、gedit ~/.bashrc或者vi ~/.bashrc

在末尾加入

source /root/gromacs/gromacs-2020.1/bin/GMXRC

然後保存。source ~/.bashrc

輸入gmx -version，看看是否輸出了GROMACS的相關信息。

6、最後將ATB的力場文件拷貝至gromacs2020.1裡/root/gromacs-2020.1/gromacs/share/gromacs/top裡。

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關鍵字: 參見 安裝 Gedit